PDB-4epl: Crystal Structure of Arabidopsis thaliana GH3.11 (JAR1) in Comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4epl

タイトル

Crystal Structure of Arabidopsis thaliana GH3.11 (JAR1) in Complex with JA-Ile

要素

Jasmonic acid-amido synthetase JAR1

キーワード

LIGASE / ANL Adenylating Enzyme / Acyl Acid-Amido Synthetase / Adenylation

機能・相同性

機能・相同性情報

jasmonoyl-L-amino acid ligase / jasmonoyl-L-amino acid ligase activity / regulation of response to red or far red light / cellular response to auxin stimulus / induced systemic resistance, jasmonic acid mediated signaling pathway / L-leucine binding / protein adenylylation / response to mycotoxin / response to UV-B / amino acid binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.007 Å

データ登録者

Westfall, C.S. / Zubieta, C. / Herrmann, J. / Kapp, U. / Nanao, M.H. / Jez, J.M.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2012
タイトル: Structural basis for prereceptor modulation of plant hormones by GH3 proteins.
著者: Westfall, C.S. / Zubieta, C. / Herrmann, J. / Kapp, U. / Nanao, M.H. / Jez, J.M.

履歴

登録	2012年4月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年6月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年7月25日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4epl.cif.gz	237.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4epl.ent.gz	190.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4epl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4epl_validation.pdf.gz	847 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4epl_full_validation.pdf.gz	850.3 KB	表示
XML形式データ	4epl_validation.xml.gz	24.4 KB	表示
CIF形式データ	4epl_validation.cif.gz	36.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/4epl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/4epl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4epmC 4eq4C 4eqlC 4ewvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4l39-2 5kod-3 4b2g-2 5kod-4 5kod-1 4eq4-1 5kod-2 2xqr-1 2xqr-6 4epm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Jasmonic acid-amido synthetase JAR1

ヘテロ分子

65.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Jasmonic acid-amido synthetase JAR1

ヘテロ分子

A: Jasmonic acid-amido synthetase JAR1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
131 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.039, 159.024, 76.401
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	21
Space group name H-M	C222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-805- HOH
2	1	A-821- HOH
3	1	A-969- HOH

#1: タンパク質	Jasmonic acid-amido synthetase JAR1 / Jasmonate-amino acid synthetase JAR1 / Protein FAR-RED INSENSITIVE 219 / Protein JASMONATE RESISTANT 1 分子量: 65057.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: JAR1, FIN219, At2g46370, F11C10.6 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: Q9SKE2, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物	ChemComp-JAI / N-({(1R,2R)-3-oxo-2-[(2Z)-pent-2-en-1-yl]cyclopentyl}acetyl)-L-isoleucine / N-ジャスモノイル-L-イソロイシン分子量: 323.427 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₉NO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 375 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.77 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.5 M tartrate, 0.1 M MOPSO, 5 mM ATP, 5 mM MgCl2, 5mM jasmonic acid, 5 mM isoleucine, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 76 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月13日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→47.5 Å / Num. all: 45961 / Num. obs: 43730 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.3 % / R_sym value: 0.062 / Net I/σ(I): 26.2
反射シェル	解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 7.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.2_432)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.007→47.502 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.36 / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.41 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.21	2201	5.03 %
R_work	0.169	-	-
obs	0.171	43725	99.51 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 46.008 Å² / k_sol: 0.377 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.4941 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.3363 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.1578 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.007→47.502 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4367	0	23	375	4765

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4501
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.025	6106
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.069	1668
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	689
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	789

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.007-2.0506	0.2484	128	0.2115	2386	X-RAY DIFFRACTION	93
2.0506-2.0983	0.3022	142	0.209	2539	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0983-2.1508	0.2641	145	0.1812	2590	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1508-2.209	0.2158	153	0.1768	2551	X-RAY DIFFRACTION	100
2.209-2.274	0.2107	122	0.1758	2600	X-RAY DIFFRACTION	100
2.274-2.3474	0.2336	140	0.1751	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3474-2.4312	0.2065	123	0.1691	2582	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4312-2.5286	0.2576	125	0.1755	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5286-2.6437	0.2414	139	0.1866	2591	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6437-2.783	0.2547	127	0.1886	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
2.783-2.9574	0.2222	142	0.1944	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9574-3.1857	0.2271	134	0.1819	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1857-3.5062	0.1966	135	0.1665	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5062-4.0133	0.1869	142	0.1463	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0133-5.0554	0.1583	143	0.138	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0554-47.5155	0.2038	161	0.1708	2743	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1847	0.5082	-0.7212	1.2801	-0.7511	2.0876	0.0196	0.2764	0.1789	-0.1412	0.0832	0.1342	-0.084	-0.2465	-0.0956	0.2513	0.0131	-0.0177	0.1784	0.0416	0.1796	33.3654	-11.9867	-29.928
2	0.8167	0.2978	-0.1086	0.8522	-0.4382	2.2506	0.0199	-0.0859	0.1014	0.1406	0.0175	0.035	-0.1146	-0.053	-0.0316	0.2185	0.0064	0.0214	0.1488	-0.0049	0.1714	35.082	-20.4965	-1.3264
3	1.7635	0.4389	-0.1926	1.7371	-0.6983	2.7991	-0.046	0.185	-0.1426	-0.2808	0.0895	0.0809	0.3186	-0.2185	-0.0928	0.239	-0.0471	-0.0332	0.2317	0.0464	0.2151	26.3985	-24.9019	-29.9557
4	3.5176	0.2713	0.1526	3.8505	1.2339	1.915	0.0199	0.2024	-0.447	0.0211	0.0028	-0.1981	0.0636	0.0969	-0.0064	0.207	-0.012	0.0265	0.2241	-0.0345	0.2102	54.4683	-41.6957	-19.6385

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 7:135)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 136:338)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 339:424)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 425:575)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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