+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4dzu | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Complex of 3-alpha bound to gp41-5 | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | DE NOVO PROTEIN / viral fusion | ||||||
Biological species | Synthetic construct (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Johnson, L.M. / Mortenson, D.E. / Yun, H.G. / Horne, W.S. / Ketas, T.J. / Lu, M. / Moore, J.P. / Gellman, S.H. | ||||||
![]() | ![]() Title: Enhancement of alpha-helix mimicry by an alpha / beta-peptide foldamer via incorporation of a dense ionic side-chain array. Authors: Johnson, L.M. / Mortenson, D.E. / Yun, H.G. / Horne, W.S. / Ketas, T.J. / Lu, M. / Moore, J.P. / Gellman, S.H. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 57.4 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 42.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 444.3 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 445.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 10.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 13.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 22246.820 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Synthetic construct (others) / Production host: ![]() ![]() |
---|---|
#2: Protein/peptide | Mass: 4765.263 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically |
#3: Chemical | ChemComp-GOL / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.57 Å3/Da / Density % sol: 52.12 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 0.1 M HEPES, 1.0 M ammonium sulfate, 25% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Oct 17, 2010 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: C(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.1→42.41 Å / Num. obs: 16616 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 5.9 % / Rsym value: 0.063 / Χ2: 0.934 / Net I/σ(I): 15.95 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 101.91 Å2 / Biso mean: 46.8869 Å2 / Biso min: 25.78 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.299 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→42.4 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
|