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- PDB-3glp: 1.23 A resolution X-ray structure of (GCUGCUGC)2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3glp
タイトル1.23 A resolution X-ray structure of (GCUGCUGC)2
要素5'-R(*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*C)-3'
キーワードRNA / stretched U-U wobble / myotonic dystrophy / CUG repeats
機能・相同性RNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.23 Å
データ登録者Kiliszek, A. / Kierzek, R. / Krzyzosiak, W.J. / Rypniewski, W.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2009
タイトル: Structural insights into CUG repeats containing the 'stretched U-U wobble': implications for myotonic dystrophy.
著者: Kiliszek, A. / Kierzek, R. / Krzyzosiak, W.J. / Rypniewski, W.
履歴
登録2009年3月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32019年12月11日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_source / ndb_struct_conf_na ...diffrn_source / ndb_struct_conf_na / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / struct_conn
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _ndb_struct_na_base_pair.propeller ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _ndb_struct_na_base_pair.propeller / _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_twist / _ndb_struct_na_base_pair_step.tilt / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.value
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-R(*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*C)-3'
B: 5'-R(*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*C)-3'
C: 5'-R(*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*C)-3'
D: 5'-R(*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*C)-3'
E: 5'-R(*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8778
ポリマ－12,5935
非ポリマー2843
水3,495194
1
A: 5'-R(*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*C)-3'
B: 5'-R(*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,2254
ポリマ－5,0372
非ポリマー1882
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1160 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area3130 Å2
手法PISA
2
C: 5'-R(*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*C)-3'
D: 5'-R(*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,1333
ポリマ－5,0372
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area900 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area3150 Å2
手法PISA
3
E: 5'-R(*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*C)-3'

E: 5'-R(*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,0372
ポリマ－5,0372
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area780 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area3120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.96, 38.85, 77.72
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.98, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: RNA鎖
5'-R(*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*C)-3'


分子量: 2518.537 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成
詳細: Synthetic mRNA with the sequence of the part of human mRNA
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.48 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: MgCl2, Li2SO4, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Magnesium chloride11
2Lithium sulfate11
3Magnesium chloride12
4Lithium sulfate12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.808 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月14日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.808 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 3.6 % / Av σ(I) over netI: 19.8 / 数: 224476 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Χ2: 1.01 / D res high: 1.23 Å / D res low: 20 Å / Num. obs: 62090 / % possible obs: 99
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
3.332095.410.0521.0074
2.653.3397.610.0540.9874.9
2.312.6510010.0531.075.1
2.12.3110010.0561.0375.1
1.952.110010.0581.0494.5
1.841.9599.810.0591.0223.3
1.751.8499.910.0611.0133.3
1.671.7599.710.0611.0063.3
1.61.6799.710.070.9843.3
1.551.699.510.0811.0183.3
1.51.5599.610.0981.0173.3
1.461.599.310.1160.9813.2
1.421.4699.410.1411.0043.3
1.391.4299.210.1641.0053.3
1.351.3999.110.1891.0063.3
1.321.359910.2081.0233.2
1.31.329910.2281.0033.3
1.271.398.510.2470.9693.2
1.251.2798.710.2880.9623.2
1.231.2597.610.2981.0543.1
反射解像度: 1.23→20 Å / Num. all: 32055 / Num. obs: 32055 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 14.2 Å2 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 21.3
反射 シェル解像度: 1.23→1.25 Å / 冗長度: 6.2 % / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / Num. unique all: 1502 / Rsym value: 0.3 / % possible all: 98.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å18.62 Å
Translation2.5 Å18.62 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MAR345CCDデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: A-RNA model

解像度: 1.23→17.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.92 / SU B: 1.049 / SU ML: 0.021 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.042 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.184 1602 -random
Rwork0.147 ---
all0.184 31664 --
obs0.148 30062 98.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 54.46 Å2 / Biso mean: 22.8 Å2 / Biso min: 9.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.09 Å20 Å2-0.3 Å2
2--0.1 Å20 Å2
3----0.19 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.045 Å0.042 Å
Luzzati sigma a-0.021 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.23→17.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 830 16 194 1040
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0211053
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.74931641
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1490.2230
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0210.02441
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.2401
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2960.2675
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2030.2132
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1270.264
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.270.239
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.41831453
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0084.51639
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.66131453
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free12.1273204
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded9.173950
LS精密化 シェル解像度: 1.23→1.26 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 107 -
Rwork0.186 2293 -
obs-2187 97.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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