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- PDB-4dxa: Co-crystal structure of Rap1 in complex with KRIT1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dxa
タイトルCo-crystal structure of Rap1 in complex with KRIT1
要素
  • Krev interaction trapped protein 1
  • Ras-related protein Rap-1b
キーワードPROTEIN BINDING / GTPase / FERM / Protein-protein interaction / GTP binding / Cytoplasmic
機能・相同性
機能・相同性情報


Rap protein signal transduction / GTPase regulator activity / modification of postsynaptic structure / regulation of cell junction assembly / endothelium development / positive regulation of integrin activation / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / calcium-ion regulated exocytosis / integrin activation ...Rap protein signal transduction / GTPase regulator activity / modification of postsynaptic structure / regulation of cell junction assembly / endothelium development / positive regulation of integrin activation / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / calcium-ion regulated exocytosis / integrin activation / Rap1 signalling / establishment of endothelial barrier / MET activates RAP1 and RAC1 / regulation of establishment of cell polarity / negative regulation of endothelial cell migration / azurophil granule membrane / small GTPase-mediated signal transduction / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / negative regulation of endothelial cell proliferation / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / regulation of angiogenesis / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / cellular response to cAMP / Integrin signaling / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / negative regulation of angiogenesis / cell redox homeostasis / lipid droplet / small monomeric GTPase / establishment of localization in cell / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / G protein activity / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / GDP binding / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / cell-cell junction / microtubule binding / angiogenesis / cell population proliferation / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cytoskeleton / GTPase activity / glutamatergic synapse / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / GTP binding / protein-containing complex / extracellular space / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
KRIT, N-terminal NPxY motif-rich region / Krev interaction trapped protein 1, FERM domain C-lobe / KRIT, N-terminal NPxY motif-rich domain superfamily / : / NUDIX, or N-terminal NPxY motif-rich, region of KRIT / Ras-related protein Rap1 / Ankyrin repeats (many copies) / Acyl-CoA Binding Protein - #10 / Acyl-CoA Binding Protein / FERM central domain ...KRIT, N-terminal NPxY motif-rich region / Krev interaction trapped protein 1, FERM domain C-lobe / KRIT, N-terminal NPxY motif-rich domain superfamily / : / NUDIX, or N-terminal NPxY motif-rich, region of KRIT / Ras-related protein Rap1 / Ankyrin repeats (many copies) / Acyl-CoA Binding Protein - #10 / Acyl-CoA Binding Protein / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / Small GTPase, Ras-type / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / small GTPase Ras family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Rab subfamily of small GTPases / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Small GTP-binding protein domain / PH-like domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Roll / Roll / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / Krev interaction trapped protein 1 / Ras-related protein Rap-1b
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Li, X. / Zhang, R. / Boggon, T.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural Basis for Small G Protein Effector Interaction of Ras-related Protein 1 (Rap1) and Adaptor Protein Krev Interaction Trapped 1 (KRIT1).
著者: Li, X. / Zhang, R. / Draheim, K.M. / Liu, W. / Calderwood, D.A. / Boggon, T.J.
履歴
登録2012年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月23日Group: Database references
改定 1.22012年7月25日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-related protein Rap-1b
B: Krev interaction trapped protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1434
ポリマ－56,5792
非ポリマー5642
水5,891327
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.548, 77.970, 59.757
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.930, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Ras-related protein Rap-1b / GTP-binding protein smg p21B


分子量: 19206.719 Da / 分子数: 1 / 変異: G12V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: OK/SW-cl.11, RAP1B, Ras-related protein Rap-1b (RAP1B)
プラスミド: modified pET-32 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: P61224, small monomeric GTPase
#2: タンパク質 Krev interaction trapped protein 1 / Krev interaction trapped 1 / Cerebral cavernous malformations 1 protein


分子量: 37372.281 Da / 分子数: 1 / Fragment: FERM domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: CCM1, Krev interaction trapped protein 1 (KRIT1), KRIT1
プラスミド: pGEX 6p-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O00522
#3: 化合物 ChemComp-GSP / 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / GTP-γ-S


