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- PDB-4wcv: Haloalkane dehalogenase DhaA mutant from Rhodococcus rhodochrous ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wcv
タイトルHaloalkane dehalogenase DhaA mutant from Rhodococcus rhodochrous (T148L+G171Q+A172V+C176G)
要素Haloalkane dehalogenase
キーワードHYDROLASE / mutation in tunnel access
機能・相同性
機能・相同性情報


haloalkane dehalogenase / haloalkane dehalogenase activity / response to toxic substance / membrane
類似検索 - 分子機能
Haloalkane dehalogenase, subfamily 2 / : / Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / TRIETHYLENE GLYCOL / Haloalkane dehalogenase / Haloalkane dehalogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodococcus rhodochrous (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Holubeva, T. / Prudnikova, T. / Kuta-Smatanova, I. / Rezacova, P.
資金援助 チェコ, 1件
組織認可番号国
Grant Agency of the Czech RepublicP207/12/0775 チェコ
引用ジャーナル: Chemcatchem / 年: 2015
タイトル: Balancing the stability-activity trade-off by fine-tuning dehalogenase access tunnels
著者: Liskova, V. / Bednar, D. / Prudnikova, T. / Rezacova, P. / Koudelakova, T. / Sebestova, E. / Kuta-Smatanova, I. / Brezovsky, J. / Chaloupkova, R. / Damborsky, J.
履歴
登録2014年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月4日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Haloalkane dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4805
ポリマ－34,1761
非ポリマー3044
水8,593477
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1020 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area11510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.585, 44.477, 46.508
Angle α, β, γ (deg.)115.47, 98.79, 109.12
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Haloalkane dehalogenase


分子量: 34175.961 Da / 分子数: 1 / 変異: T148L+G171Q+A172V+C176G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodococcus rhodochrous (バクテリア)
遺伝子: dhaA / プラスミド: pAQN / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P0A3G3, UniProt: P0A3G2*PLUS, haloalkane dehalogenase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 477 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.39 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: sodium acetate trihydrate, ammonium acetate, PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: OTHER / 波長: 1.54179 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年10月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→39.42 Å / Num. all: 30835 / Num. obs: 28416 / % possible obs: 92.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 16.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 18.76
反射 シェル解像度: 1.69→1.73 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Mean I/σ(I) obs: 9.16 / % possible all: 87.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3G9X

3g9x


解像度: 1.69→39.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 3.179 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.208 / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17573 1421 5 %RANDOM
Rwork0.12015 ---
obs0.12295 26995 92.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.459 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å2-0.01 Å20.01 Å2
2--0.03 Å20.01 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.69→39.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2365 0 19 477 2861
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0192557
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8461.9593510
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7745314
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.9223.566129
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.81215386
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.5481518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1370.2363
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0222061
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1030.6951210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4081520
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2440.7981347
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.4494567
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.11232531
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded10.69652436
LS精密化 シェル解像度: 1.689→1.733 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.185 99 -
Rwork0.114 1882 -
obs--87.65 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)詳細Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0941-0.0263-0.04140.07280.01270.08770.00250.0065-0.0028-0.0024-0.00380.0099-0.0005-0.00770.00130.0146-0.0075-0.01070.00490.0050.0088Chain A 4-132 residua-5.0761.49-6.656
20.25450.36810.34360.53930.49130.4698-0.02650.0105-0.0039-0.05170.0252-0.0091-0.02760.01020.00140.026-0.00770.00560.01780.00180.013Chain A 133-144 residua6.512-8.96714.484
30.23-0.3543-0.23840.59150.35450.2655-0.0149-0.0132-0.00220.02690.00720.00780.00850.00870.00770.0197-0.0032-0.00970.01740.00280.0106Chain A 145-158 residua-0.35-0.46420.143
40.8467-0.3209-0.43560.15870.13360.2509-0.0062-0.0330.02310.00350.0105-0.0195-0.00110.0173-0.00420.0179-0.005-0.00640.00790.00350.007Chain A 159-167 residua-5.2899.03818.027
50.3429-0.1738-0.07340.14390.10660.1033-0.007-0.01590.01540.00290.0106-0.0113-0.00420.0087-0.00370.0175-0.0101-0.01210.00890.00250.0163Chain A 168-185 residua7.29711.6447.67
60.45480.0982-0.45380.6742-0.03860.51090.01550.02450.03140.00910.00820.0147-0.0104-0.0065-0.02370.0195-0.0041-0.00980.00940.00760.01Chain A 186-196 residua-3.29815.6275.73
70.059-0.0146-0.04730.29710.04860.0915-0.0010.0034-0.0120.0065-0.00810.01810.0056-0.00210.00920.0159-0.0074-0.00990.00680.00630.0123Chain A 197-230 residua-4.793-7.6337.796
80.01170.04710.01320.32660.11810.1324-0.0048-0.0065-0.00260.0150.007-0.00610.02270.0092-0.00220.020.001-0.00790.01750.0070.0126Chain A 231-263 residua11.4-11.143-1.972
90.12780.0108-0.0120.08740.10340.23710.0053-0.0047-0.006-0.00770.0028-0.0151-0.00370.0081-0.00810.0167-0.006-0.00940.00490.0050.0117Chain A 264-295 residua11.201-0.574-7.994
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 132
2X-RAY DIFFRACTION2A133 - 144
3X-RAY DIFFRACTION3A145 - 158
4X-RAY DIFFRACTION4A159 - 167
5X-RAY DIFFRACTION5A168 - 185
6X-RAY DIFFRACTION6A186 - 196
7X-RAY DIFFRACTION7A197 - 230
8X-RAY DIFFRACTION8A231 - 263
9X-RAY DIFFRACTION9A264 - 295

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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