PDB-4dx1: Crystal structure of the human TRPV4 ankyrin repeat domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dx1

タイトル

Crystal structure of the human TRPV4 ankyrin repeat domain

要素

Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Ankyrin Repeat / Ion Channel / Menbrane

機能・相同性

機能・相同性情報

blood vessel endothelial cell delamination / osmosensor activity / vasopressin secretion / stretch-activated, monoatomic cation-selective, calcium channel activity / positive regulation of striated muscle contraction / calcium ion import into cytosol / positive regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / negative regulation of brown fat cell differentiation / positive regulation of microtubule depolymerization / hyperosmotic salinity response ...blood vessel endothelial cell delamination / osmosensor activity / vasopressin secretion / stretch-activated, monoatomic cation-selective, calcium channel activity / positive regulation of striated muscle contraction / calcium ion import into cytosol / positive regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / negative regulation of brown fat cell differentiation / positive regulation of microtubule depolymerization / hyperosmotic salinity response / cortical microtubule organization / regulation of response to osmotic stress / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 1 production / positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / cartilage development involved in endochondral bone morphogenesis / cellular hypotonic response / cellular hypotonic salinity response / multicellular organismal-level water homeostasis / positive regulation of vascular permeability / cellular response to osmotic stress / calcium ion import / osmosensory signaling pathway / cell volume homeostasis / positive regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / cell-cell junction assembly / TRP channels / regulation of aerobic respiration / cortical actin cytoskeleton / positive regulation of macrophage chemotaxis / beta-tubulin binding / diet induced thermogenesis / microtubule polymerization / cytoplasmic microtubule / calcium ion import across plasma membrane / alpha-tubulin binding / monoatomic cation channel activity / response to mechanical stimulus / SH2 domain binding / filopodium / calcium ion transmembrane transport / actin filament organization / protein kinase C binding / adherens junction / positive regulation of JNK cascade / calcium channel activity / response to insulin / cilium / ruffle membrane / intracellular calcium ion homeostasis / positive regulation of inflammatory response / calcium ion transport / positive regulation of interleukin-6 production / actin filament binding / negative regulation of neuron projection development / lamellipodium / glucose homeostasis / actin binding / cellular response to heat / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / growth cone / actin cytoskeleton organization / microtubule binding / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / calmodulin binding / response to hypoxia / apical plasma membrane / focal adhesion / lipid binding / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / cell surface / endoplasmic reticulum / ATP binding / identical protein binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.85 Å

データ登録者

Inada, H. / Gaudet, R.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Structural and biochemical consequences of disease-causing mutations in the ankyrin repeat domain of the human TRPV4 channel.
著者: Inada, H. / Procko, E. / Sotomayor, M. / Gaudet, R.

履歴

登録	2012年2月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年7月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年12月19日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4dx1_validation.pdf.gz	459.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/4dx1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/4dx1	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4dx2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3jxi-1 5bop-2 3eba-d 4jmi-d 3w9f-2 4xdi-d 6ksq-d 4kyu-d 6jb8-d 6jb2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#250 - 2020年10月カプサイシン受容体TRPV1 (Capsaicin Receptor TRPV1) 類似性 (3) #223 - 2018年7月ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4

