PDB-4lo4: Apo HA-70

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lo4

タイトル

Apo HA-70

要素

(HA-70) x 2

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / progenitor toxin complex / botulinum neurotoxin / botulism / neurotoxin associated protein / hemagglutinin / carbohydrate/sugar binding / secreted protein

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.871 Å

データ登録者

Lee, K. / Gu, S. / Jin, L. / Le, T.T. / Cheng, L.W. / Strotmeier, J. / Kruel, A.M. / Yao, G. / Perry, K. / Rummel, A. / Jin, R.

引用

ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2013
タイトル: Structure of a bimodular botulinum neurotoxin complex provides insights into its oral toxicity.
著者: Kwangkook Lee / Shenyan Gu / Lei Jin / Thi Tuc Nghi Le / Luisa W Cheng / Jasmin Strotmeier / Anna Magdalena Kruel / Guorui Yao / Kay Perry / Andreas Rummel / Rongsheng Jin /

要旨: Botulinum neurotoxins (BoNTs) are produced by Clostridium botulinum and cause the fatal disease botulism, a flaccid paralysis of the muscle. BoNTs are released together with several auxiliary ...

履歴

登録	2013年7月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年10月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4lo4.cif.gz	257.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4lo4.ent.gz	209.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4lo4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/4lo4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/4lo4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2416C 2417C 4lo0C 4lo1C 4lo2C 4lo3C 4lo5C 4lo6C 4lo7C 4lo8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4lo5-1 2zs6-1 4lo6-1 4en6-1 4en9-1 4en8-1 2zoe-1 4en7-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#76 - 2006年4月赤血球凝集素 (Hemagglutinin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: HA-70

B: HA-70

ヘテロ分子

71.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: HA-70

B: HA-70

ヘテロ分子

A: HA-70

B: HA-70

ヘテロ分子

A: HA-70

B: HA-70

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
213 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	261.750, 261.750, 261.750
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	214
Space group name H-M	I4₁32

#1: タンパク質	HA-70 / HA70 / Non-toxin haemagglutinin HA70 分子量: 21939.703 Da / 分子数: 1 / 断片: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) 遺伝子: ha70 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8KHU9
#2: タンパク質	HA-70 / HA70 / Non-toxin haemagglutinin HA70 分子量: 49148.324 Da / 分子数: 1 / 断片: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) 遺伝子: ha70 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8KHU9
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	FULL-LENGTH HA70 WAS CLEAVED INTO CHAIN A (UNP RESIDUES 2-189) AND CHAIN B (UNP RESIDUES 206-626). ...FULL-LENGTH HA70 WAS CLEAVED INTO CHAIN A (UNP RESIDUES 2-189) AND CHAIN B (UNP RESIDUES 206-626). THE EXACT CLEAVAGE POINT ON THE TKNIPTNNIFNSKVSS LINKING SEQUENCE IS NOT KNOWN.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 76.6 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 4.4 詳細: 0.1 M sodium acetate, 1.5 M ammonium chloride, pH 4.4, EVAPORATION, temperature 292.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.97952 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月2日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97952 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.871→50 Å / Num. all: 35017 / Num. obs: 34988 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 14.8
反射シェル	解像度: 2.871→3 Å / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.757 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHASES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.2_869)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.871→44.89 Å / SU ML: 0.74 / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.04 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2057	1757	5.02 %	RANDOM
R_work	0.1857	-	-	-
all	0.1867	35017	-	-
obs	0.1867	34988	99.82 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 38.654 Å² / k_sol: 0.299 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.871→44.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4760	0	1	26	4787

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	4855
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.913	6601
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.742	1797
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.065	739
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	867

