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万見
- PDB-2zoe: HA3 subcomponent of Clostridium botulinum type C progenitor toxin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zoe
タイトルHA3 subcomponent of Clostridium botulinum type C progenitor toxin, complex with N-acetylneuramic acid
要素(Hemagglutinin components HA3) x 2
キーワードTOXIN / Hemagglutinin / Jelly roll
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region
類似検索 - 分子機能
Jelly Rolls - #1080 / Jelly Rolls - #1090 / Hemagglutinin component HA-70, C-terminal / Haemagglutinin 70 C-terminal domain / Proaerolysin; Chain A, domain 3 - #20 / Proaerolysin; Chain A, domain 3 / Clostridium enterotoxin / Clostridium enterotoxin / Beta Complex / Jelly Rolls ...Jelly Rolls - #1080 / Jelly Rolls - #1090 / Hemagglutinin component HA-70, C-terminal / Haemagglutinin 70 C-terminal domain / Proaerolysin; Chain A, domain 3 - #20 / Proaerolysin; Chain A, domain 3 / Clostridium enterotoxin / Clostridium enterotoxin / Beta Complex / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-acetyl-beta-neuraminic acid / Hemagglutinin components HA-70 type C
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Nakamura, T. / Kotani, M. / Tonozuka, T. / Ide, A. / Oguma, K. / Nishikawa, A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Crystal Structure of the HA3 Subcomponent of Clostridium botulinum Type C Progenitor Toxin
著者: Nakamura, T. / Kotani, M. / Tonozuka, T. / Ide, A. / Oguma, K. / Nishikawa, A.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Sugar-binding sites of the HA1 subcomponent of Clostridium botulinum type C progenitor toxin
著者: Nakamura, T. / Tonozuka, T. / Ide, A. / Yuzawa, T. / Oguma, K. / Nishikawa, A.
履歴
登録2008年5月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin components HA3
B: Hemagglutinin components HA3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,7863
ポリマ－71,4772
非ポリマー3091
水4,864270
1
A: Hemagglutinin components HA3
B: Hemagglutinin components HA3
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin components HA3
B: Hemagglutinin components HA3
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin components HA3
B: Hemagglutinin components HA3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)215,3589
ポリマ－214,4306
非ポリマー9283
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area24130 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area70410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)177.076, 177.076, 81.042
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 Hemagglutinin components HA3 / HA-22-23


分子量: 24002.535 Da / 分子数: 1 / 断片: HA3a / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
株: type C / 遺伝子: HA3 / プラスミド: MBP-2xFLAG-HA3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: P46085
#2: タンパク質 Hemagglutinin components HA3 / HA-53


分子量: 47474.203 Da / 分子数: 1 / 断片: HA3b / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
株: type C / 遺伝子: HA3 / プラスミド: MBP-2xFLAG-HA3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: P46085
#3: 糖 ChemComp-SLB / N-acetyl-beta-neuraminic acid / N-acetylneuraminic acid / sialic acid / O-sialic acid / 5-N-ACETYL-BETA-D-NEURAMINIC ACID / BETA-SIALIC ACID / N-アセチル-β-ノイラミン酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C11H19NO9
識別子タイププログラム
DNeup5AcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-neuraminic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-Neup5AcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
Neu5AcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.331016 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.927475 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.4
詳細: 1.2M AMMONIUM PHOSPHATE, 0.1M SODIUM CITRATE, pH 4.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月12日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 50275 / Num. obs: 44733 / % possible obs: 99.9 % / Biso Wilson estimate: 48.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 41.9
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.416 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Z5A

2z5a
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.6→33.21 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1732201.55 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 4507 10.1 %RANDOM
Rwork0.234 ---
obs0.234 44713 99.9 %-
all-50254 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.2064 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 56.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.88 Å20 Å20 Å2
2--6.88 Å20 Å2
3----13.77 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.39 Å0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→33.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4706 0 21 270 4997
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d27.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.94
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.351.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.372
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.732
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.682.5
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 732 9.9 %
Rwork0.294 6655 -
obs--100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3carbohydrate.paramcarbohydrate.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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