PDB-4lo6: HA70-alpha2,6-SiaLC

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lo6

タイトル

HA70-alpha2,6-SiaLC

要素

(HA-70) x 2

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / progenitor toxin complex / botulinum neurotoxin / botulism / neurotoxin associated protein / hemagglutinin / carbohydrate/sugar binding / secreted protein

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Lee, K. / Gu, S. / Jin, L. / Le, T.T. / Cheng, L.W. / Strotmeier, J. / Kruel, A.M. / Yao, G. / Perry, K. / Rummel, A. / Jin, R.

引用

ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2013
タイトル: Structure of a bimodular botulinum neurotoxin complex provides insights into its oral toxicity.
著者: Kwangkook Lee / Shenyan Gu / Lei Jin / Thi Tuc Nghi Le / Luisa W Cheng / Jasmin Strotmeier / Anna Magdalena Kruel / Guorui Yao / Kay Perry / Andreas Rummel / Rongsheng Jin /

要旨: Botulinum neurotoxins (BoNTs) are produced by Clostridium botulinum and cause the fatal disease botulism, a flaccid paralysis of the muscle. BoNTs are released together with several auxiliary ...

履歴

登録	2013年7月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年10月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年2月28日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb4lo6.ent.gz	213.2 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4lo6_validation.pdf.gz	859.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4lo6_full_validation.pdf.gz	866.6 KB	表示
XML形式データ	4lo6_validation.xml.gz	25.3 KB	表示
CIF形式データ	4lo6_validation.cif.gz	36.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/4lo6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/4lo6	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2416C 2417C 4lo0C 4lo1C 4lo2C 4lo3C 4lo4C 4lo5C 4lo7C 4lo8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4en6-1 2zoe-1 4en9-1 4en7-1 4lo5-1 4en8-1 4lo4-1 2zs6-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#76 - 2006年4月赤血球凝集素 (Hemagglutinin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: HA-70

B: HA-70

ヘテロ分子

71.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: HA-70

B: HA-70

ヘテロ分子

A: HA-70

B: HA-70

ヘテロ分子

A: HA-70

B: HA-70

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
215 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	261.480, 261.480, 261.480
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	214
Space group name H-M	I4₁32

#1: タンパク質

HA-70 / HA70 / Non-toxin haemagglutinin HA70

分子量: 21939.703 Da / 分子数: 1 / 断片: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
遺伝子: ha70 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8KHU9

#2: タンパク質

HA-70 / HA70 / Non-toxin haemagglutinin HA70

分子量: 49148.324 Da / 分子数: 1 / 断片: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
遺伝子: ha70 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8KHU9

#3: 多糖

N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 471.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DNeup5Aca2-6DGalpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2/a6-b2	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Galp]{[(6+2)][a-D-Neup5Ac]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 化合物

ChemComp-CL / CHLORIDE ION

分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 284 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

非ポリマーの詳細

A GLUCOSE SUGAR, CONNECTED TO C1 OF B GAL 702, HAS BEEN OMITTED FROM THE STRUCTURE.

配列の詳細

FULL-LENGTH HA70 WAS CLEAVED INTO CHAIN A (UNP RESIDUES 2-189) AND CHAIN B (UNP RESIDUES 206-626). ...

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 76.5 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 4.4 詳細: 0.1 M sodium acetate, 1.5 M ammonium chloride, pH 4.4, EVAPORATION, temperature 292.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.97952 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月21日
放射	モノクロメーター: Si(311) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97952 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→47.7 Å / Num. all: 66916 / Num. obs: 66713 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 7.8
反射シェル	解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.575 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHASES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.2_869)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→44.843 Å / SU ML: 0.79 / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.98 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2094	3381	5.07 %	RANDOM
R_work	0.1859	-	-	-
all	0.1871	66916	-	-
obs	0.1871	66713	99.28 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 55.259 Å² / k_sol: 0.342 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→44.843 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4760	0	32	284	5076

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4900
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.063	6661
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.581	1815
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	754
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	869

