[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-3dr0: Structure of reduced cytochrome c6 from Synechococcus sp. PCC 7002 -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3dr0 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Structure of reduced cytochrome c6 from Synechococcus sp. PCC 7002 | ||||||
![]() | Cytochrome c6 | ||||||
![]() | ELECTRON TRANSPORT / Cytochrome / photosynthesis / cyanobacteria / electron transfer / Heme / Iron / Metal-binding / Thylakoid / Transport | ||||||
Function / homology | ![]() plasma membrane-derived thylakoid lumen / photosynthesis / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bialek, W. / Krzywda, S. / Jaskolski, M. / Szczepaniak, A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Atomic-resolution structure of reduced cyanobacterial cytochrome c6 with an unusual sequence insertion Authors: Bialek, W. / Krzywda, S. / Jaskolski, M. / Szczepaniak, A. #1: Journal: Biochemistry / Year: 2008 Title: Deeply branching c6-like cytochromes of cyanobacteria Authors: Bialek, W. / Nelson, M. / Tamiola, K. / Kallas, T. / Szczepaniak, A. #2: ![]() Title: Cytochrome c6 from Synechococcus sp. PCC 7002 Authors: Nomura, C. / Bryant, D.A. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 144.3 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 114 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.5 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 1.5 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 9.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 15.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 1ctjS S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
3 | ![]()
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 9446.432 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: co-expression with pEC86 / Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.98 Å3/Da / Density % sol: 37.83 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.2 Details: 10mM HEPES, 2.2M Ammonium Sulfate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD / Date: Dec 21, 2006 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: Si [111], horizontally focussing / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.817 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.22→71.8 Å / Num. all: 62938 / Num. obs: 62908 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 25.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.22→1.26 Å / Redundancy: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.373 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 73.4 |
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ID 1CTJ Resolution: 1.23→19.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.988 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.984 / SU B: 1.302 / SU ML: 0.026 / Isotropic thermal model: Anisotropic ADPs / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.036 / ESU R Free: 0.036 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 7.467 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.23→19.58 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 1.226→1.258 Å / Total num. of bins used: 20
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|