THE COA MIMIC INHIBITOR CAJ IS BOUND AT CYS 43 WITH A COVALENT BOND BETWEE CBU AOF CA6 AND SG OF ...THE COA MIMIC INHIBITOR CAJ IS BOUND AT CYS 43 WITH A COVALENT BOND BETWEE CBU AOF CA6 AND SG OF CYS. THE PRE-REACTION COMPOUND HAD A DOUBLE BOND BETWEEN CBU AND CBV WHICH OPENED UP TO FORM THE COVALENT LINKAGE WITH CYS SIDE CHAIN UPON REACTION.
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実験情報
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実験
実験
手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1
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試料調製
結晶
マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.36 %
結晶化
温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: PEG 400, magnesium chloride, HEPES, NADP+, pH 7.2, Vapor Diffusion, Sitting Drop, temperature 293K, EtVC-CoA, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
モノクロメーター: Double crystal with K-B biomorph mirrors プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 1 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2.39→91.28 Å / Num. obs: 34628 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.204 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル
解像度 (Å)
冗長度 (%)
Rmerge(I) obs
Diffraction-ID
% possible all
2.4-2.44
6.4
0.401
1
97
2.44-2.49
6.5
0.381
1
96.4
2.49-2.53
6.7
0.369
1
96.8
2.53-2.59
7
0.348
1
97.2
2.59-2.64
7.2
0.333
1
97
2.64-2.7
7.2
0.478
1
97.5
2.7-2.77
7.4
0.275
1
97
2.77-2.85
7.5
0.238
1
97.8
2.85-2.93
7.5
0.218
1
97.7
2.93-3.02
7.6
0.19
1
97.8
3.02-3.13
7.6
0.168
1
98.5
3.13-3.26
7.6
0.151
1
98.6
3.26-3.41
7.6
0.138
1
98.5
3.41-3.58
7.6
0.154
1
98.8
3.58-3.81
7.3
0.146
1
99
3.81-4.1
7.3
0.123
1
99
4.1-4.52
7.4
0.085
1
99
4.52-5.17
7.4
0.077
1
98.9
5.17-6.51
7.5
0.075
1
99.3
6.51-50
7.2
0.105
1
99.3
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位相決定
位相決定
手法: 分子置換
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解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
NB
REFMAC
5.6.0117
精密化
PHASER
位相決定
PHENIX
精密化
PDB_EXTRACT
3.11
データ抽出
HKL-2000
データ収集
DENZO
データ削減
SCALEPACK
データスケーリング
精密化
解像度: 2.39→91.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 6.867 / SU ML: 0.162 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.566 / ESU R Free: 0.253 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.21841
1709
5 %
RANDOM
Rwork
0.16432
-
-
-
obs
0.167
32753
96.93 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK