PDB-1p75: Crystal structure of EHV4-TK complexed with TP5A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1p75

タイトル

Crystal structure of EHV4-TK complexed with TP5A

要素

Thymidine kinase

キーワード

TRANSFERASE / P-loop / Lid

機能・相同性

機能・相同性情報

TMP biosynthetic process / thymidine kinase / thymidine kinase activity / DNA biosynthetic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Equid herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.02 Å

データ登録者

Gardberg, A. / Shuvalova, L. / Monnerjahn, C. / Konrad, M. / Lavie, A.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2003
タイトル: Structural basis for the dual thymidine and thymidylate kinase activity of herpes thymidine kinases.
著者: Gardberg, A. / Shuvalova, L. / Monnerjahn, C. / Konrad, M. / Lavie, A.

履歴

登録	2003年4月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年11月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年8月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1p75.cif.gz	267.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1p75.ent.gz	219.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1p75.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1p75_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1p75_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	1p75_validation.xml.gz	54.8 KB	表示
CIF形式データ	1p75_validation.cif.gz	72 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p7/1p75 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p7/1p75	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1p6xC 1p72SC 1p73C 1p7cC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1p6x-d 1p72-d 3f0t-d 4oqx-d 1p73-1 4jby-d 4ivr-d 2i3w-d 3rdp-d 1p73-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thymidine kinase

B: Thymidine kinase

C: Thymidine kinase

D: Thymidine kinase

ヘテロ分子

153 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thymidine kinase

B: Thymidine kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
77 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Thymidine kinase

D: Thymidine kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
76.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

A: Thymidine kinase

ヘテロ分子

A: Thymidine kinase

ヘテロ分子

D: Thymidine kinase

ヘテロ分子

D: Thymidine kinase

ヘテロ分子

B: Thymidine kinase

C: Thymidine kinase

ヘテロ分子

B: Thymidine kinase

C: Thymidine kinase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
306 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
crystal symmetry operation	3_556	-x+1/2,y+1/2,-z+1	1
crystal symmetry operation	4_456	x-1/2,-y+1/2,-z+1	1
crystal symmetry operation	3_557	-x+1/2,y+1/2,-z+2	1
crystal symmetry operation	4_457	x-1/2,-y+1/2,-z+2	1
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_565	-x,-y+1,z	1

4

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.874, 117.227, 125.003
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ILE	ILE	SER	SER	3	A	A	25 - 39	7 - 21
2	1	1	ILE	ILE	SER	SER	3	B	B	25 - 39	7 - 21
3	1	1	ILE	ILE	SER	SER	3	C	C	25 - 39	7 - 21
4	1	1	ILE	ILE	SER	SER	3	D	D	25 - 39	7 - 21
5	2	1	PRO	PRO	VAL	VAL	3	A	A	59 - 73	41 - 55
6	2	1	PRO	PRO	VAL	VAL	3	B	B	59 - 73	41 - 55
7	2	1	PRO	PRO	VAL	VAL	3	C	C	59 - 73	41 - 55
8	2	1	PRO	PRO	VAL	VAL	3	D	D	59 - 73	41 - 55
9	3	1	GLN	GLN	THR	THR	3	A	A	102 - 116	84 - 98
10	3	1	GLN	GLN	THR	THR	3	B	B	102 - 116	84 - 98
11	3	1	GLN	GLN	THR	THR	3	C	C	102 - 116	84 - 98
12	3	1	GLN	GLN	THR	THR	3	D	D	102 - 116	84 - 98
13	4	1	VAL	VAL	SER	SER	3	A	A	136 - 159	118 - 141
14	4	1	VAL	VAL	SER	SER	3	B	B	136 - 159	118 - 141
15	4	1	VAL	VAL	SER	SER	3	C	C	136 - 159	118 - 141
16	4	1	VAL	VAL	SER	SER	3	D	D	136 - 159	118 - 141
17	5	1	ASN	ASN	ASN	ASN	3	A	A	178 - 185	160 - 167
18	5	1	ASN	ASN	ASN	ASN	3	B	B	178 - 185	160 - 167
19	5	1	ASN	ASN	ASN	ASN	3	C	C	178 - 185	160 - 167
20	5	1	ASN	ASN	ASN	ASN	3	D	D	178 - 185	160 - 167
21	6	1	ILE	ILE	MET	MET	3	A	A	208 - 217	190 - 199
22	6	1	ILE	ILE	MET	MET	3	B	B	208 - 217	190 - 199
23	6	1	ILE	ILE	MET	MET	3	C	C	208 - 217	190 - 199
24	6	1	ILE	ILE	MET	MET	3	D	D	208 - 217	190 - 199
25	7	1	LEU	LEU	LEU	LEU	3	A	A	267 - 276	249 - 258
26	7	1	LEU	LEU	LEU	LEU	3	B	B	267 - 276	249 - 258
27	7	1	LEU	LEU	LEU	LEU	3	C	C	267 - 276	249 - 258
28	7	1	LEU	LEU	LEU	LEU	3	D	D	267 - 276	249 - 258
29	8	1	ILE	ILE	TRP	TRP	3	A	A	283 - 289	265 - 271
30	8	1	ILE	ILE	TRP	TRP	3	B	B	283 - 289	265 - 271
31	8	1	ILE	ILE	TRP	TRP	3	C	C	283 - 289	265 - 271
32	8	1	ILE	ILE	TRP	TRP	3	D	D	283 - 289	265 - 271
33	9	1	PHE	PHE	THR	THR	5	A	A	304 - 311	286 - 293
34	9	1	PHE	PHE	THR	THR	5	B	B	304 - 311	286 - 293
35	9	1	PHE	PHE	THR	THR	5	C	C	304 - 311	286 - 293
36	9	1	PHE	PHE	THR	THR	5	D	D	304 - 311	286 - 293
1	1	2	T5A	T5A	T5A	T5A	4	A	J	501
2	1	2	T5A	T5A	T5A	T5A	4	B	R	502
3	1	2	T5A	T5A	T5A	T5A	4	C	U	503

