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- PDB-4emn: Crystal structure of RpfB catalytic domain in complex with benzamidine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4emn
タイトルCrystal structure of RpfB catalytic domain in complex with benzamidine
要素Probable resuscitation-promoting factor rpfB
キーワードHYDROLASE / alpha beta
機能・相同性
機能・相同性情報


dormancy exit of symbiont in host / positive regulation of growth rate / 加水分解酵素 / quorum sensing / regulation of cell population proliferation / hydrolase activity / negative regulation of gene expression / positive regulation of gene expression / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Resuscitation-promoting factor, domain of unknown function DUF348 / G5-linked-Ubiquitin-like domain / Resuscitation-promoting factor, core lysozyme-like domain / : / Transglycosylase-like domain / G5 domain / G5 domain / G5 domain profile. / G5 / Lysozyme - #10 ...Resuscitation-promoting factor, domain of unknown function DUF348 / G5-linked-Ubiquitin-like domain / Resuscitation-promoting factor, core lysozyme-like domain / : / Transglycosylase-like domain / G5 domain / G5 domain / G5 domain profile. / G5 / Lysozyme - #10 / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZAMIDINE / Resuscitation-promoting factor RpfB / Resuscitation-promoting factor RpfB
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.17 Å
データ登録者Ruggiero, A. / Marchant, J. / Squeglia, F. / Makarov, V. / De Simone, A. / Berisio, R.
引用ジャーナル: J.Biomol.Struct.Dyn. / 年: 2013
タイトル: Molecular determinants of inactivation of the resuscitation promoting factor B from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Ruggiero, A. / Marchant, J. / Squeglia, F. / Makarov, V. / De Simone, A. / Berisio, R.
履歴
登録2012年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable resuscitation-promoting factor rpfB
B: Probable resuscitation-promoting factor rpfB
C: Probable resuscitation-promoting factor rpfB
D: Probable resuscitation-promoting factor rpfB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,27912
ポリマ－34,3664
非ポリマー9138
水10,215567
1
A: Probable resuscitation-promoting factor rpfB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,9284
ポリマ－8,5911
非ポリマー3363
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Probable resuscitation-promoting factor rpfB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,9284
ポリマ－8,5911
非ポリマー3363
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Probable resuscitation-promoting factor rpfB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,8323
ポリマ－8,5911
非ポリマー2402
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Probable resuscitation-promoting factor rpfB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,5911
ポリマ－8,5911
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.545, 50.733, 66.421
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.09, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Probable resuscitation-promoting factor rpfB


分子量: 8591.399 Da / 分子数: 4 / 断片: catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: MT1038, rpfB, Rv1009 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O05594, UniProt: P9WG29*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-BEN / BENZAMIDINE


分子量: 120.152 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8N2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 567 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 0.5% peg8000, 1M ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.17→30 Å / Num. obs: 85254 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.052
反射 シェル解像度: 1.17→1.21 Å / Rmerge(I) obs: 0.021 / % possible all: 75.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
SHELXL-97精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3eo5

3eo5


解像度: 1.17→15 Å / σ(F): 4 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.1876 4263 random
Rwork0.127 --
all0.1503 --
obs0.1291 80945 -
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.1 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.17→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2402 0 64 567 3033
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d0.03
LS精密化 シェル解像度: 1.17→1.21 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.018 4263
Rwork0.012 -
obs-80945

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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