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- PDB-3bc1: Crystal Structure of the complex Rab27a-Slp2a -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bc1
タイトルCrystal Structure of the complex Rab27a-Slp2a
要素
  • Ras-related protein Rab-27A
  • Synaptotagmin-like protein 2
キーワードSIGNALING PROTEIN/TRANSPORT PROTEIN / Rab27 / GTPase / Rab / signaling protein / GDPNP / Slp2a / Exophilin-4 / GTP-binding / Lipoprotein / Membrane / Methylation / Nucleotide-binding / Prenylation / SIGNALING PROTEIN-TRANSPORT PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


pigment granule localization / pigment granule transport / multivesicular body organization / cytotoxic T cell degranulation / positive regulation of constitutive secretory pathway / positive regulation of regulated secretory pathway / RAB geranylgeranylation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / natural killer cell degranulation / exosomal secretion ...pigment granule localization / pigment granule transport / multivesicular body organization / cytotoxic T cell degranulation / positive regulation of constitutive secretory pathway / positive regulation of regulated secretory pathway / RAB geranylgeranylation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / natural killer cell degranulation / exosomal secretion / Weibel-Palade body / melanosome transport / neurexin family protein binding / exocytic vesicle / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / melanocyte differentiation / multivesicular body sorting pathway / myosin V binding / multivesicular body membrane / complement-dependent cytotoxicity / vesicle docking involved in exocytosis / pigmentation / phosphatidylserine binding / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / antigen processing and presentation / exocytosis / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / protein secretion / photoreceptor outer segment / phosphatase binding / positive regulation of phagocytosis / vesicle-mediated transport / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / Neutrophil degranulation / secretory granule / small monomeric GTPase / intracellular protein transport / small GTPase binding / blood coagulation / GDP binding / late endosome / melanosome / G protein activity / lysosome / apical plasma membrane / protein domain specific binding / GTPase activity / dendrite / positive regulation of gene expression / GTP binding / Golgi apparatus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3000 / Synaptotagmin-like 1-5, C2B domain / Rab27a/b / FYVE-type zinc finger / FYVE-type zinc finger / Rab-binding domain / Rab-binding domain profile. / : / small GTPase Rab1 family profile. / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3000 / Synaptotagmin-like 1-5, C2B domain / Rab27a/b / FYVE-type zinc finger / FYVE-type zinc finger / Rab-binding domain / Rab-binding domain profile. / : / small GTPase Rab1 family profile. / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / C2 domain superfamily / Helix non-globular / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Special / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Ras-related protein Rab-27A / Synaptotagmin-like protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Chavas, L.M.G. / Ihara, K. / Kawasaki, M. / Wakatsuki, S.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: Elucidation of Rab27 recruitment by its effectors: structure of Rab27a bound to Exophilin4/Slp2-a
著者: Chavas, L.M.G. / Ihara, K. / Kawasaki, M. / Torii, S. / Uejima, T. / Kato, R. / Izumi, T. / Wakatsuki, S.
履歴
登録2007年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 999SEQUENCE The sequence database for chain B, F is Q9HCH5-3, isoform 3.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-related protein Rab-27A
B: Synaptotagmin-like protein 2
E: Ras-related protein Rab-27A
F: Synaptotagmin-like protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5418
ポリマ－58,4484
非ポリマー1,0934
水6,323351
1
A: Ras-related protein Rab-27A
B: Synaptotagmin-like protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7704
ポリマ－29,2242
非ポリマー5472
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2960 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area12660 Å2
手法PISA
2
E: Ras-related protein Rab-27A
F: Synaptotagmin-like protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7704
ポリマ－29,2242
非ポリマー5472
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2880 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area11780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.505, 77.777, 115.011
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ras-related protein Rab-27A


分子量: 22214.016 Da / 分子数: 2 / 断片: residues in database 1-193 / 変異: C123S C188S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pGEX4T2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)LysS / 参照: UniProt: Q9ERI2, small monomeric GTPase
#2: タンパク質 Synaptotagmin-like protein 2 / Slp2-a / Exophilin-4


分子量: 7009.934 Da / 分子数: 2 / 断片: Slp2a Rab-binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGEX4T1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)LysS / 参照: UniProt: Q9HCH5
#3: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 351 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.89 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Na Citrate, Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30.345 Å / Num. obs: 45347 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 27.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.634 / Mean I/σ(I) obs: 1.25 / Num. unique all: 4408 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2IF0

2if0


解像度: 1.8→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 3.422 / SU ML: 0.102 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24474 2209 5.1 %RANDOM
Rwork0.19914 ---
obs0.20145 41151 95.77 %-
all-45347 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.074 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.96 Å20 Å20 Å2
2---0.35 Å20 Å2
3----0.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3773 0 66 351 4190
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0223909
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022708
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0541.9755267
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.82536542
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2975458
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.23324.038208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.24615707
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.741533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.2553
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024306
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02829
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.2768
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1820.22835
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1760.21853
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0810.22010
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1430.2280
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0990.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2010.259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1520.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6761.53004
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1041.5944
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.7523655
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.19931920
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.784.51612
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 148 -
Rwork0.264 3102 -
obs--97.86 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2065-0.03430.02160.3052-0.05150.7210.0081-0.05340.0580.0292-0.02970.0023-0.07330.03160.0216-0.0185-0.0079-0.0021-0.0668-0.0013-0.040916.497116.4512-28.5018
22.80561.1307-0.31481.42860.11670.5017-0.0516-0.1311-0.053-0.04710.0064-0.13640.00920.12370.0452-0.01980.0226-0.0302-0.02660.0439-0.083930.62353.4443-23.0899
30.6373-0.0877-0.17780.7540.07980.58510.00460.0394-0.0190.0271-0.0075-0.0391-0.02090.07310.0028-0.07910.0064-0.0081-0.07450.0022-0.084427.6313-7.2757-1.182
42.49870.71210.33310.76940.23080.71630.00840.0513-0.0536-0.0374-0.0065-0.0594-0.06940.0581-0.0019-0.01210.00220.0015-0.0689-0.0081-0.012727.095112.6523-5.2129
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 188
2X-RAY DIFFRACTION2B5 - 56
3X-RAY DIFFRACTION3E4 - 55
4X-RAY DIFFRACTION3E65 - 187
5X-RAY DIFFRACTION4F5 - 55

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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