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万見
- PDB-4dwy: Interactions of Mn2+ with a non-self-complementary Z-type DNA duplex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dwy
タイトルInteractions of Mn2+ with a non-self-complementary Z-type DNA duplex
要素
  • DNA (5'-D(*CP*AP*CP*GP*CP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*TP*G)-3')
キーワードDNA / Z-type DNA double helices
機能・相同性: / DNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.61 Å
データ登録者Mandal, P.K. / Venkadesh, S. / Gautham, N.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2012
タイトル: Interactions of Mn(2+) with a non-self-complementary Z-type DNA duplex
著者: Mandal, P.K. / Venkadesh, S. / Gautham, N.
履歴
登録2012年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月12日Group: Database references
改定 1.22019年12月4日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_entity_src_syn / reflns / Item: _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns.pdbx_Rsym_value
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*GP*CP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*TP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*GP*CP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*TP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3496
ポリマ－7,2394
非ポリマー1102
水1,00956
1
A: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*GP*CP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*TP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,7294
ポリマ－3,6192
非ポリマー1102
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area770 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area2350 Å2
手法PISA
2
C: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*GP*CP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*TP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,6192
ポリマ－3,6192
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area740 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area2400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)24.484, 31.128, 31.675
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.33, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*CP*GP*CP*G)-3')


分子量: 1794.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*TP*G)-3')


分子量: 1825.216 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.6225 Å3/Da / 溶媒含有率: 24.1913 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1mM DNA, 50mM sodium cacodylate trihydrate buffer (pH 7.0), 10mM MnCl2, 1mM spermine, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年8月10日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.61→15 Å / Num. all: 6048 / Num. obs: 6021 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 4.43 % / Biso Wilson estimate: 24.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0486 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 1.61→1.66 Å / 冗長度: 4.35 % / Rmerge(I) obs: 0.218 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 505 / Rsym value: 0.207 / % possible all: 81.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
AUTOMARデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.61→14.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 2.852 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.027 / ESU R Free: 0.029 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26689 280 4.7 %RANDOM
Rwork0.19973 ---
obs0.20286 5741 97.55 %-
all-5885 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.3255 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20 Å2-0.03 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.61→14.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 480 2 56 538
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.021548
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.8873844
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1620.295
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0170.02252
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9323548
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8014.5841
LS精密化 シェル解像度: 1.606→1.648 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 18 -
Rwork0.349 326 -
obs--74.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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