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- PDB-4ea3: Structure of the N/OFQ Opioid Receptor in Complex with a Peptide ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ea3
タイトルStructure of the N/OFQ Opioid Receptor in Complex with a Peptide Mimetic
要素Fusion protein of Nociceptin receptor and cytochrome b562
キーワードSIGNALING PROTEIN / PSI-biology GPCR network / Structural Genomics / GPCR membrane protein 7TM NOP ORL1 cytochrome b562 / receptor / nociceptin orphanin FQ compound 24 opioid / fusion / membrane transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


nociceptin receptor activity / regulation of locomotor rhythm / negative regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / sensory perception / positive regulation of urine volume / conditioned place preference / neuropeptide binding / negative regulation of cAMP/PKA signal transduction / eating behavior / neuropeptide signaling pathway ...nociceptin receptor activity / regulation of locomotor rhythm / negative regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / sensory perception / positive regulation of urine volume / conditioned place preference / neuropeptide binding / negative regulation of cAMP/PKA signal transduction / eating behavior / neuropeptide signaling pathway / estrous cycle / negative regulation of blood pressure / sensory perception of pain / Peptide ligand-binding receptors / calcium-mediated signaling / electron transport chain / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor activity / response to estradiol / cytoplasmic vesicle / G alpha (i) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / periplasmic space / electron transfer activity / neuron projection / iron ion binding / heme binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
X opioid receptor / Opioid receptor / Cytochrome c/b562 / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) ...X opioid receptor / Opioid receptor / Cytochrome c/b562 / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0NN / OLEIC ACID / (2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Soluble cytochrome b562 / Nociceptin receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Homo Sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.013 Å
データ登録者Thompson, A.A. / Liu, W. / Chun, E. / Katritch, V. / Wu, H. / Vardy, E. / Huang, X.P. / Trapella, C. / Guerrini, R. / Calo, G. ...Thompson, A.A. / Liu, W. / Chun, E. / Katritch, V. / Wu, H. / Vardy, E. / Huang, X.P. / Trapella, C. / Guerrini, R. / Calo, G. / Roth, B.L. / Cherezov, V. / Stevens, R.C. / GPCR Network (GPCR)
引用ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: Structure of the nociceptin/orphanin FQ receptor in complex with a peptide mimetic.
著者: Thompson, A.A. / Liu, W. / Chun, E. / Katritch, V. / Wu, H. / Vardy, E. / Huang, X.P. / Trapella, C. / Guerrini, R. / Calo, G. / Roth, B.L. / Cherezov, V. / Stevens, R.C.
履歴
登録2012年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月30日Group: Database references
改定 1.22017年7月26日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fusion protein of Nociceptin receptor and cytochrome b562
B: Fusion protein of Nociceptin receptor and cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,0187
ポリマ－96,1562
非ポリマー1,8635
水1448
1
A: Fusion protein of Nociceptin receptor and cytochrome b562
ヘテロ分子

B: Fusion protein of Nociceptin receptor and cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,0187
ポリマ－96,1562
非ポリマー1,8635
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
Buried area2470 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area32000 Å2
手法PISA
2
A: Fusion protein of Nociceptin receptor and cytochrome b562
ヘテロ分子

B: Fusion protein of Nociceptin receptor and cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,0187
ポリマ－96,1562
非ポリマー1,8635
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_454x-1,y,z-11
Buried area2790 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area31680 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1920 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area32550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.106, 170.939, 65.353
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.14, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The significant oligomerization state of the receptor is unknown. Authors state that the configuration cannot occur in an anti-parallel fashion. All Biomolecules listed in REMARK350 below are anti-parallel and thus are not biologically significant in nature.

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Fusion protein of Nociceptin receptor and cytochrome b562 / OP4 / KOR-3 / ORL1 / NOCICEPTIN/ORPHANIN FQ RECEPTOR / Cytochrome b-562


分子量: 48077.820 Da / 分子数: 2 / 変異: M29W, H124I, K128L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Homo Sapiens (ヒト)
遺伝子: OOR, OPRL1, ORL1, cybC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: P0ABE7, UniProt: P41146

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非ポリマー , 5種, 13分子

#2: 化合物 ChemComp-0NN / 1-benzyl-N-[3-(1'H,3H-spiro[2-benzofuran-1,4'-piperidin]-1'-yl)propyl]-D-prolinamide


分子量: 433.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H35N3O2
#3: 化合物 ChemComp-OLB / (2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-O-オレオイル-L-グリセロ-ル


分子量: 356.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#4: 化合物 ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#5: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 23

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6.4
詳細: 25-30% (v/v) PEG 400, 100 to 200 mM potassium sodium tartrate tetrahydrate, 100 mM BIS-TRIS propane pH 6.4 , Lipidic Cubic Phase (LCP), temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月10日
詳細: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR AND K-B PAIR OF BIOMORPH MIRRORS FOR VERTICAL AND HORIZONTAL FOCUSING
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. all: 16545 / Num. obs: 16545 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 58.79 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.19 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 79.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceIceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 4DJH,1M6T

4djh

1m6t


解像度: 3.013→32.019 Å / SU ML: 0.45 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2884 845 5.12 %random
Rwork0.2484 ---
obs0.2505 16506 93.12 %-
all-16506 --
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.33 Å2 / ksol: 0.307 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.6868 Å2-0 Å2-1.7825 Å2
2---12.997 Å20 Å2
3----11.4978 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.013→32.019 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5007 0 115 8 5130
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035232
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5637116
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9671859
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.031865
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004867
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0134-3.2020.35091350.33092223X-RAY DIFFRACTION81
3.202-3.4490.35251170.30482595X-RAY DIFFRACTION92
3.449-3.79560.31831370.26462677X-RAY DIFFRACTION96
3.7956-4.34370.27941410.22532717X-RAY DIFFRACTION97
4.3437-5.46810.26111460.22742720X-RAY DIFFRACTION97
5.4681-32.02040.26871690.23162729X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.62580.0068-0.2471.2587-0.44733.8211-0.1821-0.14580.32340.18630.0941-0.1699-0.2121-0.06420.06620.2690.041-0.04940.4011-0.05640.34248.8824-43.91830.0793
21.7424-2.35281.34923.2731-1.74571.0445-0.0681-0.3624-0.24750.19690.18230.3841-0.0203-0.2779-0.14110.1731-0.0132-0.12570.12280.10110.145430.5754-7.462925.1791
32.76930.11110.24031.9176-0.20734.1114-0.16340.13720.0731-0.1660.0749-0.2002-0.00830.12680.03840.209-0.01520.0050.36380.00450.235814.4296-52.244539.607
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 47:331)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resseq 1003:1106)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain B and resseq 47:333)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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