PDB-4dzv: Complex of 4-alpha/beta bound to gp41-5

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dzv

タイトル

Complex of 4-alpha/beta bound to gp41-5

要素

4-alpha/beta
gp41-5

キーワード

DE NOVO PROTEIN / viral fusion / beta amino acid

生物種

Synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Johnson, L.M. / Mortenson, D.E. / Yun, H.G. / Horne, W.S. / Ketas, T.J. / Lu, M. / Moore, J.P. / Gellman, S.H.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2012
タイトル: Enhancement of alpha-helix mimicry by an alpha / beta-peptide foldamer via incorporation of a dense ionic side-chain array.
著者: Johnson, L.M. / Mortenson, D.E. / Yun, H.G. / Horne, W.S. / Ketas, T.J. / Lu, M. / Moore, J.P. / Gellman, S.H.

履歴

登録	2012年3月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年5月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年8月28日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_torsion / struct_conn / struct_site Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_validate_main_chain_plane.auth_comp_id / _pdbx_validate_main_chain_plane.auth_seq_id / _pdbx_validate_main_chain_plane.improper_torsion_angle / _pdbx_validate_peptide_omega.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_peptide_omega.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_peptide_omega.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_peptide_omega.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_peptide_omega.omega / _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4dzv.cif.gz	61 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4dzv.ent.gz	43.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4dzv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dz/4dzv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dz/4dzv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4dzuC 3o42 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2siv-d 1f23-2 4iy8-3 3ksm-2 3vtq-d 3vie-d 5wnn-2 4dzu-d 3o40-d 5a37-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: gp41-5

B: 4-alpha/beta

ヘテロ分子

27.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.950, 57.302, 102.036
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	gp41-5 分子量: 22246.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質・ペプチド	4-alpha/beta 分子量: 4939.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.29 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Buffer contained 0.1 M HEPES, 0.5 M ammonium sulfate, 35% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月17日

放射

モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 6.8 % / Av σ(I) over netI: 19.01 / 数: 115728 / R_merge(I) obs: 0.081 / Χ²: 0.95 / D res high: 2.1 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 16920 / % possible obs: 99.1

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
5.7	50	98.1	1	0.06	1.037	6.2
4.52	5.7	100	1	0.058	0.999	6.9
3.95	4.52	100	1	0.066	1.088	7
3.59	3.95	100	1	0.08	1.01	7.1
3.33	3.59	100	1	0.093	1.079	7.2
3.14	3.33	100	1	0.1	0.962	7.2
2.98	3.14	100	1	0.099	0.941	7.3
2.85	2.98	100	1	0.096	0.94	7.3
2.74	2.85	100	1	0.103	0.908	7.3
2.65	2.74	100	1	0.116	0.934	7.3
2.56	2.65	100	1	0.122	0.976	7.3
2.49	2.56	100	1	0.134	0.981	7.3
2.42	2.49	100	1	0.141	0.931	7.2
2.37	2.42	100	1	0.166	0.92	7.1
2.31	2.37	100	1	0.186	0.93	7
2.26	2.31	99.1	1	0.216	0.884	6.7
2.22	2.26	99.4	1	0.234	0.849	6.3
2.18	2.22	97.8	1	0.253	0.915	6
2.14	2.18	94.5	1	0.269	0.89	5.7
2.1	2.14	93.4	1	0.319	0.817	5.4

反射

解像度: 2.1→29.85 Å / Num. obs: 16920 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.8 % / R_sym value: 0.081 / Χ²: 0.954 / Net I/σ(I): 13.33

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Num. unique all	R_sym value	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.1-2.14	5.4	775	0.319	0.817	1	93.4
2.14-2.18	5.7	791	0.269	0.89	1	94.5
2.18-2.22	6	829	0.253	0.915	1	97.8
2.22-2.26	6.3	840	0.234	0.849	1	99.4
2.26-2.31	6.7	801	0.216	0.884	1	99.1
2.31-2.37	7	842	0.186	0.93	1	100
2.37-2.42	7.1	834	0.166	0.92	1	100
2.42-2.49	7.2	855	0.141	0.931	1	100
2.49-2.56	7.3	833	0.134	0.981	1	100
2.56-2.65	7.3	836	0.122	0.976	1	100
2.65-2.74	7.3	856	0.116	0.934	1	100
2.74-2.85	7.3	838	0.103	0.908	1	100
2.85-2.98	7.3	857	0.096	0.94	1	100
2.98-3.14	7.3	837	0.099	0.941	1	100
3.14-3.33	7.2	860	0.1	0.962	1	100
3.33-3.59	7.2	857	0.093	1.079	1	100
3.59-3.95	7.1	870	0.08	1.01	1	100
3.95-4.52	7	877	0.066	1.088	1	100
4.52-5.7	6.9	892	0.058	0.999	1	100
5.7-29.8	6.2	940	0.06	1.037	1	98.1

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
EMBL	MD-2	データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→29.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / WR_factor R_free: 0.2487 / WR_factor R_work: 0.2091 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8545 / SU B: 4.071 / SU ML: 0.11 / SU R Cruickshank DPI: 0.1904 / SU R_free: 0.1646 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.19 / ESU R Free: 0.165 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2264	836	5 %	RANDOM
R_work	0.1924	-	-	-
obs	0.1941	16876	99.05 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 117.43 Å² / B_iso mean: 45.9996 Å² / B_iso min: 25.95 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.51 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.86 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.65 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.237 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1785	0	6	43	1834

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	1826
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.439	1.949	2463
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.652	5	207
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.571	26.633	98
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.4	15	326
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.69	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	270
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.019	1393

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.283	60	-
R_work	0.241	1089	-
all	-	1149	-
obs	-	-	93.19 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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