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万見
- PDB-4ec5: Crystal structure of the S210C (dimer) mutant from the N-terminal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ec5
タイトルCrystal structure of the S210C (dimer) mutant from the N-terminal domain of the secretin XcpQ from Pseudomonas aeruginosa
要素General secretion pathway protein D
キーワードPROTEIN TRANSPORT / XcpQ / structural protein / N-terminal domain of the secretin / periplasmic space / outer membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / protein secretion / cell outer membrane / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 - #120 / Type II secretion system protein GspD / : / GspD-like, N0 domain / GspD/PilQ family / Bacterial type II secretion system protein D signature. / Type II secretion system protein GspD, conserved site / : / NolW-like / NolW-like superfamily ...Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 - #120 / Type II secretion system protein GspD / : / GspD-like, N0 domain / GspD/PilQ family / Bacterial type II secretion system protein D signature. / Type II secretion system protein GspD, conserved site / : / NolW-like / NolW-like superfamily / Bacterial type II/III secretion system short domain / Type II/III secretion system / Bacterial type II and III secretion system protein / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.197 Å
データ登録者Van der Meeren, R. / Savvides, S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: New Insights into the Assembly of Bacterial Secretins: STRUCTURAL STUDIES OF THE PERIPLASMIC DOMAIN OF XcpQ FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA.
著者: Van der Meeren, R. / Wen, Y. / Van Gelder, P. / Tommassen, J. / Devreese, B. / Savvides, S.N.
履歴
登録2012年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月2日Group: Database references
改定 1.22013年1月16日Group: Database references
改定 1.32013年2月6日Group: Database references
改定 1.42017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: General secretion pathway protein D
B: General secretion pathway protein D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1123
ポリマ－53,0722
非ポリマー401
水2,540141
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: General secretion pathway protein D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5361
ポリマ－26,5361
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: General secretion pathway protein D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5762
ポリマ－26,5361
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.790, 39.780, 93.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.75, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-301-

CA

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要素

#1: タンパク質 General secretion pathway protein D


分子量: 26535.959 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 35-277 / 変異: S210C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692/PAO1/1C/PRS 101/LMG 12228 / 遺伝子: xcpQ, PA3105 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35818
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.28 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 14% PEG8000, 0.2M Calcium acetate hydrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.8726 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.197→50 Å / Num. all: 22844 / Num. obs: 22248 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.197→46.602 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 23.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2338 1117 5.02 %5% of total reflections, using the Rfree-flag generation in phenix
Rwork0.213 ---
obs0.2141 22245 97.41 %-
all-22844 --
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 27.277 Å2 / ksol: 0.324 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.5957 Å2-0 Å21.8794 Å2
2--1.4241 Å20 Å2
3----3.0198 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.197→46.602 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3089 0 1 141 3231
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073148
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1654315
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1481090
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079541
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004559
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.197-2.29740.33631340.26032550X-RAY DIFFRACTION96
2.2974-2.41850.30891390.25382610X-RAY DIFFRACTION97
2.4185-2.570.28071360.23982618X-RAY DIFFRACTION98
2.57-2.76840.27751390.22942667X-RAY DIFFRACTION98
2.7684-3.04690.23711420.22192652X-RAY DIFFRACTION98
3.0469-3.48770.24931380.22292648X-RAY DIFFRACTION98
3.4877-4.39360.18971440.18562668X-RAY DIFFRACTION98
4.3936-46.61210.1891450.1922715X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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