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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1p7c | ||||||
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Title | Crystal Structure of HSV1-TK complexed with TP5A | ||||||
![]() | Thymidine kinase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / P-loop / Lid / bisubstrate inhibitor | ||||||
Function / homology | ![]() TMP biosynthetic process / thymidine kinase / thymidine kinase activity / DNA biosynthetic process / phosphorylation / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gardberg, A. / Shuvalova, L. / Monnerjahn, C. / Konrad, M. / Lavie, A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural basis for the dual thymidine and thymidylate kinase activity of herpes thymidine kinases. Authors: Gardberg, A. / Shuvalova, L. / Monnerjahn, C. / Konrad, M. / Lavie, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 140 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 107.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 765.9 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 780 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 28.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 40.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 1p6xC ![]() 1p72C ![]() 1p73C ![]() 1p75C ![]() 1vtkS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 37205.605 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Genus: Simplexvirus / Species: Human herpesvirus 1 / Strain: 17 / Gene: TK OR UL23 / Plasmid: pGEX-RB / Species (production host): Escherichia coli / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: P03176, UniProt: P0DTH5*PLUS, thymidine kinase #2: Chemical | ChemComp-T5A / | #3: Chemical | ChemComp-SO4 / | #4: Chemical | ChemComp-THM / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.43 Å3/Da / Density % sol: 49.34 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.75 Details: Ammonium sulfate, Tris, TP5A, pH 6.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS pH: 7 / Method: vapor diffusion, hanging drop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD / Date: 2000 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Highest resolution: 2.1 Å / Num. obs: 41672 |
Reflection | *PLUS Num. all: 198478 / % possible obs: 97.9 % / Rmerge(I) obs: 0.072 |
Reflection shell | *PLUS % possible obs: 97.9 % / Rmerge(I) obs: 0.319 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 |
-
Processing
Software | Name: REFMAC / Version: 5.1.24 / Classification: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 1VTK Resolution: 2.1→35.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.875 / SU B: 5.084 / SU ML: 0.135 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.288 / ESU R Free: 0.231 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 27.634 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→35.94 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20 /
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Refinement | *PLUS Highest resolution: 2.1 Å / Lowest resolution: 35.9 Å / Rfactor Rfree: 0.285 / Rfactor Rwork: 0.239 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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