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万見
- PDB-4e5c: Crystal Structure of 19mer double-helical RNA containing CUG/CGG-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4e5c
タイトルCrystal Structure of 19mer double-helical RNA containing CUG/CGG-repeats
要素5'-R(P*GP*GP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*C)-3'
キーワードRNA / siRNA / trinucleotide repeat expansion
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Malinina, L. / Popov, A. / Tamjar, J.
引用ジャーナル: J.Biomol.Struct.Dyn. / 年: 2012
タイトル: Structural dynamics of double-helical RNAs composed of CUG/CUG- and CUG/CGG-repeats.
著者: Tamjar, J. / Katorcha, E. / Popov, A. / Malinina, L.
履歴
登録2012年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月29日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-R(P*GP*GP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*C)-3'
B: 5'-R(P*GP*GP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3112
ポリマ－12,3112
非ポリマー00
水2,954164
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1970 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area7180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.154, 45.154, 104.036
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-101-

HOH

21A-102-

HOH

31A-103-

HOH

41A-105-

HOH

51A-106-

HOH

61A-130-

HOH

71B-101-

HOH

81B-103-

HOH

91B-107-

HOH

101B-108-

HOH

111B-115-

HOH

121B-121-

HOH

-
要素

#1: RNA鎖 5'-R(P*GP*GP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*C)-3'


分子量: 6155.705 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: pGG(CGG)3(CUG)2CC
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.54 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 1.8 mM ammonium sulfate, 0.1 M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9724 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月5日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→20 Å / Num. all: 14282 / Num. obs: 13505 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Χ2: 1.132 / Net I/σ(I): 21.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.7-1.762.10.09811241.101180.4
1.76-1.832.40.11512621.274191.3
1.83-1.913.20.1113681.317197.6
1.91-2.023.50.07913811.185199.8
2.02-2.143.50.05614261.032199.9
2.14-2.313.50.04413890.972199.8
2.31-2.543.50.03514190.877199.9
2.54-2.93.50.02814300.769199.5
2.9-3.663.30.04113861.524195.7
3.66-2030.03613271.479185.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / WRfactor Rfree: 0.3241 / WRfactor Rwork: 0.3109 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / FOM work R set: 0.8192 / SU B: 2.523 / SU ML: 0.068 / SU R Cruickshank DPI: 0.1637 / SU Rfree: 0.1474 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2444 666 4.9 %RANDOM
Rwork0.2125 ---
obs0.214 13498 94.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 59.97 Å2 / Biso mean: 28.382 Å2 / Biso min: 13.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.49 Å20.25 Å20 Å2
2--0.49 Å20 Å2
3----0.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 822 0 164 986
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.021916
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.02308
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.86531430
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0833806
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2190
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02402
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.0280
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1090.290
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.260.2395
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2420.2323
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0590.2195
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1620.292
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0630.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1290.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2730.226
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.35331353
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8284.51430
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.197 48 -
Rwork0.198 764 -
all-812 -
obs--78.23 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -11.5977 Å / Origin y: 28.3491 Å / Origin z: 28.4265 Å
111213212223313233
T-0.0222 Å20.0054 Å2-0.0116 Å2--0.0668 Å20.018 Å2---0.054 Å2
L0.8481 °2-0.1046 °20.0608 °2-0.5322 °2-0.6048 °2--0.6914 °2
S0.0591 Å °-0.1607 Å °-0.11 Å °0.193 Å °0.0737 Å °0.0503 Å °0.0226 Å °-0.1544 Å °-0.1328 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 19
2X-RAY DIFFRACTION1B1 - 19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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