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- PDB-4e0q: Crystal structure of MPN domain from COP9 signalosome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4e0q
タイトルCrystal structure of MPN domain from COP9 signalosome
要素COP9 signalosome complex subunit 6
キーワードUNKNOWN FUNCTION / MPN (Mpr1p and PAD1p N-terminal) domain
機能・相同性
機能・相同性情報


male germ-line cyst encapsulation / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / female germ-line stem cell population maintenance / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Neddylation / : / DNA Damage Recognition in GG-NER / multicellular organism development / protein deneddylation / COP9 signalosome ...male germ-line cyst encapsulation / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / female germ-line stem cell population maintenance / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Neddylation / : / DNA Damage Recognition in GG-NER / multicellular organism development / protein deneddylation / COP9 signalosome / oogenesis / germ cell development / protein stabilization / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
COP9 signalosome subunit 6 / Cytidine Deaminase, domain 2 / Cytidine Deaminase; domain 2 / Rpn11/EIF3F, C-terminal / Maintenance of mitochondrial structure and function / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / MPN domain / MPN domain profile. ...COP9 signalosome subunit 6 / Cytidine Deaminase, domain 2 / Cytidine Deaminase; domain 2 / Rpn11/EIF3F, C-terminal / Maintenance of mitochondrial structure and function / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / MPN domain / MPN domain profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COP9 signalosome complex subunit 6
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Zhang, H. / Gao, Z.Q. / Dong, Y.H.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2012
タイトル: The crystal structure of the MPN domain from the COP9 signalosome subunit CSN6
著者: Zhang, H. / Gao, Z.Q. / Wang, W.J. / Liu, G.F. / Shtykova, E.V. / Xu, J.H. / Li, L.F. / Su, X.D. / Dong, Y.H.
履歴
登録2012年3月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月23日Group: Database references
改定 1.22012年11月21日Group: Refinement description

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COP9 signalosome complex subunit 6
B: COP9 signalosome complex subunit 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8782
ポリマ－32,8782
非ポリマー00
水25214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1930 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area13710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.062, 109.062, 46.437
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-207-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain A and (resseq 1:15 or resseq 17:21 or resseq 29:55 or resseq 62:92 or resseq 111:124 )A1 - 15
121chain A and (resseq 1:15 or resseq 17:21 or resseq 29:55 or resseq 62:92 or resseq 111:124 )A17 - 21
131chain A and (resseq 1:15 or resseq 17:21 or resseq 29:55 or resseq 62:92 or resseq 111:124 )A29 - 55
141chain A and (resseq 1:15 or resseq 17:21 or resseq 29:55 or resseq 62:92 or resseq 111:124 )A62 - 92
151chain A and (resseq 1:15 or resseq 17:21 or resseq 29:55 or resseq 62:92 or resseq 111:124 )A111 - 124
211chain B and (resseq 1:15 or resseq 17:21 or resseq 29:55 or resseq 62:92 or resseq 111:124 )B1 - 15
221chain B and (resseq 1:15 or resseq 17:21 or resseq 29:55 or resseq 62:92 or resseq 111:124 )B17 - 21
231chain B and (resseq 1:15 or resseq 17:21 or resseq 29:55 or resseq 62:92 or resseq 111:124 )B29 - 55
241chain B and (resseq 1:15 or resseq 17:21 or resseq 29:55 or resseq 62:92 or resseq 111:124 )B62 - 92
251chain B and (resseq 1:15 or resseq 17:21 or resseq 29:55 or resseq 62:92 or resseq 111:124 )B111 - 124

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要素

#1: タンパク質 COP9 signalosome complex subunit 6 / Dch6 / Signalosome subunit 6


分子量: 16439.066 Da / 分子数: 2 / 断片: MPN domain, UNP residues 51-187 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: CSN6, CG6932 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9VCY3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.9
詳細: 0.2M sodium malonate, pH4.9, 15%(w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月23日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 10201 / Num. obs: 9806 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 25.4 % / Biso Wilson estimate: 54.42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 84.3
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 27.8 % / Rmerge(I) obs: 0.511 / Mean I/σ(I) obs: 11 / Num. unique all: 494 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→33.632 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.64 / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 27.06 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER F_PLUS AND F_MINUS COLUMN.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2609 888 4.79 %RANDOM
Rwork0.2304 ---
all0.2319 9306 --
obs0.2319 9260 99.51 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.727 Å2 / ksol: 0.329 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 162.99 Å2 / Biso mean: 66.246 Å2 / Biso min: 25.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.8644 Å2-0 Å2-0 Å2
2---1.8644 Å2-0 Å2
3---3.7289 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→33.632 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1901 0 0 14 1915
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091935
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2192604
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.727730
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.115289
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005328
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A759X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.071
12B759X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.071
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.4967-2.65310.3771510.3046291398
2.6531-2.85780.33831540.28742939100
2.8578-3.14520.36091550.26152930100
3.1452-3.59990.22651600.21522948100
3.5999-4.53370.24471240.19462959100
4.5337-33.63480.22891440.23292944100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 17.3351 Å / Origin y: 36.5388 Å / Origin z: 14.6576 Å
111213212223313233
T0.2607 Å20.0021 Å2-0.0018 Å2-0.3265 Å2-0.029 Å2--0.2653 Å2
L1.0777 °2-0.1205 °2-0.0696 °2-1.3876 °2-0.7171 °2--1.4749 °2
S0.0149 Å °0.1491 Å °-0.0396 Å °0.1006 Å °-0.0485 Å °-0.1196 Å °-0.0917 Å °-0.2017 Å °0 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA51 - 184
2X-RAY DIFFRACTION1allB51 - 176
3X-RAY DIFFRACTION1allA201 - 210
4X-RAY DIFFRACTION1allB201 - 204

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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