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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ewv | ||||||
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Title | Crystal structure of GH3.12 in complex with AMPCPP | ||||||
![]() | 4-substituted benzoates-glutamate ligase GH3.12 | ||||||
![]() | LIGASE / firefly luciferase family / adenylation / amino acid conjugation | ||||||
Function / homology | ![]() 4-aminobenzoate amino acid synthetase activity / benzoate amino acid synthetase activity / vanillate amino acid synthetase activity / 4-hydroxybenzoate amino acid synthetase activity / benzoate metabolic process / salicylic acid mediated signaling pathway / regulation of systemic acquired resistance / positive regulation of plant-type hypersensitive response / detection of fungus / plant-type hypersensitive response ...4-aminobenzoate amino acid synthetase activity / benzoate amino acid synthetase activity / vanillate amino acid synthetase activity / 4-hydroxybenzoate amino acid synthetase activity / benzoate metabolic process / salicylic acid mediated signaling pathway / regulation of systemic acquired resistance / positive regulation of plant-type hypersensitive response / detection of fungus / plant-type hypersensitive response / Ligases; Forming carbon-nitrogen bonds; Acid-amino-acid ligases (peptide synthases) / defense response / cellular response to hypoxia / defense response to bacterium / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zubieta, C. / Nanao, M. / Jez, J. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural basis for prereceptor modulation of plant hormones by GH3 proteins. Authors: Westfall, C.S. / Zubieta, C. / Herrmann, J. / Kapp, U. / Nanao, M.H. / Jez, J.M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDB format | ![]() | 312.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 36.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 48.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4eplC ![]() 4epmC ![]() 4eq4C ![]() 4eqlSC C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 65762.430 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: GH3.12, GDG1, PBS3, WIN3, At5g13320, T22N19.5, T31B5.140 Production host: ![]() ![]() References: UniProt: Q9LYU4, Ligases; Forming carbon-nitrogen bonds; Acid-amino-acid ligases (peptide synthases) #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-MN / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.46 Å3/Da / Density % sol: 49.94 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.9 Details: 1.8M sodium/potassium phosphate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 22, 2011 |
Radiation | Monochromator: Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.873 Å / Relative weight: 1 |
Reflection twin | Operator: h,-k,-l / Fraction: 0.502 |
Reflection | Resolution: 2.9→52 Å / Num. all: 28232 / Num. obs: 27316 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 13.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.9→2.98 Å / Redundancy: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.72 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.021 / % possible all: 97.9 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4EQL Resolution: 2.897→52.032 Å / σ(F): 1.35 / Phase error: 29.57 / Stereochemistry target values: TWIN_LSQ_F
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.73 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 121.767 Å2 / ksol: 0.329 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.897→52.032 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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