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万見
- PDB-4dz2: Crystal structure of a Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase with s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dz2
タイトルCrystal structure of a Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase with surface mutation R92G from Burkholderia pseudomallei complexed with FK506
要素Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
キーワードISOMERASE / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / protein folding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Chitinase A; domain 3 - #40 / Chitinase A; domain 3 / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
8-DEETHYL-8-[BUT-3-ENYL]-ASCOMYCIN / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2014
タイトル: A structural biology approach enables the development of antimicrobials targeting bacterial immunophilins.
著者: Begley, D.W. / Fox, D. / Jenner, D. / Juli, C. / Pierce, P.G. / Abendroth, J. / Muruthi, M. / Safford, K. / Anderson, V. / Atkins, K. / Barnes, S.R. / Moen, S.O. / Raymond, A.C. / Stacy, R. / ...著者: Begley, D.W. / Fox, D. / Jenner, D. / Juli, C. / Pierce, P.G. / Abendroth, J. / Muruthi, M. / Safford, K. / Anderson, V. / Atkins, K. / Barnes, S.R. / Moen, S.O. / Raymond, A.C. / Stacy, R. / Myler, P.J. / Staker, B.L. / Harmer, N.J. / Norville, I.H. / Holzgrabe, U. / Sarkar-Tyson, M. / Edwards, T.E. / Lorimer, D.D.
履歴
登録2012年2月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月12日Group: Database references
改定 1.22014年3月19日Group: Other
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2826
ポリマ－23,5942
非ポリマー1,6884
水4,270237
1
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
ヘテロ分子

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2826
ポリマ－23,5942
非ポリマー1,6884
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area2330 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area11540 Å2
手法PISA
2
B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
ヘテロ分子

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2826
ポリマ－23,5942
非ポリマー1,6884
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area2320 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area11610 Å2
手法PISA
3
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
ヘテロ分子

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,56512
ポリマ－47,1894
非ポリマー3,3768
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area7320 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area20480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.440, 49.050, 66.640
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 123.050, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase


分子量: 11797.147 Da / 分子数: 2 / 変異: R92G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
株: 1710b_A0907 / 遺伝子: BURPS1710b_A0907 / プラスミド: pET28-HisSMT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q3JK38, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物 ChemComp-FK5 / 8-DEETHYL-8-[BUT-3-ENYL]-ASCOMYCIN / K506 / タクロリムス


分子量: 804.018 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H69NO12 / コメント: 薬剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.19 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Internal tracking number 224744. JCSG well D10. 0.1M Cacodylate pH 6.5, 200mM Calcium Acetate, 30.0% w/v PEG400, 20% Ethylene Glycol Cryo. BupsA.00130.a.D239 PD00214 21.8mg/ml, vapor ...詳細: Internal tracking number 224744. JCSG well D10. 0.1M Cacodylate pH 6.5, 200mM Calcium Acetate, 30.0% w/v PEG400, 20% Ethylene Glycol Cryo. BupsA.00130.a.D239 PD00214 21.8mg/ml, vapor diffusion, sitting drop, temperature 290K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→44.61 Å / Num. all: 19744 / Num. obs: 19250 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.44 % / Biso Wilson estimate: 23.506 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 26.88
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2-2.050.1319.16026139296.6
2.05-2.110.11611.16610139298.5
2.11-2.170.10712.37052136298.3
2.17-2.240.12114.46801129497.1
2.24-2.310.07825.55717111087.8
2.31-2.390.09517.47374114591.6
2.39-2.480.07222.18910121699.7
2.48-2.580.06824.18623117399.4
2.58-2.70.061268094109899.6
2.7-2.830.05528.37926107299.6
2.83-2.980.04731.5738299899.5
2.98-3.160.04134.5724197499.4
3.16-3.380.03639.9667189899.4
3.38-3.650.0443615085099.2
3.65-40.0446.8535576097.7
4-4.470.03248523971898
4.47-5.160.03148.8450161399.7
5.16-6.320.03645388753298.9
6.32-8.940.03645.2297941998.1
8.940.03448.6148723495.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å42.98 Å
Translation2.5 Å42.98 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3vaw

3vaw


解像度: 2→44.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 8.095 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.206 / ESU R Free: 0.171 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES: WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 950 5.1 %RANDOM
Rwork0.219 ---
all0.22 19744 --
obs0.22 18755 95.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.826 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.94 Å20 Å2-0.35 Å2
2--1.09 Å20 Å2
3----0.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→44.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1650 0 116 237 2003
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.021811
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021196
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4732.0382470
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8932931
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6645226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg23.93724.41268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.7715255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.543159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2283
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212016
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02353
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 70 -
Rwork0.209 1277 -
all-1347 -
obs--96.7 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.23250.25060.69750.3750.26111.55890.00450.195-0.13590.06150.14350.0256-0.01810.1604-0.1480.0453-0.00490.00980.091-0.01710.053625.4285-1.18615.6699
21.01050.0747-0.34810.49270.03891.52380.01590.15220.14690.03960.1390.0061-0.0058-0.0926-0.15490.0325-0.00950.00240.07690.03220.061844.654620.003315.549
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 113
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 113

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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