B: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4

ヘテロ分子

59.5 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	53.370, 53.370, 440.711
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4 / TrpV4 / Osm-9-like TRP channel 4 / OTRPC4 / Transient receptor potential protein 12 / TRP12 / ...TrpV4 / Osm-9-like TRP channel 4 / OTRPC4 / Transient receptor potential protein 12 / TRP12 / Vanilloid receptor-like channel 2 / Vanilloid receptor-like protein 2 / VRL-2 / Vanilloid receptor-related osmotically-activated channel / VR-OAC 分子量: 29456.746 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain (UNP residues 149-397) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRPV4, VRL2, VROAC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HBA0
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.01 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 0.35M sodium potassium phosphate, 0.1M HEPES, 10% glycerol, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.85→40 Å / Num. obs: 18334 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.115 / Χ²: 1.053 / Net I/σ(I): 12.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.85-2.9	5.4	0.641	898	1.019	1	99.3
2.9-2.95	5.5	0.567	907	1.035	1	99.6
2.95-3.01	5.6	0.484	865	1.059	1	99.3
3.01-3.07	5.4	0.409	869	1.097	1	100
3.07-3.14	5.3	0.335	943	1.09	1	99.7
3.14-3.21	5.7	0.278	851	1.089	1	99
3.21-3.29	5.4	0.244	902	1.077	1	100
3.29-3.38	5.5	0.22	877	1.075	1	99.8
3.38-3.48	5.5	0.176	866	1.072	1	99.4
3.48-3.59	5.3	0.166	946	1.031	1	100
3.59-3.72	5.5	0.153	882	1.054	1	99.5
3.72-3.87	5.3	0.137	922	1.052	1	99.9
3.87-4.04	5.5	0.142	890	1.044	1	99.8
4.04-4.26	5.3	0.131	925	1.043	1	99.9
4.26-4.52	5.3	0.134	915	1.055	1	99.6
4.52-4.87	5.2	0.131	955	1.04	1	100
4.87-5.36	5.2	0.131	937	1.023	1	100
5.36-6.13	5.2	0.11	931	0.995	1	99.1
6.13-7.72	5	0.076	992	1.099	1	99.4
7.72-40	4.8	0.049	1061	1.008	1	98.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.15 Å	39.12 Å
Translation	3.15 Å	39.12 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.85→39.12 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / WR_factor R_free: 0.3066 / WR_factor R_work: 0.2296 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7421 / SU B: 48.665 / SU ML: 0.394 / SU R Cruickshank DPI: 1.1525 / SU R_free: 0.3903 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.153 / ESU R Free: 0.39 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2785	930	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2152	-	-	-
obs	0.2184	18236	99.58 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 184.43 Å² / B_iso mean: 81.1238 Å² / B_iso min: 49.8 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.46 Å²	0.23 Å²	0 Å²
2-	-	0.46 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.69 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.85→39.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3981	0	31	17	4029

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	4084
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.513	1.976	5519
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.334	5	497
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.785	23.166	199
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.766	15	720
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.296	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	613
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	3086
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.451	1.5	2487
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.855	2	4012
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.213	3	1597
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.086	4.5	1507

