PDB-4e82: Crystal structure of monomeric variant of human alpha-defensin 5,...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4.0E+82

タイトル

Crystal structure of monomeric variant of human alpha-defensin 5, HD5 (Glu21EMe mutant)

要素

Defensin-5

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / monomeric variant / antimicrobial peptide / Glu21 methylation / Paneth cells

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of membrane permeability / disruption of plasma membrane integrity in another organism / Defensins / killing by host of symbiont cells / Alpha-defensins / Mitochondrial unfolded protein response (UPRmt) / defense response to fungus / transport vesicle / secretory granule / innate immune response in mucosa ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Pazgier, M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Functional determinants of human enteric {alpha}-defensin HD5: crucial role for hydrophobicity at dimer interface.
著者: Rajabi, M. / Ericksen, B. / Wu, X. / de Leeuw, E. / Zhao, L. / Pazgier, M. / Lu, W.

履歴

登録	2012年3月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年5月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年6月19日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_rmsd_bond / struct_conn Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4e82.cif.gz	37.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4e82.ent.gz	26.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4e82.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4e82_validation.pdf.gz	416.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4e82_full_validation.pdf.gz	416.1 KB	表示
XML形式データ	4e82_validation.xml.gz	5.6 KB	表示
CIF形式データ	4e82_validation.cif.gz	6.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/4e82 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/4e82	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4e83C 4e86C 1zmpS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4e86-7 4e86-9 4e86-8 2mel-d 3qte-1 6k51-d 4e83-2 3lo6-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#162 - 2013年6月ダームシジン (Dermcidin) 類似性 (10) #169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (1) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Defensin-5

B: Defensin-5

7.22 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Defensin-5

登録者が定義した集合体
3.61 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Defensin-5

登録者が定義した集合体
3.61 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	22.317, 37.733, 59.852
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ALA	ALA	CYS	CYS	A	A	1 - 20	1 - 20
2	1	ALA	ALA	CYS	CYS	B	B	1 - 20	1 - 20
1	2	ILE	ILE	ARG	ARG	A	A	22 - 32	22 - 32
2	2	ILE	ILE	ARG	ARG	B	B	22 - 32	22 - 32

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質・ペプチド	Defensin-5 / alpha-defensin 5 / HD5 / Defensin / alpha 5 分子量: 3608.255 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 63-94 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q01523
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 29.55 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M sodium citrate tribasic dehydrate, 0.1 M HEPES sodium, 20% isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年6月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.66→50 Å / Num. all: 11157 / Num. obs: 6204 / % possible obs: 56 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.122 / R_sym value: 0.165 / Net I/σ(I): 17.5
反射シェル	解像度: 1.66→1.69 Å / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.18 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / R_sym value: 0.18 / % possible all: 92.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0117	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ZMP

1zmp

解像度: 1.7→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 4.091 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2124	265	4.6 %	RANDOM
R_work	0.1702	-	-	-
obs	0.1721	5743	96.52 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 78.97 Å² / B_iso mean: 26.7686 Å² / B_iso min: 15.13 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.29 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.29 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	492	0	0	55	547

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.019	496
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.805	2.009	658
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.321	5	58
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.354	14.444	18
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.684	15	86
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.098	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.111	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	348

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	18	X-RAY DIFFRACTION	0.11	0.05
1	2	B	18	X-RAY DIFFRACTION	0.11	0.05
2	1	A	10	X-RAY DIFFRACTION	0.09	0.05
2	2	B	10	X-RAY DIFFRACTION	0.09	0.05

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.293	15	-
R_work	0.195	332	-
all	-	347	-
obs	-	-	95.33 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9117	-0.0371	0.1323	3.652	-1.545	3.1511	-0.0376	-0.021	0.0881	0.0582	0.004	-0.0017	-0.1968	0.0238	0.0336	0.0229	0.0059	-0.0064	0.0113	-0.0011	0.0073	-11.1736	2.0383	8.5443
2	2.2	0.1978	0.3371	2.1963	1.3113	2.4292	-0.0511	-0.0686	-0.0651	0.0861	0.0706	-0.054	0.0404	0.0591	-0.0195	0.0169	0.0117	-0.0054	0.0231	0.0029	0.0071	-1.6044	-7.2588	9.1583

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 32
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 32

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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