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.3331	0.3551	132	0.3165	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3331-2.3679	0.3451	175	0.3137	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3679-2.4049	0.3348	137	0.3005	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4049-2.4443	0.3168	144	0.2834	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4443-2.4865	0.299	152	0.2783	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4865-2.5317	0.2799	132	0.2669	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5317-2.5804	0.295	129	0.2562	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5804-2.6331	0.2446	158	0.2414	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6331-2.6903	0.2476	129	0.2309	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6903-2.7529	0.2571	144	0.2285	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7529-2.8217	0.2901	120	0.2398	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8217-2.898	0.2796	143	0.2239	2614	X-RAY DIFFRACTION	99
2.898-2.9833	0.2487	145	0.2186	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9833-3.0795	0.2286	147	0.1997	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0795-3.1896	0.1898	131	0.1883	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1896-3.3172	0.1947	128	0.184	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3172-3.4681	0.2109	156	0.1857	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4681-3.6509	0.1745	125	0.1817	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6509-3.8795	0.1903	143	0.1701	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8795-4.1789	0.1883	132	0.1538	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1789-4.599	0.174	156	0.1365	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
4.599-5.2636	0.1484	134	0.1288	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2636-6.6282	0.211	143	0.172	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
6.6282-44.852	0.1983	146	0.198	2590	X-RAY DIFFRACTION	90

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.1276	-3.8852	5.4422	4.7679	-1.6873	4.6695	-0.2408	-0.4976	-1.2567	0.349	0.3819	-0.0256	0.9428	0.2892	0.1958	0.6689	0.3663	0.4634	0.6765	0.2034	0.7458	23.1887	-37.2385	9.5375
2	3.2892	-2.3245	0.6991	3.7628	-1.8531	3.0208	-0.1906	0.0433	-0.0368	0.3251	-0.0792	-0.1436	0.1225	0.4277	0.2282	0.4352	0.0803	0.0806	0.2581	0.0619	0.3594	-0.1024	-16.9724	9.941
3	5.7908	-2.2777	1.8271	7.731	-3.138	2.0091	-0.1885	-1.0135	0.0281	0.0825	-0.345	-0.7774	-0.2514	1.038	0.4325	0.4517	0.049	0.1343	0.7085	0.1744	0.5855	22.928	-22.5819	15.4674
4	3.5454	-1.0729	4.8931	4.5099	-3.58	7.8047	-0.8061	0.1685	0.0183	-0.3854	-0.3144	-1.0036	-0.498	0.4355	1.0831	0.5499	0.0367	0.1801	0.7154	0.1863	0.5837	17.9256	-12.9704	5.5184
5	5.3867	6.0849	4.5294	7.7805	3.911	5.3763	-0.2475	-0.3563	0.3894	-0.1227	-0.209	0.4082	0.1993	-0.3814	0.4457	0.4528	0.0954	0.1096	0.3202	0.1139	0.3766	-10.3106	-16.3073	1.2069
6	8.1944	-3.3336	1.4371	2.7664	-0.7791	1.7637	-0.0716	-0.2313	-0.4702	-0.0788	0.1243	0.0581	0.4954	0.2361	-0.1205	0.495	0.174	0.1879	0.3945	0.1571	0.3717	9.1315	-27.42	11.1875
7	3.6249	0.036	2.8017	3.4997	-3.3438	5.6959	-0.0052	-0.5874	-0.631	-0.1015	0.0055	-0.0419	0.3899	0.0903	0.1239	0.4209	0.1838	0.2458	0.6062	0.2378	0.5594	17.3948	-28.7791	15.0445
8	5.4313	2.0496	-1.3594	5.3952	-1.0637	4.686	-0.0347	-0.177	-1.3366	0.1304	-0.279	0.3555	0.5996	-0.3649	0.301	0.5354	0.1026	0.1514	0.3631	0.0938	0.564	-11.3899	-25.0091	11.1801
9	7.1758	-2.7577	-3.2525	3.3218	0.3067	4.3012	0.2159	-0.0904	-0.6025	-0.3682	-0.337	-0.0876	0.3462	0.469	0.1317	0.5864	0.1701	0.158	0.3725	0.0877	0.4979	14.7088	-30.6718	8.782
10	0.7542	-0.5172	1.0162	1.6561	-2.0513	3.5191	-0.0532	0.02	0.0791	0.2137	0.0994	0.1377	-0.2478	-0.2064	-0.0058	0.3984	0.0704	0.1457	0.2561	0.0701	0.4195	-12.7592	-11.9427	20.7384
11	2.7259	0.0813	-0.8331	2.8655	-0.7665	1.9783	0.1074	-0.0032	-0.3086	-0.0631	-0.3501	-0.2178	0.1673	0.2644	0.1968	0.332	0.085	0.0533	0.1969	0.054	0.3503	-1.6872	-44.925	41.2068

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 20:33)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 34:71)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 72:91)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 92:102)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 103:115)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 116:137)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 138:147)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 148:168)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resseq 169:189)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 206:384)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 385:626)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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