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万見
- PDB-4ej7: Crystal structure of the aminoglycoside phosphotransferase APH(3'... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ej7
タイトルCrystal structure of the aminoglycoside phosphotransferase APH(3')-Ia, ATP-bound
要素Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
キーワードTRANSFERASE / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / CSGID / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / EUKARYOTIC PROTEIN KINASE-LIKE FOLD / ALPHA/BETA PROTEIN / PHOSPHOTRANSFERASE / AMINOGLYCOSIDE PHOSPHOTRANSFERASE / ANTIBIOTIC RESISTANCE / AMINOGLYCOSIDES / KANAMYCIN / GTP / INTRACELLULAR
機能・相同性
機能・相同性情報


kanamycin kinase / kanamycin kinase activity / phosphorylation / response to antibiotic / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Aminoglycoside 3-phosphotransferase / Aminoglycoside phosphotransferase / Phosphotransferase enzyme family / Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 / Aminoglycoside phosphotransferase (APH), C-terminal lobe / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Aminoglycoside 3'-phosphotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Minasov, G. / Tan, K. / Evdokimova, E. / Egorova, O. / Di Leo, R. / Shakya, T. / Wright, G.D. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2013
タイトル: Structure-guided optimization of protein kinase inhibitors reverses aminoglycoside antibiotic resistance.
著者: Stogios, P.J. / Spanogiannopoulos, P. / Evdokimova, E. / Egorova, O. / Shakya, T. / Todorovic, N. / Capretta, A. / Wright, G.D. / Savchenko, A.
履歴
登録2012年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2012年4月18日ID: 3R78
改定 1.02012年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月26日Group: Database references
改定 1.22013年8月7日Group: Database references
改定 1.32013年9月4日Group: Database references
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
B: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
C: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,42419
ポリマ－101,3153
非ポリマー2,10916
水5,296294
1
A: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5457
ポリマ－33,7721
非ポリマー7746
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4797
ポリマ－33,7721
非ポリマー7086
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3995
ポリマ－33,7721
非ポリマー6274
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
A: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
ヘテロ分子

A: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,09114
ポリマ－67,5442
非ポリマー1,54712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_755-x+2,y,-z+1/21
Buried area8320 Å2
ΔGint-114 kcal/mol
Surface area24740 Å2
手法PISA
5
B: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
ヘテロ分子

B: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,95914
ポリマ－67,5442
非ポリマー1,41512
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area7440 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area24330 Å2
手法PISA
6
C: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
ヘテロ分子

C: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,79810
ポリマ－67,5442
非ポリマー1,2558
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area7730 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area24780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.363, 152.466, 165.569
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-555-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Aminoglycoside 3'-phosphotransferase AphA1-IAB


分子量: 33771.828 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
株: AYE / 遺伝子: ABAYE3578, APHA1-IAB / プラスミド: P15TV LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B0VD92, kanamycin kinase
#2: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.73 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M CA ACETATE, 16% PEG3350, 2 MM ATP, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月6日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→43.669 Å / Num. obs: 91198 / % possible obs: 91.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / Net I/σ(I): 12.552
反射 シェル解像度: 2.29→2.3 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Rsym value: 0.5298 / % possible all: 69.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHELXS位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.29→43.669 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2516 3790 4.19 %random
Rwork0.2134 ---
obs0.215 90409 96.27 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 29.351 Å2 / ksol: 0.321 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.8067 Å2-0 Å20 Å2
2--31.4101 Å2-0 Å2
3---20.1465 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.29→43.669 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6472 0 112 294 6878
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096879
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6949395
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.752535
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043980
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031215
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2903-2.37220.34483590.32058391X-RAY DIFFRACTION93
2.3722-2.46720.32913830.29558699X-RAY DIFFRACTION97
2.4672-2.57940.37293810.29278801X-RAY DIFFRACTION97
2.5794-2.71540.33433820.26628735X-RAY DIFFRACTION97
2.7154-2.88550.31033880.25198662X-RAY DIFFRACTION97
2.8855-3.10820.29853830.25028756X-RAY DIFFRACTION97
3.1082-3.42090.31343910.22328656X-RAY DIFFRACTION97
3.4209-3.91570.22443750.2018768X-RAY DIFFRACTION97
3.9157-4.93230.21313790.16348650X-RAY DIFFRACTION96
4.9323-43.67650.19333690.19618501X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.14260.02360.07040.0644-0.01140.11880.0930.0342-0.4693-0.1860.1506-0.034-0.065-0.08950.2115-0.14480.187-0.240.07490.1560.174284.109325.000947.5867
20.1336-0.110.00460.13380.04150.1559-0.028-0.08-0.0447-0.01710.0761-0.03-0.0155-0.1490.00390.2077-0.00660.02290.1811-0.00160.151273.994447.678456.6634
30.1989-0.00590.1670.1977-0.04430.48350.37110.1106-0.18-0.150.21060.31770.1586-0.05720.30980.20630.0024-0.08660.21450.17750.384933.132173.40175.7129
40.0862-0.1129-0.08350.07380.0820.09710.06680.0498-0.00660.0435-0.07370.11610.12170.0347-0.00060.27740.0263-0.01330.1835-0.01270.172256.007664.403467.8521
50.0509-0.02490.01560.0803-0.0260.17340.18060.04080.1764-0.0386-0.06860.00030.1725-0.04590.01520.16740.00390.00630.2642-0.0170.221944.069829.778147.9276
60.12410.03770.04830.12160.03240.12980.1276-0.2442-0.41240.0038-0.0391-0.05350.00940.09970.08340.2703-0.0692-0.15130.31430.06730.276454.11117.014856.7389
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resid 1:102
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resid 103:271
3X-RAY DIFFRACTION3chain B and resid 1:102
4X-RAY DIFFRACTION4chain B and resid 103:271
5X-RAY DIFFRACTION5chain C and resid 1:102
6X-RAY DIFFRACTION6chain C and resid 103:271

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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