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- PDB-4dn4: Crystal structure of the complex between cnto888 fab and mcp-1 mu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dn4
タイトルCrystal structure of the complex between cnto888 fab and mcp-1 mutant p8a
要素
  • C-C motif chemokine 2
  • CNTO888 HEAVY CHAIN
  • CNTO888 LIGHT CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody chemokine
機能・相同性
機能・相同性情報


helper T cell extravasation / chemokine (C-C motif) ligand 2 signaling pathway / positive regulation of NMDA glutamate receptor activity / CCR2 chemokine receptor binding / negative regulation of natural killer cell chemotaxis / astrocyte cell migration / negative regulation of glial cell apoptotic process / CCR chemokine receptor binding / positive regulation of apoptotic cell clearance / ATF4 activates genes in response to endoplasmic reticulum stress ...helper T cell extravasation / chemokine (C-C motif) ligand 2 signaling pathway / positive regulation of NMDA glutamate receptor activity / CCR2 chemokine receptor binding / negative regulation of natural killer cell chemotaxis / astrocyte cell migration / negative regulation of glial cell apoptotic process / CCR chemokine receptor binding / positive regulation of apoptotic cell clearance / ATF4 activates genes in response to endoplasmic reticulum stress / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / chemokine-mediated signaling pathway / eosinophil chemotaxis / cellular homeostasis / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / chemokine activity / Chemokine receptors bind chemokines / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / Interleukin-10 signaling / positive regulation of macrophage chemotaxis / positive regulation of calcium ion import / chemoattractant activity / macrophage chemotaxis / monocyte chemotaxis / humoral immune response / cellular response to interleukin-1 / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / sensory perception of pain / cytoskeleton organization / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / viral genome replication / animal organ morphogenesis / response to bacterium / cytokine-mediated signaling pathway / cellular response to type II interferon / positive regulation of T cell activation / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / chemotaxis / cellular response to tumor necrosis factor / regulation of cell shape / cellular response to lipopolysaccharide / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / angiogenesis / negative regulation of neuron apoptotic process / cell surface receptor signaling pathway / protein kinase activity / cell adhesion / positive regulation of cell migration / protein phosphorylation / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / signaling receptor binding / positive regulation of gene expression / signal transduction / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Immunoglobulins ...CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Immunoglobulins / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / C-C motif chemokine 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Obmolova, G. / Teplyakov, A. / Malia, T. / Grygiel, T. / Sweet, R. / Snyder, L. / Gilliland, G.
引用ジャーナル: Mol.Immunol. / 年: 2012
タイトル: Structural basis for high selectivity of anti-CCL2 neutralizing antibody CNTO 888.
著者: Obmolova, G. / Teplyakov, A. / Malia, T.J. / Grygiel, T.L. / Sweet, R. / Snyder, L.A. / Gilliland, G.L.
履歴
登録2012年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: CNTO888 LIGHT CHAIN
H: CNTO888 HEAVY CHAIN
M: C-C motif chemokine 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,7427
ポリマ－56,4733
非ポリマー2694
水1,40578
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5350 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area21930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.010, 136.010, 109.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 M

#3: タンパク質 C-C motif chemokine 2 / HC11 / Monocyte chemoattractant protein 1 / Monocyte chemotactic and activating factor / MCAF / ...HC11 / Monocyte chemoattractant protein 1 / Monocyte chemotactic and activating factor / MCAF / Monocyte chemotactic protein 1 / MCP-1 / Monocyte secretory protein JE / Small-inducible cytokine A2


分子量: 8673.009 Da / 分子数: 1 / Mutation: P8A / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P13500

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抗体 , 2種, 2分子 LH

#1: 抗体 CNTO888 LIGHT CHAIN


分子量: 23625.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): (HEK) 293 / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト)
#2: 抗体 CNTO888 HEAVY CHAIN


分子量: 24175.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCL2, MCP1, SCYA2 / 細胞株 (発現宿主): (HEK) 293 / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト)

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非ポリマー , 3種, 82分子

#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 1.8 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M ACETATE, CRYO CONDITIONS: 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M ACETATE PH 5.5, 25% GLYCEROL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月6日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. all: 15133 / Num. obs: 15133 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 26.7 % / Biso Wilson estimate: 30.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.149
反射 シェル解像度: 2.8→2.88 Å / 冗長度: 25.8 % / Rmerge(I) obs: 0.557 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.85 / SU B: 13.749 / SU ML: 0.274 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.393 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26565 839 5.6 %RANDOM
Rwork0.19573 ---
all0.19955 14181 --
obs0.19955 14181 94.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.71 Å20.35 Å20 Å2
2--0.71 Å20 Å2
3----1.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3709 0 18 78 3805
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0223818
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0611.9545189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2445484
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.20624.122148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.17815612
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.61516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2589
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined00.0212856
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.06422438
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.35843937
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it26.169881380
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it26.562881252
LS精密化 シェル解像度: 2.803→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 48 -
Rwork0.242 993 -
obs--98.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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