PDB-1p73: Crystal structure of EHV4-TK complexed with TP4A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1p73

タイトル

Crystal structure of EHV4-TK complexed with TP4A

要素

Thymidine kinase

キーワード

TRANSFERASE / P-loop / Lid

機能・相同性

機能・相同性情報

TMP biosynthetic process / thymidine kinase / thymidine kinase activity / DNA biosynthetic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Equid herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Gardberg, A. / Shuvalova, L. / Monnerjahn, C. / Konrad, M. / Lavie, A.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2003
タイトル: Structural basis for the dual thymidine and thymidylate kinase activity of herpes thymidine kinases.
著者: Gardberg, A. / Shuvalova, L. / Monnerjahn, C. / Konrad, M. / Lavie, A.

履歴

登録	2003年4月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年11月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年8月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1p73.cif.gz	261.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1p73.ent.gz	209.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1p73.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1p73_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1p73_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	1p73_validation.xml.gz	49.9 KB	表示
CIF形式データ	1p73_validation.cif.gz	66.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p7/1p73 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p7/1p73	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1p6xC 1p72SC 1p75C 1p7cC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ras-1 6zxu-1 4ras-3 1p72-d 6zy1-3 6zy1-1 6guo-2 1e2n-d 6zxu-2 1p75-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thymidine kinase

B: Thymidine kinase

C: Thymidine kinase

D: Thymidine kinase

ヘテロ分子

152 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thymidine kinase

B: Thymidine kinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
76.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Thymidine kinase

D: Thymidine kinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
75.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	111.347, 118.293, 122.652
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Thymidine kinase 分子量: 37013.301 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Equid herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス) 属: Varicellovirus / 株: 1942 / 遺伝子: TK / プラスミド: pUT699 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 C41 (DE3) / 参照: UniProt: P24425, thymidine kinase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-4TA / P1-(5'-ADENOSYL)P4-(5'-(2'-DEOXY-THYMIDYL))TETRAPHOSPHATE タイプ: RNA linking / 分子量: 807.342 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₅N₇O₂₀P₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.89 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Ammonium sulfate, MES, Dioxane, pH 6.5, Vapor Diffusion, Hanging drop, microseeding, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

結晶化

*PLUS

pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	0.1 M	MES	1	reservoir	pH6.5
2	1.2 M	ammonium sulfate	1	reservoir
3	5 %	dioxane	1	reservoir
4	5.5 mg/ml	enzyme	1	drop
5	1.0 mM	TMP	1	drop
6	2.0 mM	ADP	1	drop
7	25 mM	HEPES	1	drop	pH7.0
8	5 mM		1	drop		MgSO4
9	5 mM	dithiothreitol	1	drop
10	100 mM		1	drop		KCl
11	5 %	glycerol	1	drop

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	最高解像度: 2.7 Å / Num. obs: 45176
反射	PLUS Num. all: 902706 / % possible obs: 98.4 % / R_merge(I) obs*: 0.097
反射シェル	PLUS % possible obs: 91 % / R_merge(I) obs: 0.378 / Mean I/σ(I) obs*: 2.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1P72

1p72

解像度: 2.7→29.68 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.912 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.846 / SU B: 13.112 / SU ML: 0.275 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.392 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27629	4439	10 %	RANDOM
R_work	0.21252	-	-	-
all	0.21889	40082	-	-
obs	0.21889	40082	98.44 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.921 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.17 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.58 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→29.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9790	0	259	147	10196

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.021	10257
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.42	1.975	14018
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.451	5	1282
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	1635
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	7586
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	4637
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	397
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.22	0.2	108
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.179	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.555	1.5	6425
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.059	2	10255
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.331	3	3832
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.206	4.5	3758
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.364	289
R_work	0.254	2734

精密化

*PLUS

最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 30 Å / R_factor R_free: 0.276 / R_factor R_work: 0.213

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.01
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.42

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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