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Thymidine kinase 分子量: 37013.301 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Equid herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス) 属: Varicellovirus / 株: 1942 / 遺伝子: TK / プラスミド: pUT699 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 C41 (DE3) / 参照: UniProt: P24425, thymidine kinase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-T5A / P1-(5'-ADENOSYL)P5-(5'-THYMIDYL)PENTAPHOSPHATE 分子量: 891.354 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₃₀N₇O₂₃P₅
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.47 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Ammonium sulfate, MES, Dioxane, pH 6.5, Vapor Diffusion, Hanging drop, microseeding, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

結晶化

*PLUS

pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	0.1 M	MES	1	reservoir	pH6.5
2	1.2 M	ammonium sulfate	1	reservoir
3	5 %	dioxane	1	reservoir
4	5.5 mg/ml	enzyme	1	drop
5	1.0 mM	TMP	1	drop
6	2.0 mM	ADP	1	drop
7	25 mM	HEPES	1	drop	pH7.0
8	5 mM		1	drop		MgSO4
9	5 mM	dithiothreitol	1	drop
10	100 mM		1	drop		KCl
11	5 %	glycerol	1	drop

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	最高解像度: 3.02 Å / Num. obs: 31559
反射	PLUS 最高解像度: 3 Å / Num. all: 613603 / % possible obs: 96.8 % / R_merge(I) obs*: 0.118
反射シェル	PLUS % possible obs: 88.9 % / R_merge(I) obs: 0.265 / Mean I/σ(I) obs*: 5.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1P72

1p72

解像度: 3.02→29.58 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.911 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.802 / SU B: 22.349 / SU ML: 0.416 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.585 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29773	2988	9.8 %	RANDOM
R_work	0.20177	-	-	-
all	0.21108	27616	-	-
obs	0.21108	27616	96.83 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.272 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.44 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.87 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.02→29.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10157	0	392	155	10704

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.021	10759
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.604	1.993	14728
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.747	5	1315
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	1677
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	7904
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.24	0.2	5262
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.183	0.2	457
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.228	0.2	71
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.195	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.799	2	6563
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.443	3	10539
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.789	2	4196
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.272	3	4189
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	412	tight positional	0.06	0.05
1	2	B	412	tight positional	0.05	0.05
1	3	C	412	tight positional	0.06	0.05
1	4	D	412	tight positional	0.06	0.05
1	1	A	32	medium positional	0.32	0.5
1	2	B	32	medium positional	0.25	0.5
1	3	C	32	medium positional	0.43	0.5
1	4	D	32	medium positional	0.42	0.5
2	1	A	78	medium positional	0.26	0.5
2	2	B	78	medium positional	0.21	0.5
2	3	C	78	medium positional	0.21	0.5
1	1	A	453	loose positional	0.4	5
1	2	B	453	loose positional	0.39	5
1	3	C	453	loose positional	0.46	5
1	4	D	453	loose positional	0.47	5
1	1	A	412	tight thermal	0.09	0.5
1	2	B	412	tight thermal	0.1	0.5
1	3	C	412	tight thermal	0.11	0.5
1	4	D	412	tight thermal	0.11	0.5
1	1	A	32	medium thermal	1.02	2
1	2	B	32	medium thermal	0.81	2
1	3	C	32	medium thermal	1.01	2
1	4	D	32	medium thermal	1.97	2
2	1	A	78	medium thermal	0.42	2
2	2	B	78	medium thermal	0.34	2
2	3	C	78	medium thermal	0.31	2
1	1	A	453	loose thermal	1.51	10
1	2	B	453	loose thermal	1.5	10
1	3	C	453	loose thermal	1.56	10
1	4	D	453	loose thermal	1.86	10

LS精密化シェル

解像度: 3.017→3.095 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.355	189
R_work	0.258	1724

精密化

*PLUS

最低解像度: 30 Å / R_factor R_free: 0.298 / R_factor R_work: 0.202

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.013
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.604

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関連情報:EMDBヘッダ

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