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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3fq5 | ||||||
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Title | Crystal Structure of d(CACGCG).d(CGCGTG) with 10mM MnCl2 | ||||||
![]() |
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![]() | DNA / Double helix | ||||||
Function / homology | : / DNA![]() | ||||||
Biological species | synthetic construct (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Venkadesh, S. / Kannan, R. / Mandal, P.K. / Gautham, N. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal Structure of d(CACGCG).d(CGCGTG) with 10mM MnCl2 Authors: Venkadesh, S. / Mandal, P.K. / Gautham, N. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 25.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 15.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 390.8 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 414.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 6.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 7.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: DNA chain | Mass: 1794.206 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #2: DNA chain | Mass: 1825.216 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.99 Details: 50mM Sodium Cacodylate buffer, 10mM MnCl2, 1mM Spermine, 50% MPD, pH 6.99, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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Components of the solutions |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 293 K |
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Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: IMAGE PLATE / Date: Sep 15, 2007 |
Radiation | Monochromator: Mirror / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.8→15 Å / Num. all: 1241 / Num. obs: 1179 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 1 / Redundancy: 2.88 % / Biso Wilson estimate: 42.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rsym value: 0.042 / Net I/σ(I): 8 |
Reflection shell | Resolution: 2.8→2.87 Å / Redundancy: 3.25 % / Rmerge(I) obs: 0.129 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 72 / Rsym value: 0.1149 / % possible all: 94.8 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 12.018 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.327 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.8→14.71 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20
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