LS精密化シェル

解像度: 2.851→2.924 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.358	75	-
R_work	0.326	1241	-
all	-	1316	-
obs	-	-	99.4 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	23.1977	-1.3394	-4.746	8.2702	4.0575	5.7732	0.1168	-0.6596	0.8263	0.6839	-0.1585	-0.3931	-1.2815	-0.1988	0.0417	0.7946	-0.1245	-0.0093	0.2761	-0.0868	0.3574	21.062	-0.662	11.651
2	2.3013	-2.8807	-5.6988	12.1672	-1.9275	7.2647	0.0102	-0.1516	-0.0701	1.0167	0.0818	0.8828	-0.4022	-0.2999	-0.0921	0.4051	-0.1033	0.0826	0.2964	-0.0259	0.54	10.915	-9.339	12.453
3	-2.7546	4.1079	-9.2653	32.5148	-42.8327	43.4257	0.8177	0.7462	0.679	-0.6773	0.5486	0.6832	-0.2022	-1.5742	-1.3663	0.8273	0.2157	0.1973	0.8196	0.031	0.4438	12.379	-1.383	2.545
4	18.3967	-10.6446	12.8383	7.6801	-7.1955	10.8283	-1.2041	0.5179	0.6983	1.3345	-0.1015	-0.5943	-1.8902	-0.5987	1.3056	1.0102	-0.0115	-0.1515	0.4797	-0.1807	0.5927	20.558	0.944	-0.084
5	5.0566	0.1156	1.5578	1.9436	-1.7774	7.9361	0.2806	-0.5565	-0.1872	0.3685	-0.2548	-0.3954	0.0579	0.9748	-0.0258	0.2707	-0.1547	0.017	0.486	-0.0568	0.5532	29.612	-7.598	4.682
6	-4.5484	3.216	-6.1945	-4.1425	0.9994	58.3696	-0.1975	0.0439	-0.1039	-0.1214	0.2909	0.1073	1.5863	0.217	-0.0934	0.4527	-0.0907	0.0715	0.4592	0.0925	0.6134	15.556	-15.482	6.096
7	20.3273	13.8137	3.3471	4.3936	-10.7991	25.258	0.2764	1.5785	-0.5088	-0.583	0.751	0.3953	1.5444	-0.3825	-1.0274	0.478	-0.2688	0.0421	0.6278	-0.2284	0.6572	15.981	-11.183	-3.671
8	26.2648	18.2865	-4.6771	13.7941	1.0268	13.1786	0.12	-0.7786	0.9859	0.0743	-0.892	1.2071	-0.4596	-0.2304	0.7719	0.403	-0.0028	0.0226	0.3703	-0.1458	0.575	20.481	5.334	-10.379
9	-4.4469	0.174	-1.5565	3.3001	6.9067	11.3719	-0.0504	0.0772	0.1727	0.1478	-0.1854	-0.0843	0.4883	-0.5351	0.2359	0.5057	-0.1422	0.0702	0.3021	0.0207	0.5661	26.366	-3.3	-8.906
10	39.8134	5.0122	-18.5155	43.3103	-18.5724	8.3099	2.5927	1.4787	0.4918	1.148	-1.6353	0.8233	0.1562	5.3891	-0.9574	1.2362	0.163	0.1688	1.8702	-0.044	0.4426	36.037	-6.623	-4.837
11	13.8662	-4.3926	-3.1017	13.6392	3.8159	18.2269	0.0976	-0.6318	-1.4812	0.803	0.2703	-0.063	0.5382	0.0268	-0.3679	0.5049	-0.0176	0.0864	0.3044	0.0716	0.4575	28.283	-13.763	-3.994
12	5.2621	-2.3713	3.0025	-0.3352	1.9518	6.5511	-0.338	0.3429	0.5528	-0.5447	-0.1099	0.1734	-1.0048	-0.5303	0.4479	0.6329	-0.2128	-0.0044	0.5464	0.1581	0.7698	22.516	6.136	-15.356
13	-0.1625	-3.0334	-7.8847	-2.8246	2.4277	13.461	0.4444	0.3577	0.0123	-0.085	-0.0956	-0.0077	-0.6395	-0.8548	-0.3488	0.5298	-0.1589	-0.0267	0.3744	0.0485	0.7007	27.814	-0.353	-18.432
14	6.5406	2.3579	-3.0898	2.8136	-1.3362	12.6276	-0.3945	-0.2895	-0.1685	0.2459	0.0807	-0.4758	0.7848	0.9155	0.3138	0.4492	0.0063	0.0848	0.2589	-0.0567	0.4574	35.083	-10.819	-15.299
15	3.0534	0.3041	-1.8132	17.5967	-4.716	7.262	-0.1486	0.6225	-0.3055	-0.4754	0.0637	0.1089	0.9771	-0.7243	0.0849	0.4407	-0.1319	-0.0061	0.255	-0.127	0.3659	25.567	-11.105	-21.853
16	4.7944	2.7467	0.5257	9.5828	2.7975	6.1784	0.384	0.2293	-0.0254	0.3379	-0.2979	-0.8051	0.5735	0.576	-0.086	0.353	-0.0035	0.0995	0.3046	0.0194	0.3856	40.81	-5.703	-25.035
17	73.2455	68.7439	-10.4516	31.3557	5.5921	44.6437	1.4229	1.4699	-1.2607	1.1288	2.7424	-0.2287	1.505	-0.8683	-4.1653	1.4605	-0.247	0.0211	0.1084	-0.2757	1.0721	31.604	-22.413	-27.824
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20	4.0855	-20.1542	-13.2459	40.2238	17.4883	6.7309	-0.1401	-0.3556	-0.0196	0.1781	0.8141	-0.5952	0.6446	0.0646	-0.674	1.198	0.1182	-0.1416	0.4728	0.0099	0.5716	42.709	-12.726	-37.864
21	3.5679	-3.3845	5.8224	8.4935	1.0355	12.0109	-0.3598	0.5915	0.3781	0.3048	0.5988	1.384	-0.5695	-0.6175	-0.2389	0.4905	-0.0284	-0.0183	0.8046	0.368	0.9169	-8.195	32.362	-81.555
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25	10.7837	1.8777	-3.18	6.0443	-1.7768	1.0361	-0.8015	0.6093	-0.7524	-0.4798	0.7475	0.6328	0.5196	-0.0563	0.054	0.5608	-0.0638	-0.0909	0.3918	-0.0044	0.6334	-6.388	19.559	-79.939
26	16.4893	0.1188	12.5881	-3.7807	-4.2984	9.3973	0.3798	0.7316	-0.7142	-0.3955	0.1992	0.1332	0.1763	0.4453	-0.5789	0.703	-0.0527	0.024	0.3538	-0.1064	0.5883	7.428	27.565	-77.664
27	9.6997	11.8832	-0.2274	7.856	2.9358	30.2008	-0.0886	-0.5159	-0.6519	0.7493	0.0593	-0.9094	1.1987	1.2888	0.0293	0.5692	0.1857	-0.082	0.5093	-0.0244	0.8566	3.534	24.984	-68.161