分子量: 539.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3S
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 327 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.08 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2M KNO3, 20% PEG3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月16日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 37653 / Num. obs: 37653 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 28.6 Å2 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.56 / Num. unique all: 3774 / Rsym value: 0.881 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.7.3_928精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1C1Y

1c1y


解像度: 1.95→47.425 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.44 / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2388 1936 5.18 %RANDOM
Rwork0.1961 ---
obs0.1983 37384 96.89 %-
all-37384 --
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 31.45 Å2 / ksol: 0.297 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 190.39 Å2 / Biso mean: 41.2223 Å2 / Biso min: 18.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.1315 Å2-0 Å27.6899 Å2
2--2.3246 Å2-0 Å2
3---3.8068 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→47.425 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3818 0 33 327 4178
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.4306-0.88492.11257.7895-7.44978.07220.10480.0470.5846-0.4951-0.5781-0.3110.10340.52840.5160.31560.07820.00910.25130.00580.278921.471319.464419.14
21.66181.62680.86342.22321.32128.2493-0.1648-0.2974-0.8874-0.044-0.1047-0.93910.57380.54080.15070.29520.07030.05020.37110.15840.512631.22744.341322.8397
36.8348-1.2426.58844.5186-1.75438.17440.0036-0.33570.4759-0.4043-0.3764-0.04990.0903-0.58140.3870.26620.0110.02680.3368-0.00930.239424.149916.019515.6803
47.50660.517-0.46052.72734.19776.7039-0.698-1.80240.76241.58580.1174-0.76590.15771.24420.59480.5245-0.0095-0.06450.9298-0.0190.415928.37518.853734.2624
52.87411.261-0.59998.0122-1.18534.1790.1581-0.77450.03930.8316-0.25740.3121-0.216-0.1980.09330.2577-0.05580.02810.4215-0.01560.225717.322211.242733.1607
64.47060.6292-1.14897.5032-1.88424.3393-0.1471-0.0937-0.4653-0.0116-0.12290.38820.429-0.260.23930.2216-0.0609-0.01170.2894-0.02250.267614.9493.323825.2872
76.06422.3543-1.05933.34790.95254.63460.1045-0.4948-0.1640.1782-0.1231-0.30070.26850.1711-0.00350.21450.034-0.01890.2790.04560.256147.469817.690621.2528
83.43390.8926-0.78895.57592.64143.74650.0034-0.32830.0143-0.21060.0252-0.0899-0.20210.2182-0.0260.20570.0499-0.0040.2540.04550.167949.346622.592611.9087
96.1954-2.16231.15945.3293-4.7937.7956-0.3306-0.09760.01020.54660.06840.0008-0.3418-0.19670.23210.2645-0.00080.03590.1616-0.02630.217138.643515.14796.2285
106.95230.6030.57582.9120.46574.4122-0.04460.8660.0752-0.2854-0.00790.40650.0047-0.58290.03260.2776-0.0085-0.00960.4027-0.01380.241228.89215.2439-4.7701
113.12250.9774-0.96695.5045-0.01973.4379-0.07650.34970.3904-0.27150.23360.3088-0.2277-0.0815-0.16130.197-0.02340.02250.25010.07440.266350.992326.7383-2.6845
127.61011.51260.43766.63691.2977.48780.2631-0.02320.5262-0.57930.1475-1.0708-0.85781.1428-0.37990.3321-0.07610.14240.3810.00240.507665.28927.3187-1.725
134.38960.1233-0.5596.6298-2.65564.68710.01930.37030.1213-0.5849-0.0468-0.5801-0.00320.4389-0.00890.2433-0.02060.07290.28490.00290.31462.014124.5566-0.6715
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 0:10)A0 - 10
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 11:36)A11 - 36
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 37:58)A37 - 58
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 59:74)A59 - 74
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESSEQ 75:116)A75 - 116
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESSEQ 117:167)A117 - 167
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESSEQ 419:486)B419 - 486
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND (RESSEQ 487:524)B487 - 524
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND (RESSEQ 525:541)B525 - 541
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND (RESSEQ 542:629)B542 - 629
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN B AND (RESSEQ 630:682)B630 - 682
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN B AND (RESSEQ 683:701)B683 - 701
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN B AND (RESSEQ 702:729)B702 - 729

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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