PDB-4en7: Crystal structure of HA70 (HA3) subcomponent of Clostridium botul...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4en7

タイトル

Crystal structure of HA70 (HA3) subcomponent of Clostridium botulinum type C progenitor toxin in complex with alpha 2-3-sialyllactosamine

要素

(Hemagglutinin components HA-22/23/53) x 2

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Carbohydrate/Sugar Binding

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.68 Å

データ登録者

Yamashita, S. / Yoshida, H. / Tonozuka, T. / Nishikawa, A. / Kamitori, S.

引用

ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2012
タイトル: Carbohydrate recognition mechanism of HA70 from Clostridium botulinum deduced from X-ray structures in complexes with sialylated oligosaccharides
著者: Yamashita, S. / Yoshida, H. / Uchiyama, N. / Nakakita, Y. / Nakakita, S. / Tonozuka, T. / Oguma, K. / Nishikawa, A. / Kamitori, S.

履歴

登録	2012年4月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年6月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月3日	Group: Database references
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4en7.cif.gz	146.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4en7.ent.gz	110.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4en7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4en7_validation.pdf.gz	770.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4en7_full_validation.pdf.gz	789 KB	表示
XML形式データ	4en7_validation.xml.gz	29.7 KB	表示
CIF形式データ	4en7_validation.cif.gz	42.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/en/4en7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/en/4en7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4en6C 4en8C 4en9C 2zs6S 2zoe S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4en9-1 2zoe-1 4en6-1 4lo6-1 2zs6-1 4lo5-1 4en8-1 4lo4-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hemagglutinin components HA-22/23/53

B: Hemagglutinin components HA-22/23/53

ヘテロ分子

74.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hemagglutinin components HA-22/23/53

B: Hemagglutinin components HA-22/23/53

ヘテロ分子

A: Hemagglutinin components HA-22/23/53

B: Hemagglutinin components HA-22/23/53

ヘテロ分子

A: Hemagglutinin components HA-22/23/53

B: Hemagglutinin components HA-22/23/53

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
224 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	175.967, 175.967, 80.753
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質

Hemagglutinin components HA-22/23/53 / Hemagglutinin components HA70 / HA3

分子量: 26050.873 Da / 分子数: 1 / 断片: HA22-23(HA3a) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
遺伝子: HA-70 / プラスミド: pMAL-cRI / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P46085

#2: タンパク質

Hemagglutinin components HA-22/23/53 / Hemagglutinin components HA70 / HA3

分子量: 47333.520 Da / 分子数: 1 / 断片: HA53(HA3b) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
遺伝子: HA-70 / プラスミド: pMAL-cRI / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P46085

#3: 多糖

N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / 3'-sialyl-N-acetyllactosamine

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 674.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 3'-sialyl-N-acetyllactosamine

記述子	タイプ	プログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5_2NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5NCC/3=O]/1-2-3/a4-b1_b3-c2	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 化合物

ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル

分子量: 118.174 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 372 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 74.99 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 12%(v/v) 2-methyl-2,4-pentendiol, 20mM CaCl2, 100mM sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.68→50 Å / Num. all: 39818 / Num. obs: 39818 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.1 % / B_iso Wilson estimate: 41.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 26.3
反射シェル	解像度: 2.68→2.73 Å / 冗長度: 9.3 % / R_merge(I) obs: 0.397 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique all: 1961 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
MOLREP		位相決定
CNS	1.1	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ZS6

2zs6

解像度: 2.68→29.2 Å / R_factor R_free error: 0.003 / Data cutoff high absF: 121384.22 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.213	3912	10 %	RANDOM
R_work	0.182	-	-	-
all	0.185	39051	-	-
obs	0.185	39051	97 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 41.2825 Å² / k_sol: 0.30752 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.9 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.45 Å²	4.65 Å²	0 Å²
2-	-	2.45 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.91 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.34 Å	0.28 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.42 Å	0.34 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.68→29.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4721	0	86	372	5179

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.006
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.4
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	26.1
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.78

LS精密化シェル

解像度: 2.68→2.85 Å / R_factor R_free error: 0.012 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.314	656	10.6 %
R_work	0.263	5552	-
obs	-	-	92.8 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.param	protein.top
X-RAY DIFFRACTION	2	carbohydrate.param	carbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION	3	ion.param	ion.top
X-RAY DIFFRACTION	4	water_rep.param	water.top

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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