28	12.0677	4.4207	-1.3862	6.9578	1.2469	2.1576	0.3163	0.5096	0.949	0.8821	-0.2774	0.1017	-0.2998	-0.3816	-0.0389	0.6217	0.1492	0.0169	0.311	0.0486	0.6651	-12.909	25.855	-60.205
29	1.3307	-2.0044	2.1033	11.9663	-1.365	21.8473	-0.7925	0.6649	0.282	-0.3101	0.5782	0.5371	1.3977	0.3508	0.2143	0.6916	-0.0678	0.1374	0.4315	0.0993	0.5683	-9.241	14.522	-69.38
30	-5.6235	0.2339	2.5861	8.6339	-10.0573	11.9262	-0.8229	0.3583	-0.3074	-1.0206	0.3196	-0.9574	-0.3446	0.7927	0.5032	0.8727	-0.059	0.3575	0.4042	-0.0108	0.783	-0.009	14.459	-72.812
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33	9.9179	-13.2706	0.6272	7.1475	-5.3134	-2.7136	0.4935	0.1652	0.9237	0.1072	-0.9572	-0.7826	-0.115	0.5219	0.4636	0.989	-0.2005	0.1133	0.6711	0.0193	0.5816	-7.689	11.508	-59.324
34	21.7009	2.6212	-4.5249	8.4931	0.5561	3.5568	0.185	1.2796	-0.5834	-0.5426	-0.1363	-0.5044	0.1933	-0.1269	-0.0487	0.7664	0.2005	0.0976	0.2691	-0.0022	0.4219	-3.877	4.806	-66.141
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36	9.6646	-4.3605	3.1321	4.6847	-5.9318	10.1129	-0.0943	0.1166	-0.0409	-0.9395	-0.5885	-0.7101	0.3518	0.7066	0.6828	0.831	0.2666	0.1643	0.1851	0.0721	0.6077	-2.04	-2.294	-56.597
37	2.9389	0.7923	2.4394	0.434	-3.7267	6.902	0.1876	-0.0387	-0.414	0.07	-0.5582	-0.7816	0.2228	1.2946	0.3706	0.6486	0.0661	0.04	0.4119	0.1201	0.54	-3.004	3.233	-45.342
38	3.3394	-0.8375	-1.1771	2.0398	-4.6082	1.3523	-0.2242	-0.2936	-0.1927	0.2031	-0.0883	-0.1902	0.0172	0.0368	0.3126	0.5155	0.005	0.0652	0.2439	-0.0166	0.4436	-14.313	4.304	-43.049
39	15.352	-10.1682	-9.3267	8.5955	3.1443	3.7608	0.0092	-0.3413	-1.3536	-1.1698	-0.3782	1.4554	0.7637	0.431	0.369	0.702	0.1276	0.0067	0.4658	-0.0534	0.4321	-17.662	-4.134	-48.918
40	16.1687	-2.4747	0.2833	11.5219	-20.208	3.1508	0.3521	2.209	-0.1203	-0.3327	0.379	0.2686	0.1943	0.1842	-0.7311	1.1525	0.2422	-0.0424	0.4366	-0.0569	0.6286	-9.605	-11.316	-49.02

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	148 - 166
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	167 - 179
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	180 - 187
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	188 - 199
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	200 - 215
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	216 - 221
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	222 - 229
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	230 - 237
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	238 - 247
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	248 - 252
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	253 - 260
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	261 - 280
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	281 - 289
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	290 - 306
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	307 - 327
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	328 - 353
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	354 - 358
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	359 - 373
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	374 - 389
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	390 - 397
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	148 - 166
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	167 - 179
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	180 - 187
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	188 - 199
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	200 - 215
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	216 - 221
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	222 - 229
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	230 - 238
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	239 - 252
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	253 - 260
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	261 - 276
32	X-RAY DIFFRACTION	32	B	277 - 285
33	X-RAY DIFFRACTION	33	B	286 - 293
34	X-RAY DIFFRACTION	34	B	294 - 308
35	X-RAY DIFFRACTION	35	B	309 - 343
36	X-RAY DIFFRACTION	36	B	344 - 358
37	X-RAY DIFFRACTION	37	B	359 - 368
38	X-RAY DIFFRACTION	38	B	369 - 380
39	X-RAY DIFFRACTION	39	B	381 - 390
40	X-RAY DIFFRACTION	40	B	391 - 396

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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