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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3glp | ||||||||||||||||||
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Title | 1.23 A resolution X-ray structure of (GCUGCUGC)2 | ||||||||||||||||||
![]() | 5'-R(*![]() RNA / stretched U-U wobble / myotonic dystrophy / CUG repeats | Function / homology | RNA | ![]() Method | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Kiliszek, A. / Kierzek, R. / Krzyzosiak, W.J. / Rypniewski, W. | ![]() ![]() Title: Structural insights into CUG repeats containing the 'stretched U-U wobble': implications for myotonic dystrophy. Authors: Kiliszek, A. / Kierzek, R. / Krzyzosiak, W.J. / Rypniewski, W. History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 67.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 51.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 420.3 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 430.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 7.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 11.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: RNA chain | Mass: 2518.537 Da / Num. of mol.: 5 / Source method: obtained synthetically Details: Synthetic mRNA with the sequence of the part of human mRNA #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-GOL / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.22 Å3/Da / Density % sol: 44.48 % | ||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 Details: MgCl2, Li2SO4, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K | ||||||||||||||||||||
Components of the solutions |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD / Date: Dec 14, 2007 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.808 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 3.6 % / Av σ(I) over netI: 19.8 / Number: 224476 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Χ2: 1.01 / D res high: 1.23 Å / D res low: 20 Å / Num. obs: 62090 / % possible obs: 99 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 1.23→20 Å / Num. all: 32055 / Num. obs: 32055 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 14.2 Å2 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 21.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 1.23→1.25 Å / Redundancy: 6.2 % / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / Num. unique all: 1502 / Rsym value: 0.3 / % possible all: 98.1 |
-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: A-RNA model Resolution: 1.23→17.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.92 / SU B: 1.049 / SU ML: 0.021 / Isotropic thermal model: anisotropic / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.042 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 54.46 Å2 / Biso mean: 22.8 Å2 / Biso min: 9.64 Å2
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Refine analyze |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.23→17.98 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.23→1.26 Å / Total num. of bins used: 20
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