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- PDB-4eqs: Crystal structure of the Y419F mutant of Staphylococcus aureus CoADR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4eqs
タイトルCrystal structure of the Y419F mutant of Staphylococcus aureus CoADR
要素Coenzyme A disulfide reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


CoA-disulfide reductase / CoA-disulfide reductase (NADPH) activity / protein disulfide isomerase activity / flavin adenine dinucleotide binding / NADP binding
類似検索 - 分子機能
Coenzyme A disulphide reductase, staphyolococci / Coenzyme A disulphide reductase / : / FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / Enolase-like; domain 1 ...Coenzyme A disulphide reductase, staphyolococci / Coenzyme A disulphide reductase / : / FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / Enolase-like; domain 1 / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Coenzyme A disulfide reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Wallace, B.D. / Edwards, J.S. / Wallen, J.R. / Claiborne, A. / Redinbo, M.R.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Turnover-Dependent Covalent Inactivation of Staphylococcus aureus Coenzyme A-Disulfide Reductase by Coenzyme A-Mimetics: Mechanistic and Structural Insights.
著者: Wallace, B.D. / Edwards, J.S. / Wallen, J.R. / Moolman, W.J. / van der Westhuyzen, R. / Strauss, E. / Redinbo, M.R. / Claiborne, A.
履歴
登録2012年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coenzyme A disulfide reductase
B: Coenzyme A disulfide reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,79715
ポリマ－98,4052
非ポリマー3,39213
水22,8431268
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12020 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area33450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.180, 65.420, 94.570
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.740, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Coenzyme A disulfide reductase / CoA-disulfide reductase / CoADR


分子量: 49202.516 Da / 分子数: 2 / 変異: Y419F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
株: USA300 / 遺伝子: cdr, SAUSA300_0873 / プラスミド: T7, pXCDR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): bl21(de3) / 参照: UniProt: Q2FIA5, CoA-disulfide reductase

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非ポリマー , 5種, 1281分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#5: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1268 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: PEG 400, magnesium chloride, HEPES, NADP+, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月2日
放射モノクロメーター: Monochromator: Double silicon(111) crystal monochromator with cryogenically-cooled first crystal and sagittally-bent second crystal horizontally-focusing at 3.3:1 ...モノクロメーター: Monochromator: Double silicon(111) crystal monochromator with cryogenically-cooled first crystal and sagittally-bent second crystal horizontally-focusing at 3.3:1 demagnification. Mirror: Meridionally-bent fused silica mirror with palladium and uncoated stripes vertically-focusing at 6.6:1 demagnification.
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→51.35 Å / Num. obs: 137217 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 7.28 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 17.1 / Scaling rejects: 7546
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2% possible all
1.5-1.556.370.3664.673959114581.3679.8
1.55-1.627.340.3195.2100942136181.2595.4
1.62-1.697.450.2566.1103438137571.1596
1.69-1.787.460.1917.5103938138101.0796.4
1.78-1.897.460.1319.7104694139050.9696.9
1.89-2.047.470.09113.1104846139490.8697.4
2.04-2.247.450.06318.1105652141140.7997.8
2.24-2.567.410.04723.4105030141280.7698.4
2.56-3.237.280.03531.1104301142800.7698.9
3.23-51.356.910.02549.999072141980.8596.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.1Lデータスケーリング
d*TREK9.1Lデータ削減
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→51.345 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.18 / FOM work R set: 0.8748 / SU ML: 0.33 / σ(F): 0.87 / 位相誤差: 20.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2008 13232 9.67 %random
Rwork0.1755 ---
obs0.178 137194 95.09 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.747 Å2 / ksol: 0.371 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 73.94 Å2 / Biso mean: 22.5603 Å2 / Biso min: 10.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1813 Å20 Å22.0388 Å2
2--3.5324 Å2-0 Å2
3----3.3511 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→51.345 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6930 0 211 1268 8409
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0057389
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.03210056
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0691088
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081276
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.3792865
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5-1.5170.28356120.27245968658070
1.517-1.53490.28916990.26456535723477
1.5349-1.55360.29478020.25967407820986
1.5536-1.57330.27658520.24717954880694
1.5733-1.5940.25979150.22138180909595
1.594-1.61580.24129050.21637993889895
1.6158-1.63890.23948880.20798134902296
1.6389-1.66340.23429160.20298170908696
1.6634-1.68940.24298620.19688197905996
1.6894-1.71710.22379490.19188148909796
1.7171-1.74670.22038340.18248227906196
1.7467-1.77840.22248380.18478252909097
1.7784-1.81260.21038680.17488288915697
1.8126-1.84960.21138430.18518291913497
1.8496-1.88990.21989100.18618251916197
1.8899-1.93380.20699210.17938251917297
1.9338-1.98220.21048860.17368345923198
1.9822-2.03580.20128550.17148257911298
2.0358-2.09570.22189130.17188379929298
2.0957-2.16330.21278900.17288292918298
2.1633-2.24070.19678480.1698484933298
2.2407-2.33040.21528810.17248362924398
2.3304-2.43640.21078800.17038365924598
2.4364-2.56490.20978900.17938390928099
2.5649-2.72560.20448910.1798424931599
2.7256-2.9360.19978480.17348448929699
2.936-3.23140.18129190.17248395931499
3.2314-3.69890.16799440.14738356930099
3.6989-4.65970.13848390.13318285912497
4.6597-51.37530.18389000.16377956885694

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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