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- PDB-4e7w: Structure of GSK3 from Ustilago maydis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4e7w
タイトルStructure of GSK3 from Ustilago maydis
要素Glycogen Synthase Kinase 3
キーワードTRANSFERASE / GSK3 / Kinase / pTyr195
機能・相同性Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta / :
機能・相同性情報
生物種Ustilago maydis (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Gruetter, C. / Rauh, D.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2012
タイトル: Targeting GSK3 from Ustilago maydis: Type-II Kinase Inhibitors as Potential Antifungals.
著者: Grutter, C. / Simard, J.R. / Mayer-Wrangowski, S.C. / Schreier, P.H. / Perez-Martin, J. / Richters, A. / Getlik, M. / Gutbrod, O. / Braun, C.A. / Beck, M.E. / Rauh, D.
履歴
登録2012年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月1日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycogen Synthase Kinase 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7981
ポリマ－44,7981
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)151.420, 151.420, 67.430
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number150
Space group name H-MP321

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要素

#1: タンパク質 Glycogen Synthase Kinase 3


分子量: 44797.781 Da / 分子数: 1 / 変異: Delta(S59-K70) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ustilago maydis (菌類) / 株: 521 / FGSC 9021 / 遺伝子: UM00560.1 / プラスミド: pDEST17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q4PH53, non-specific serine/threonine protein kinase
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.31 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 8-12% (w/v) EtOH, 1.5 M NaCl, 40 mM SrCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9826 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月30日 / 詳細: Dynamicall bendable mirror
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9826 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→45 Å / Num. all: 13660 / Num. obs: 13635 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.19 % / Biso Wilson estimate: 99.254 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 20.52
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique allNum. unique obs% possible all
3.3-3.46.350.6653728911481148100
3.4-3.50.5783.4364071023100
3.5-3.90.267.0219710313699.9
3.9-4.420.10515.43160592562100
4.42-6.20.05228.21224603638100
6.2-90.02844.728461140999.8
9-150.0264.4319656699.6
150.01960.6277715389.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.3 Å39.94 Å
Translation3.3 Å39.94 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1I09

1i09


解像度: 3.3→39.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.85 / WRfactor Rfree: 0.2803 / WRfactor Rwork: 0.227 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7598 / SU B: 25.73 / SU ML: 0.412 / SU R Cruickshank DPI: 1.1913 / SU Rfree: 0.4734 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.191 / ESU R Free: 0.473 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2969 819 6 %RANDOM
Rwork0.2409 ---
obs0.2442 13635 100 %-
all-13660 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 168.42 Å2 / Biso mean: 121.6046 Å2 / Biso min: 80 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.47 Å21.73 Å20 Å2
2--3.47 Å20 Å2
3----5.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→39.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2871 0 0 0 2871
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0222937
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0581.9863984
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1015359
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.31223.566129
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.5915520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7571522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2446
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212207
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9251.51806
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.19222939
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.54831131
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.0114.51045
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.385 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 61 -
Rwork0.353 951 -
all-1012 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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