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- PDB-6ia2: Crystal structure of a self-complementary RNA duplex recognized by Com -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ia2
タイトルCrystal structure of a self-complementary RNA duplex recognized by Com
要素RNA (5'-R(*AP*GP*AP*GP*AP*AP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*GP*UP*UP*CP*CP*CP*U)-3')
キーワードRNA / RNA duplex / Com binding motif
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Nowacka, M. / Fernandes, H. / Kiliszek, A. / Bernat, A. / Lach, G. / Bujnicki, J.M.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Higher EducationIuventus Plus IP2012 049072 ポーランド
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2019
タイトル: Specific interaction of zinc finger protein Com with RNA and the crystal structure of a self-complementary RNA duplex recognized by Com.
著者: Nowacka, M. / Fernandes, H. / Kiliszek, A. / Bernat, A. / Lach, G. / Bujnicki, J.M.
履歴
登録2018年11月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*AP*GP*AP*GP*AP*AP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*GP*UP*UP*CP*CP*CP*U)-3')
B: RNA (5'-R(*AP*GP*AP*GP*AP*AP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*GP*UP*UP*CP*CP*CP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2854
ポリマ－12,1532
非ポリマー1322
水18010
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2050 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area6920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.804, 38.759, 101.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*AP*GP*AP*GP*AP*AP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*GP*UP*UP*CP*CP*CP*U)-3')


分子量: 6076.689 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.4 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1M sodium acetate trihydrate pH 4.6, 2M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→25.545 Å / Num. obs: 6194 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.832 % / Biso Wilson estimate: 46.16 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rrim(I) all: 0.05 / Χ2: 0.912 / Net I/σ(I): 27.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.27-2.416.1450.5033.559450.8730.54998.6
2.41-2.577.1920.3455.739170.9520.372100
2.57-2.787.1560.2099.368740.9830.226100
2.78-3.047.1320.08718.9479410.09499.7
3.04-3.47.0110.0435.1372110.04498.9
3.4-3.926.9010.03144.9365510.03399.1
3.92-4.786.850.02561.2555510.027100
4.78-6.76.4980.02660.854560.9990.02899.8
6.7-25.5455.9930.01770.4227710.01897.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GLP

3glp


解像度: 2.27→25.545 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 309 5 %
Rwork0.2119 --
obs0.2137 6176 99.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 74.85 Å2 / Biso mean: 41.6514 Å2 / Biso min: 22.6 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.27→25.545 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 804 6 10 820
Biso mean--65.15 40.11 -
残基数----38
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005984
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9111539
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032204
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00541
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.712494
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 2

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2694-2.85870.3411510.277428643015100
2.8587-25.5470.22111580.19413003316199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.66860.0049-0.15990.81510.90881.5273-0.0133-0.196-0.18520.12240.3947-0.0880.59370.3199-0.38110.33850.0203-0.05310.3915-0.01360.3267-2.35862.4639-1.3401
20.9836-0.3478-0.37542.31720.70621.3434-0.09720.11310.18330.10640.2995-0.023-0.1514-0.1576-0.18650.3763-0.0457-0.00190.24340.04370.3498-2.4677-0.656924.7696
30.946-0.43450.84831.14710.62662.65380.2760.27360.1876-0.2851-0.2807-0.23360.2029-0.19440.02690.4054-0.00230.02170.25350.07290.3352-3.64120.57514.6469
41.0624-0.0808-0.24391.15460.41242.0993-0.15410.6287-0.2823-0.20290.3884-0.39420.3762-0.3979-0.22430.3032-0.10780.01420.4296-0.04850.3678-2.33724.7726-10.1749
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 11 )A1 - 11
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 12 through 19 )A12 - 19
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 1 through 11 )B1 - 11
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 12 through 19 )B12 - 19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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