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- PDB-4eqs: Crystal structure of the Y419F mutant of Staphylococcus aureus CoADR -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4eqs | ||||||
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Title | Crystal structure of the Y419F mutant of Staphylococcus aureus CoADR | ||||||
![]() | Coenzyme A disulfide reductase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE | ||||||
Function / homology | ![]() CoA-disulfide reductase / CoA-disulfide reductase (NADPH) activity / protein disulfide isomerase activity / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wallace, B.D. / Edwards, J.S. / Wallen, J.R. / Claiborne, A. / Redinbo, M.R. | ||||||
![]() | ![]() Title: Turnover-Dependent Covalent Inactivation of Staphylococcus aureus Coenzyme A-Disulfide Reductase by Coenzyme A-Mimetics: Mechanistic and Structural Insights. Authors: Wallace, B.D. / Edwards, J.S. / Wallen, J.R. / Moolman, W.J. / van der Westhuyzen, R. / Strauss, E. / Redinbo, M.R. / Claiborne, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 218.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 178.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.6 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.6 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 48.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 73.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4em3C ![]() 4em4C ![]() 4emwC ![]() 4eqrC ![]() 4eqwC ![]() 4eqxC C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 49202.516 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: Y419F Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: USA300 / Gene: cdr, SAUSA300_0873 / Plasmid: T7, pXCDR / Production host: ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 1281 molecules ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/COA.gif)
![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/COA.gif)
![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.32 Å3/Da / Density % sol: 46.89 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.2 Details: PEG 400, magnesium chloride, HEPES, NADP+, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Dec 2, 2008 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Monochromator: Double silicon(111) crystal monochromator with cryogenically-cooled first crystal and sagittally-bent second crystal horizontally-focusing at 3.3:1 demagnification. ...Monochromator: Monochromator: Double silicon(111) crystal monochromator with cryogenically-cooled first crystal and sagittally-bent second crystal horizontally-focusing at 3.3:1 demagnification. Mirror: Meridionally-bent fused silica mirror with palladium and uncoated stripes vertically-focusing at 6.6:1 demagnification. Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.5→51.35 Å / Num. obs: 137217 / % possible obs: 95.4 % / Redundancy: 7.28 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 17.1 / Scaling rejects: 7546 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.747 Å2 / ksol: 0.371 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 73.94 Å2 / Biso mean: 22.5603 Å2 / Biso min: 10.07 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.5→51.345 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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