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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4en8 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of HA70 (HA3) subcomponent of Clostridium botulinum type C progenitor toxin in complex with alpha 2-6-sialyllactose | |||||||||
要素 | (Hemagglutinin components HA-22/23/53) x 2 | |||||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / Carbohydrate/Sugar Binding | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Yamashita, S. / Yoshida, H. / Tonozuka, T. / Nishikawa, A. / Kamitori, S. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2012 タイトル: Carbohydrate recognition mechanism of HA70 from Clostridium botulinum deduced from X-ray structures in complexes with sialylated oligosaccharides 著者: Yamashita, S. / Yoshida, H. / Uchiyama, N. / Nakakita, Y. / Nakakita, S. / Tonozuka, T. / Oguma, K. / Nishikawa, A. / Kamitori, S. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009 タイトル: Crystal structure of the HA3 subcomponent of Clostridium botulinum type C progenitor toxin 著者: Nakamura, T. / Kotani, M. / Tonozuka, T. / Ide, A. / Oguma, K. / Nishikawa, A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4en8.cif.gz | 145.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4en8.ent.gz | 110.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4en8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4en8_validation.pdf.gz | 823 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4en8_full_validation.pdf.gz | 841.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4en8_validation.xml.gz | 29.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4en8_validation.cif.gz | 41.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/en/4en8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/en/4en8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26050.873 Da / 分子数: 1 / 断片: HA22-23(HA3a) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) 遺伝子: HA-70 / プラスミド: pMAL-cRI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P46085 | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 47333.520 Da / 分子数: 1 / 断片: HA53(HA3b) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) 遺伝子: HA-70 / プラスミド: pMAL-cRI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P46085 | ||
#3: 多糖 | N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / 6'-sialyl-lactose | ||
#4: 化合物 | ChemComp-MRD / ( #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.37 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 12%(v/v) 2-methyl-2,4-pentendiol, 20mM CaCl2, 100mM sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年4月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 44625 / Num. obs: 44625 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 28.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 13.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.386 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique all: 1460 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2ZS6 解像度: 2.6→34.67 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1866000.63 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.389 Å2 / ksol: 0.338268 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 52.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→34.67 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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