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万見
- PDB-3gm7: 1.58 A resolution X-ray structure of (CUG)6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gm7
タイトル1.58 A resolution X-ray structure of (CUG)6
要素5'-R(*CP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*G)-3'
キーワードRNA / stretched U-U wobble / myotonic dystrophy / CUG repeats
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / PDB entry 1ZEV / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Kiliszek, A. / Kierzek, R. / Krzyzosiak, W.J. / Rypniewski, W.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2005
タイトル: The structural basis of myotonic dystrophy from the crystal structure of CUG repeats.
著者: Mooers, B.H. / Logue, J.S. / Berglund, J.A.
履歴
登録2009年3月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年10月5日Group: Other
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 0THIS ENTRY (3GM7) REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL STRUCTURE (PDB ID 1ZEV) ...THIS ENTRY (3GM7) REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL STRUCTURE (PDB ID 1ZEV) DETERMINED BY THE AUTHORS: B.H. MOOERS, J.S. LOGUE, J.A. BERGLUND

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: 5'-R(*CP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*G)-3'
H: 5'-R(*CP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*G)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3892
ポリマ－11,3892
非ポリマー00
水93752
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1760 Å2
ΔGint-15.2 kcal/mol
Surface area6590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.102, 39.102, 141.277
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11G-20-

HOH

21G-21-

HOH

31G-38-

HOH

41G-39-

HOH

51G-40-

HOH

61H-20-

HOH

71H-28-

HOH

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(*CP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*G)-3'


分子量: 5694.363 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: Synthetic mRNA with the sequence of the part of human mRNA
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.61 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: MOPS, NaCl, MgCl2, MPD, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MOPS11
2Sodium chloride11
3Magnesium chloride11
4MPD11
5MOPS12
6Sodium chloride12
7Magnesium chloride12
8MPD12

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア名称: SHELXL-97 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: PDB entry 1ZEV / 解像度: 1.58→19.6 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
詳細: AUTHORS STATE THAT ALL THE ATOMS THAT ARE LISTED IN REMARK 500 FIT WELL THE ELECTRON DENSITY.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 1084 -
Rwork0.219 --
obs0.227 9925 99.6 %
all-11009 -
原子変位パラメータBiso mean: 33.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.58→19.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 750 0 52 802
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.028
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.34
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.019
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.074
LS精密化 シェル解像度: 1.58→1.64 Å
Rfactor反射数%反射
Rwork0.267 --
Rfree-103 -
obs-1169 90.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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