+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4eie | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of cytochrome c6C from Synechococcus sp. PCC 7002 | |||||||||
![]() | Cytochrome c6 | |||||||||
![]() | ELECTRON TRANSPORT / cytochrome c6C | |||||||||
機能・相同性 | ![]() plasma membrane-derived thylakoid lumen / photosynthesis / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Krzywda, S. / Bialek, W. / Zatwarnicki, P. / Jaskolski, M. / Szczepaniak, A. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Cytochrome c6 and c6C from Synechococcus sp. PCC 7002 - structure and function. 著者: Bialek, W. / Krzywda, S. / Zatwarnicki, P. / Jaskolski, M. / Szczepaniak, A. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008 タイトル: Deeply branching c6-like cytochromes of cyanobacteria. 著者: Bialek, W. / Nelson, M. / Tamiola, K. / Kallas, T. / Szczepaniak, A. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 84.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 70.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 783.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 788.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9412.511 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 29-115 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-HEC / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 化合物 | ChemComp-NA / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.78 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Protein solution: 15 mg/ml cytochrome c6C in 0.1 M TRIS pH 7.5, 0.2 M NaCl and 1 mM PMSF; Precipitant solution: 2 M NaCl and 2 M (NH4)2SO4. pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR555 FLAT PANEL / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年7月13日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Ge / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8149 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.03→21.04 Å / Num. all: 39532 / Num. obs: 39532 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 23.4 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 21.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.03→1.09 Å / 冗長度: 13.5 % / Rmerge(I) obs: 0.832 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 100 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 9.113 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.03→19.84 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.03→1.057 Å / Total num. of bins used: 20
|