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- PDB-4e47: SET7/9 in complex with inhibitor (R)-(3-(3-cyanophenyl)-1-oxo-1-(... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4.0E+47
タイトルSET7/9 in complex with inhibitor (R)-(3-(3-cyanophenyl)-1-oxo-1-(pyrrolidin-1-yl)propan-2-yl)-1,2,3,4-tetrahydroisoquinoline-6- sulfonamide and S-adenosylmethionine
要素Histone-lysine N-methyltransferase SETD7
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / ternary complex / SET domain / methyltransferase / inhibitor / S-adenosylmethionine / chromatin regulator / chromosomal protein / nucleus / transcription / transcription regulation / transferase / Structural Genomics Consortium / SGC / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-lysine monomethylation / heterochromatin organization / peptidyl-lysine dimethylation / [histone H3]-lysine4 N-methyltransferase / histone H3K4 monomethyltransferase activity / protein-lysine N-methyltransferase activity / histone H3 methyltransferase activity / histone methyltransferase activity / PKMTs methylate histone lysines / p53 binding ...peptidyl-lysine monomethylation / heterochromatin organization / peptidyl-lysine dimethylation / [histone H3]-lysine4 N-methyltransferase / histone H3K4 monomethyltransferase activity / protein-lysine N-methyltransferase activity / histone H3 methyltransferase activity / histone methyltransferase activity / PKMTs methylate histone lysines / p53 binding / chromatin organization / chromosome / response to ethanol / DNA damage response / chromatin binding / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Histone H3 K4-specific methyltransferase SET7/9 N-terminal domain / Histone H3 K4-specific methyltransferase SET7/9 N-terminal domain / Histone-lysine N-methyltransferase, SET / SETD7, SET domain / : / Histone H3 K4-specific methyltransferase SET7 N-terminal / Histone-lysine N-methyltransferase (EC 2.1.1.43) family profile. / MORN motif / MORN repeat / Beta-clip-like ...Histone H3 K4-specific methyltransferase SET7/9 N-terminal domain / Histone H3 K4-specific methyltransferase SET7/9 N-terminal domain / Histone-lysine N-methyltransferase, SET / SETD7, SET domain / : / Histone H3 K4-specific methyltransferase SET7 N-terminal / Histone-lysine N-methyltransferase (EC 2.1.1.43) family profile. / MORN motif / MORN repeat / Beta-clip-like / SET domain / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / Single Sheet / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0N6 / BETA-MERCAPTOETHANOL / S-ADENOSYLMETHIONINE / Histone-lysine N-methyltransferase SETD7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Walker, J.R. / Ouyang, H. / Dong, A. / Fish, P. / Cook, A. / Barsyte, D. / Vedadi, M. / Tatlock, J. / Owen, D. / Bunnage, M. ...Walker, J.R. / Ouyang, H. / Dong, A. / Fish, P. / Cook, A. / Barsyte, D. / Vedadi, M. / Tatlock, J. / Owen, D. / Bunnage, M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Brown, P.J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Setd7 in Complex with Inhibitor and SAM
著者: Walker, J.R. / Ouyang, H. / Dong, A. / Fish, P. / Cook, A. / Barsyte, D. / Vedadi, M. / Tatlock, J. / Owen, D. / Bunnage, M. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Brown, P.J. / ...著者: Walker, J.R. / Ouyang, H. / Dong, A. / Fish, P. / Cook, A. / Barsyte, D. / Vedadi, M. / Tatlock, J. / Owen, D. / Bunnage, M. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Brown, P.J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2012年3月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone-lysine N-methyltransferase SETD7
B: Histone-lysine N-methyltransferase SETD7
C: Histone-lysine N-methyltransferase SETD7
D: Histone-lysine N-methyltransferase SETD7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,25814
ポリマ－118,7364
非ポリマー3,52210
水15,439857
1
A: Histone-lysine N-methyltransferase SETD7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6955
ポリマ－29,6841
非ポリマー1,0114
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Histone-lysine N-methyltransferase SETD7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5213
ポリマ－29,6841
非ポリマー8372
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Histone-lysine N-methyltransferase SETD7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5213
ポリマ－29,6841
非ポリマー8372
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Histone-lysine N-methyltransferase SETD7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5213
ポリマ－29,6841
非ポリマー8372
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)117.343, 133.799, 136.865
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Histone-lysine N-methyltransferase SETD7 / SET7/9 / Histone H3-K4 methyltransferase SETD7 / H3-K4-HMTase SETD7 / Lysine N-methyltransferase 7 ...SET7/9 / Histone H3-K4 methyltransferase SETD7 / H3-K4-HMTase SETD7 / Lysine N-methyltransferase 7 / SET domain-containing protein 7


分子量: 29683.951 Da / 分子数: 4 / 断片: SET domain (UNP residues 109-366) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SETD7, KIAA1717, KMT7, SET7, SET9 / プラスミド: PHIS2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Rosetta2 / 参照: UniProt: Q8WTS6, histone-lysine N-methyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 867分子

#2: 化合物
ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#3: 化合物
ChemComp-0N6 / (R)-(3-(3-cyanophenyl)-1-oxo-1-(pyrrolidin-1-yl)propan-2-yl)-1,2,3,4-tetrahydroisoquinoline-6-sulfonamide


分子量: 438.543 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H26N4O3S
#4: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 857 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 40% PEG3350, 0.1 M Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97932 / 波長: 0.97932 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月24日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97932 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40 Å / Num. all: 72406 / Num. obs: 72406 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.2 % / Biso Wilson estimate: 28.51 Å2 / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 22.6
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 5.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 3345 / Rsym value: 0.627 / % possible all: 92.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
JBluIce-EPICSデータ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.8.0精密化
Coot0.6モデル構築
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3M53

3m53


解像度: 2→39.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9572 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9428 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2007 3632 5.02 %RANDOM
Rwork0.1595 ---
obs0.1616 72353 --
原子変位パラメータBiso mean: 30.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5841 Å20 Å20 Å2
2--0.9248 Å20 Å2
3----1.5089 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.195 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→39.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7693 0 241 857 8791
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.018312HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0211362HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2728SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes200HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1224HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8176HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.62
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.62
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1033SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact10087SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2308 254 5.15 %
Rwork0.1898 4678 -
all0.192 4932 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.87710.38550.21640.69070.04990.9317-0.02070.067-0.019-0.04050.0205-0.0601-0.02080.05740.0003-0.0423-0.02580.0192-0.06240.0006-0.041-26.372929.169518.7746
20.69440.3572-0.00170.86390.11021.15240.0155-0.0458-0.0739-0.00430.0065-0.04350.0698-0.0228-0.022-0.0517-0.02220.0055-0.06560.0182-0.051-54.7182-2.43917.7293
30.7073-0.18240.24410.7774-0.321.4371-0.05-0.0541-0.0355-0.00850.0780.0694-0.0016-0.0979-0.028-0.0756-0.00650.0141-0.0428-0.0023-0.0538-30.346729.944954.0801
40.8284-0.43290.4161.2908-0.86671.6225-0.0047-0.1714-0.0396-0.02510.06790.16960.0425-0.1046-0.0632-0.1276-0.0046-0.0017-0.03270.0072-0.0351-5.7396-3.132649.5789
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A116 - 802
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B116 - 801
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C117 - 801
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D116 - 801

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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