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Yorodumi- PDB-6ia2: Crystal structure of a self-complementary RNA duplex recognized by Com -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ia2 | ||||||||||||||||||||||||||||
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Title | Crystal structure of a self-complementary RNA duplex recognized by Com | ||||||||||||||||||||||||||||
Components | RNA (5'-R(*Keywords | RNA / RNA duplex / Com binding motif | Function / homology | RNA / RNA (> 10) | Function and homology information Biological species | synthetic construct (others) | Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.27 Å | Authors | Nowacka, M. / Fernandes, H. / Kiliszek, A. / Bernat, A. / Lach, G. / Bujnicki, J.M. | Funding support | Poland, 1items |
Citation | Journal: Plos One / Year: 2019 | Title: Specific interaction of zinc finger protein Com with RNA and the crystal structure of a self-complementary RNA duplex recognized by Com. Authors: Nowacka, M. / Fernandes, H. / Kiliszek, A. / Bernat, A. / Lach, G. / Bujnicki, J.M. History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ia2.cif.gz | 55 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6ia2.ent.gz | 40.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ia2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/6ia2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/6ia2 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3glpS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: RNA chain | Mass: 6076.689 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #2: Chemical | ChemComp-CL / | #3: Chemical | ChemComp-SO4 / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.58 Å3/Da / Density % sol: 52.4 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.6 Details: 0.1M sodium acetate trihydrate pH 4.6, 2M ammonium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.2 / Wavelength: 0.91841 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Jan 7, 2016 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91841 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.27→25.545 Å / Num. obs: 6194 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 6.832 % / Biso Wilson estimate: 46.16 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rrim(I) all: 0.05 / Χ2: 0.912 / Net I/σ(I): 27.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3GLP Resolution: 2.27→25.545 Å / SU ML: 0.3 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 30.13
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 74.85 Å2 / Biso mean: 41.6514 Å2 / Biso min: 22.6 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.27→25.545 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 2
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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