PDB-4dt9: Crystal Structure of Aminoglycoside-2''-Phosphotransferase Type I...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dt9

タイトル

Crystal Structure of Aminoglycoside-2''-Phosphotransferase Type IVa in Complex with Guanosine

要素

APH(2'')-Id

キーワード

TRANSFERASE / Aminoglycoside kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterococcus casseliflavus (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Shi, K. / Berghuis, A.M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural Basis for Dual Nucleotide Selectivity of Aminoglycoside 2''-Phosphotransferase IVa Provides Insight on Determinants of Nucleotide Specificity of Aminoglycoside Kinases.
著者: Shi, K. / Berghuis, A.M.

履歴

登録	2012年2月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年3月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年5月9日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4dt9.cif.gz	251.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4dt9.ent.gz	204.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4dt9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4dt9_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4dt9_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	4dt9_validation.xml.gz	25 KB	表示
CIF形式データ	4dt9_validation.cif.gz	35.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/4dt9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/4dt9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4dt8C 4dtaC 4dtbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4de4-1 3sg9-2 6cd7-1 4dta-1 5c4l-1 3n4t-d 4dt8-1 5c4k-2 3sg8-2 3sg8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (2)

登録構造単位

A: APH(2'')-Id

B: APH(2'')-Id

ヘテロ分子

73.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: APH(2'')-Id

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: APH(2'')-Id

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.252, 101.288, 73.389
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.00, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	APH(2'')-Id 分子量: 36496.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterococcus casseliflavus (バクテリア) 遺伝子: aph(2'')-Id / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O68183
#2: 化合物	ChemComp-GMP / GUANOSINE / グアノシン分子量: 283.241 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₅O₅
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.95 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100mM HEPES, 150mM potassium nitrate, 17% PEG 3350, 6% 2-propanol, 10% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月4日
放射	モノクロメーター: Confocal dual reflection mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 33771 / Num. obs: 33433 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.3 % / R_sym value: 0.074 / Net I/σ(I): 15.9
反射シェル	解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / R_sym value: 0.32 / % possible all: 89

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
StructureStudio		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→34.04 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 10.757 / SU ML: 0.144 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.241 / ESU R Free: 0.202 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24204	1764	5 %	RANDOM
R_work	0.18152	-	-	-
all	0.18459	33433	-	-
obs	0.18459	33433	99.01 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.738 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.08 Å²	0 Å²	-0.18 Å²
2-	-	-0.14 Å²	0 Å²
3-	-	-	0 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→34.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4784	0	40	200	5024

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.02	4987
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.87	1.969	6766
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.445	5	608
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.224	25.164	244
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.979	15	861
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.218	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.129	0.2	732
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	3815
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.153 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3	95	-
R_work	0.217	2175	-
obs	-	-	88.98 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.2334	3.8016	-0.7314	9.8897	-0.0794	4.4902	-0.2037	0.8093	0.2876	-0.8422	0.1881	1.9158	0.5352	-0.9687	0.0156	0.3528	-0.1309	-0.2291	0.48	0.0252	0.6015	-4.5822	8.688	12.8637
2	2.0139	-0.5478	0.6677	1.7766	-0.7476	1.2431	0.0297	-0.0319	-0.0915	-0.0507	0.0289	0.2363	0.1415	-0.0223	-0.0586	0.1265	-0.0004	0.0352	0.0809	0.0104	0.0845	6.0611	11.7575	20.6696
3	0.7731	-0.0254	-0.3514	2.228	-0.9176	2.6951	0.0745	-0.0924	-0.097	0.0052	-0.0302	-0.0997	-0.1598	0.0539	-0.0443	0.0759	0.0194	0.048	0.1044	0.0142	0.0965	15.5816	8.8755	37.6293
4	2.3507	-1.3942	0.1072	3.0219	0.317	1.5022	-0.0385	-0.1316	-0.0285	0.0434	0.0745	-0.1653	0.1495	-0.1974	-0.036	0.1612	-0.0534	0.0172	0.0537	0.001	0.0977	14.0741	39.8154	36.5832
5	0.8734	0.2908	0.9744	3.4263	-0.6325	1.3739	-0.0678	-0.0143	-0.0336	-0.0455	0.1393	0.0838	-0.0737	-0.0937	-0.0715	0.1361	0.0234	0.0404	0.1164	0.0203	0.0685	12.9414	11.3721	34.4665
6	1.1657	0.2955	0.6514	4.1538	-0.6021	0.581	-0.0147	-0.3406	0.0801	0.1806	-0.0271	0.128	-0.155	-0.1503	0.0417	0.2448	-0.0089	0.0138	0.1907	0.0047	0.0887	15.8068	15.1652	45.152
7	7.4521	-5.3674	3.1182	6.1619	-2.6215	1.4445	-0.0537	-0.1923	-0.1105	0.1945	0.1894	0.3412	0.0788	-0.1116	-0.1357	0.2921	-0.0436	0.0468	0.0939	0.0152	0.1113	8.0758	30.1908	39.0933
8	2.3076	-0.4149	1.1895	0.1005	0.0802	4.0484	-0.0179	-0.1425	-0.0995	0.0064	-0.0091	0.03	0.0077	-0.3175	0.0271	0.0846	0.0137	0.0098	0.1698	-0.0158	0.1202	-1.8832	47.0271	15.6602
9	1.2061	-0.0914	-0.3741	1.0463	-0.1545	0.4362	-0.0124	-0.0158	-0.0039	-0.0295	0.0325	0.0606	-0.0083	0.018	-0.0201	0.0819	0.0119	-0.0057	0.1298	-0.009	0.0964	9.8945	42.4478	11.132
10	0.5661	-0.2965	0.1384	2.0055	-0.3016	1.505	-0.0249	-0.0845	-0.0235	0.0184	-0.0089	-0.0698	-0.0601	-0.0731	0.0338	0.0409	-0.0119	0.0157	0.1343	0.0076	0.0914	24.4512	43.4129	-1.5665
11	2.598	0.545	1.1479	1.1394	0.2833	1.1228	-0.0364	0.0506	-0.133	0.1319	0.0579	-0.1554	-0.0138	-0.0136	-0.0216	0.0919	-0.0062	0.0036	0.0863	-0.0016	0.1307	18.9905	13.3387	-1.779
12	1.0058	-0.3562	0.0224	3.3381	-0.5708	0.8143	-0.0009	0.0308	-0.0108	-0.1	0.0596	0.0149	-0.0099	-0.1127	-0.0587	0.0579	-0.0073	-0.0006	0.125	-0.0118	0.0839	20.7619	41.7915	0.1965
13	2.2258	-1.5275	1.298	5.1784	-0.1845	1.336	0.2449	0.3085	-0.2144	-0.6623	-0.2367	0	0.0929	0.1019	-0.0082	0.1683	0.0209	0.0136	0.1474	-0.0394	0.1095	26.2731	37.2199	-8.9777
14	3.6298	3.2514	-0.9595	4.9513	-0.2557	0.4478	-0.2372	0.1623	-0.1097	-0.364	0.1581	0.1109	0.0055	-0.0045	0.0791	0.1605	0.0061	0.0012	0.1121	0.0077	0.0432	15.1271	23.0142	-6.6403

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 23
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	24 - 97
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	98 - 144
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	145 - 189
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	190 - 225
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	226 - 253
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	254 - 296
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	1 - 23
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	24 - 97
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	98 - 144
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	145 - 189
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	190 - 225
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	226 - 253
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	254 - 298

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