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.871-2.9483	0.3426	123	0.313	2516	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9483-3.035	0.3258	125	0.2789	2536	X-RAY DIFFRACTION	100
3.035-3.1329	0.2791	145	0.2519	2496	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1329-3.2449	0.307	132	0.2511	2515	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2449-3.3748	0.2691	126	0.2371	2544	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3748-3.5283	0.2536	139	0.2233	2534	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5283-3.7142	0.2249	115	0.227	2542	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7142-3.9468	0.215	134	0.1843	2546	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9468-4.2513	0.1986	149	0.1611	2544	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2513-4.6787	0.1425	147	0.1279	2559	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6787-5.3548	0.1437	132	0.1302	2587	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3548-6.7428	0.1923	142	0.1831	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
6.7428-44.8952	0.1974	148	0.1815	2703	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.7377	-2.3805	6.851	8.6606	-1.9596	6.1367	0.4796	0.1644	-1.0196	-0.3068	0.1423	-1.3003	1.2914	0.5985	-0.4993	1.1645	0.4313	0.4471	1.082	0.1282	1.1812	23.1594	-37.1976	9.7618
2	7.9133	-3.6983	-2.374	7.1339	0.3914	7.6632	-0.4211	0.0467	-0.4435	0.6807	-0.0374	-0.0948	0.9216	0.2242	0.4615	0.5687	0.0729	0.0348	0.4967	0.1416	0.5586	3.2762	-23.4899	13.3261
3	1.4766	-2.3553	1.0355	4.9773	-2.026	4.4287	-0.053	-0.1198	-0.1171	0.23	0.0922	0.4735	-0.0768	-0.3189	-0.0009	0.6337	0.0471	0.1431	0.5658	0.0899	0.52	-9.2251	-12.5653	4.8685
4	7.8968	-4.2334	4.1162	7.8617	-3.1071	2.3116	-0.8243	-1.0334	0.3233	0.3532	0.4652	-0.3478	-0.6843	0.0034	0.2852	0.698	0.0299	0.0494	0.999	0.1019	0.7139	20.2341	-19.8191	15.138
5	8.4429	-2.6403	6.7826	2.0026	1.9761	2.0216	-0.5522	0.6431	-0.3816	-0.5352	-1.0036	-0.9163	-0.5786	0.2518	1.7793	1.0054	0.1348	0.1947	1.1948	0.0699	0.7803	18.0061	-12.9266	5.7134
6	1.6959	0.196	0.557	4.3203	1.9956	5.2691	-0.0239	0.1554	-0.0426	0.1184	-0.1846	0.0479	0.4235	-0.2614	0.2289	0.7108	0.1076	0.1627	0.5552	0.175	0.7202	-8.6648	-17.4177	5.0472
7	7.5371	-2.4503	0.3491	1.0294	0.5908	1.7748	0.2185	-0.0568	-0.7041	-0.1499	-0.1446	-0.1116	0.8262	0.5464	-0.1338	0.8196	0.2472	0.1601	0.6734	0.2302	0.7212	11.7112	-28.7666	11.738
8	2.0055	1.8419	-0.4982	7.4946	-1.6079	8.0276	-0.1387	-1.1934	-2.1405	1.0886	-0.1434	0.8248	1.4526	-0.38	0.317	1.0899	-0.0634	0.1713	0.5663	0.1417	0.9709	-15.1419	-27.5307	15.0516
9	2.0525	-3.0738	-3.5802	3.7015	-0.211	4.3911	0.3888	0.1816	-0.5556	-0.161	-0.584	-0.2435	0.2931	0.4422	0.1625	0.8162	0.1947	0.1859	0.758	0.1392	0.8149	14.7118	-30.6305	8.9156
10	0.6614	-0.4821	1.0734	2.3969	-2.4787	4.7529	-0.0466	-0.0367	0.0809	0.2891	0.054	0.1623	-0.2099	-0.2993	0.0153	0.6116	0.0305	0.1932	0.5263	0.0588	0.6941	-12.7844	-11.8662	20.7835
11	7.61	-3.3137	-3.7075	4.3096	-1.3327	5.1372	0.6948	-0.0255	0.9644	0.0342	-0.4122	-2.5428	0.0036	0.9767	-0.2406	0.7225	0.0891	0.0705	0.7351	0.353	1.1674	13.0755	-35.6328	39.4319
12	4.9604	-0.3485	-0.8971	4.591	-1.6392	4.342	0.2016	0.2121	-0.0772	-0.1033	-0.447	-0.5754	0.0142	0.5766	0.2837	0.6634	0.1263	0.0749	0.544	0.1645	0.6311	5.9593	-38.3556	37.0657
13	5.4232	-1.4691	-0.6816	5.4442	-0.2675	3.6776	0.019	-0.1949	-0.8214	-0.0503	-0.2328	0.1756	0.5826	0.1968	0.2192	0.6796	0.0787	0.0762	0.448	-0.0169	0.6983	-11.6161	-52.3549	44.8558

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 20:33)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 34:48)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 49:64)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 65:91)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 92:102)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 103:124)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 125:157)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 158:168)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resseq 169:189)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 206:384)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 385:415)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 416:507)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 508:626)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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