+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4.0E+46 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of Rhodococcus rhodochrous haloalkane dehalogenase DhaA in complex with 2-propanol | ||||||
要素 | Haloalkane dehalogenase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / catalytic pentad / alpha/beta hydrolase fold / halide binding / hydrolytic dehalogenation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Rhodococcus rhodochrous (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.26 Å | ||||||
データ登録者 | Stsiapanava, A. / Chaloupkova, R. / Damborsky, J. / Kuta Smatanova, I. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chembiochem / 年: 2013 タイトル: Expansion of access tunnels and active-site cavities influence activity of haloalkane dehalogenases in organic cosolvents. 著者: Stepankova, V. / Khabiri, M. / Brezovsky, J. / Pavelka, A. / Sykora, J. / Amaro, M. / Minofar, B. / Prokop, Z. / Hof, M. / Ettrich, R. / Chaloupkova, R. / Damborsky, J. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4e46.cif.gz | 147.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb4e46.ent.gz | 112.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4e46.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/4e46 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/4e46 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 3fbwS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33696.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodococcus rhodochrous (バクテリア) 株: NCIB 13064 / 遺伝子: dhaA / プラスミド: pAQN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P0A3G2, haloalkane dehalogenase | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-IPA / | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.34 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 100 mM sodium acetate, 24% PEG4000, 11% 2-propanol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 1.033 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月25日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111), horizontally focusing プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.033 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.26→50 Å / Num. all: 69524 / Num. obs: 65492 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 13.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 29.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.26→1.31 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / Mean I/σ(I) obs: 6.8 / % possible all: 90.2 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3FBW 解像度: 1.26→10 Å / Num. parameters: 24815 / Num. restraintsaints: 30840 Isotropic thermal model: MIXED ISOTROPIC AND ANISOTROPIC THERMAL MODEL σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER 詳細: STRUCTURE SOLUTION AND REFINEMENT WERE PERFORMED USING FREE R FOR CROSS-VALIDATION THROUGHOUT: FREE R = 0.150 FROM A RANDOM TEST SET COMPRISING 5% OF REFLECTIONS (3476 TOTAL). FINAL ...詳細: STRUCTURE SOLUTION AND REFINEMENT WERE PERFORMED USING FREE R FOR CROSS-VALIDATION THROUGHOUT: FREE R = 0.150 FROM A RANDOM TEST SET COMPRISING 5% OF REFLECTIONS (3476 TOTAL). FINAL REFINEMENT WAS PERFORMED USING ALL REFLECTIONS.
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 49 / Occupancy sum hydrogen: 2134 / Occupancy sum non hydrogen: 2902.45 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.26→10 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|