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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4e5o | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of mouse thymidylate synthase in complex with dUMP | |||||||||
![]() | Thymidylate synthase | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / protein-ligand complex / methyltransferase / Nucleotide biosynthesis | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / uracil metabolic process / response to organophosphorus / intestinal epithelial cell maturation / response to folic acid / thymidylate synthase / response to vitamin A / sequence-specific mRNA binding / cartilage development / tetrahydrofolate interconversion ...Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / uracil metabolic process / response to organophosphorus / intestinal epithelial cell maturation / response to folic acid / thymidylate synthase / response to vitamin A / sequence-specific mRNA binding / cartilage development / tetrahydrofolate interconversion / thymidylate synthase activity / folic acid binding / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / heterocyclic compound binding / developmental growth / response to glucocorticoid / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / response to cytokine / response to progesterone / liver regeneration / response to toxic substance / circadian rhythm / regulation of translation / methylation / response to ethanol / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / response to xenobiotic stimulus / mRNA binding / protein homodimerization activity / mitochondrion / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Dowiercial, A. / Jarmula, A. / Rypniewski, W. / Sokolowska, M. / Fraczyk, T. / Ciesla, J. / Rode, W. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Mouse thymidylate synthase does not show the inactive conformation, observed for the human enzyme 著者: Dowiercial, A. / Jarmula, A. / Wilk, P. / Rypniewski, W. / Kowalska, M. / Fraczyk, T. / Ciesla, J. / Rode, W. #1: ![]() タイトル: Crystal structures of substrate- and sulfate-bound mouse thymidylate synthase 著者: Dowiercial, A. / Jarmula, A. / Rypniewski, W. / Sokolowska, M. / Fraczyk, T. / Ciesla, J. / Rode, W. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 384.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 311.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35001.016 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-UMP / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.49 % |
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: K/Na Tartrate, PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月8日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) bent crystal, horizontally focusing プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.908 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.7→20 Å / Num. obs: 207806 / % possible obs: 99.9 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Χ2: 0.955 / Net I/σ(I): 16.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1RTS 解像度: 1.7→19.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / WRfactor Rfree: 0.3058 / WRfactor Rwork: 0.2486 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.7769 / SU B: 2.855 / SU ML: 0.095 / SU R Cruickshank DPI: 0.1348 / SU Rfree: 0.1395 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 87.12 Å2 / Biso mean: 29.3331 Å2 / Biso min: 9.21 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.95 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.745 Å / Total num. of bins used: 20
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