PDB-4dmu: Crystal structure of the von Willebrand factor A3 domain in compl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dmu

タイトル

Crystal structure of the von Willebrand factor A3 domain in complex with a collagen III derived triple-helical peptide

要素

Collagen III derived triple-helical peptide
von Willebrand factor

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN/PROTEIN BINDING / dinucleotide binding fold / collagen binding / platelet activation / hemostasis / plasma / STRUCTURAL PROTEIN-PROTEIN BINDING complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Defective VWF binding to collagen type I / Enhanced cleavage of VWF variant by ADAMTS13 / Defective VWF cleavage by ADAMTS13 variant / Defective F8 binding to von Willebrand factor / Enhanced binding of GP1BA variant to VWF multimer:collagen / Defective binding of VWF variant to GPIb:IX:V / Weibel-Palade body / hemostasis / platelet alpha granule / Platelet Adhesion to exposed collagen ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Brondijk, T.H.C. / Huizinga, E.G.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Implications for collagen I chain registry from the structure of the collagen von Willebrand factor A3 domain complex.
著者: Brondijk, T.H. / Bihan, D. / Farndale, R.W. / Huizinga, E.G.

履歴

登録	2012年2月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年3月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年4月4日	Group: Database references
改定 1.2	2012年4月18日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb4dmu.ent.gz	500.2 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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文書・要旨	4dmu_validation.pdf.gz	575.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4dmu_full_validation.pdf.gz	625.6 KB	表示
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CIF形式データ	4dmu_validation.cif.gz	78.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/4dmu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/4dmu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4dmtSC 1atzS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1tzf-d 1wvc-d 2rr3-d 6is6-d 2f62-d 3n3u-d 5u7k-4 5u7i-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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組織因子 (Tissue Factor)
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上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
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登録構造単位

A: Collagen III derived triple-helical peptide

B: von Willebrand factor

C: Collagen III derived triple-helical peptide

D: von Willebrand factor

E: Collagen III derived triple-helical peptide

F: von Willebrand factor

G: Collagen III derived triple-helical peptide

H: von Willebrand factor

I: Collagen III derived triple-helical peptide

J: von Willebrand factor

K: Collagen III derived triple-helical peptide

L: von Willebrand factor

ヘテロ分子

169 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Collagen III derived triple-helical peptide

B: von Willebrand factor

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2

C: Collagen III derived triple-helical peptide

D: von Willebrand factor

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3

E: Collagen III derived triple-helical peptide

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4

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5

I: Collagen III derived triple-helical peptide

J: von Willebrand factor

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6

K: Collagen III derived triple-helical peptide

L: von Willebrand factor

ヘテロ分子

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単位格子

Length a, b, c (Å)	187.614, 187.614, 89.373
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	168
Space group name H-M	P6

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	C
3	1	E
4	1	G
5	1	I
6	1	K
1	2	B
2	2	D
3	2	F
4	2	H
5	2	J
6	2	L

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	4	A	1 - 300
2	1	1	4	C	1 - 300
3	1	1	4	E	1 - 300
4	1	1	4	G	1 - 300
5	1	1	4	I	1 - 300
6	1	1	4	K	1 - 300
1	1	2	4	B	1600 - 2000
2	1	2	4	D	1600 - 2000
3	1	2	4	F	1600 - 2000
4	1	2	4	H	1600 - 2000
5	1	2	4	J	1600 - 2000
6	1	2	4	L	1600 - 2000

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Collagen III derived triple-helical peptide 分子量: 7742.494 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成詳細: synthetic peptide covers part of human collagen III sequence
#2: タンパク質	von Willebrand factor / vWF / von Willebrand antigen 2 / von Willebrand antigen II 分子量: 20377.223 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VWF, F8VWF / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P04275
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.3 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100 mM cacodylate, pH 6.5, 1.20 M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9395 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9395 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.518
1	1	h+k,-k,-l	2	0.482

反射

解像度: 2.8→46.9 Å / Num. all: 41019 / Num. obs: 41019 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 67.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 14.9

反射シェル

解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.452 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 4679 / % possible all: 73.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0110	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1ATZ & 4DMT

1atz

4dmt

解像度: 2.8→46.32 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.929 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.883 / SU B: 48.367 / SU ML: 0.395 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.086 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2531	2090	5.1 %	RANDOM - not-related by twinning
R_work	0.20154	-	-	-
obs	0.20416	38880	92.23 %	-
all	-	38880	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.995 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-19.75 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-19.75 Å²	0 Å²
3-	-	-	39.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→46.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11631	0	20	0	11651

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	12032
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	8326
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.649	2.094	16568
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.922	3	20129
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.512	5	1581
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.892	23.455	385
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.633	15	1584
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.266	15	72
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	1857
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.023	13311
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2047
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.26	1.5	8051
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.1	1.5	3166
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.433	2	13049
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.897	3	3981
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.379	4.5	3519
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	963	medium positional	0.27	0.5
1	1	C	963	medium positional	0.26	0.5
1	1	E	963	medium positional	0.24	0.5
1	1	G	963	medium positional	0.3	0.5
1	1	I	963	medium positional	0.27	0.5
1	1	K	963	medium positional	0.31	0.5
2	2	B	2345	medium positional	0.26	0.5
2	2	D	2345	medium positional	0.23	0.5
2	2	F	2345	medium positional	0.25	0.5
2	2	H	2345	medium positional	0.26	0.5
2	2	J	2345	medium positional	0.23	0.5
2	2	L	2345	medium positional	0.24	0.5
1	1	A	963	medium thermal	0.28	2
1	1	C	963	medium thermal	0.32	2
1	1	E	963	medium thermal	0.3	2
1	1	G	963	medium thermal	0.31	2
1	1	I	963	medium thermal	0.37	2
1	1	K	963	medium thermal	0.23	2
2	2	B	2345	medium thermal	0.31	2
2	2	D	2345	medium thermal	0.32	2
2	2	F	2345	medium thermal	0.28	2
2	2	H	2345	medium thermal	0.32	2
2	2	J	2345	medium thermal	0.43	2
2	2	L	2345	medium thermal	0.35	2

LS精密化シェル

解像度: 2.799→2.871 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.381	169	-
R_work	0.233	1926	-
obs	-	-	65.04 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.5571	-0.6525	-0.1543	4.5447	-0.1241	2.9082	-0.0789	-0.1151	0.1253	0.3232	0.1583	-0.6768	-0.1978	0.4812	-0.0794	0.6471	-0.0746	-0.0652	0.5268	-0.0794	0.3039	32.7716	99.9024	0.9487
2	3.6979	0.8788	-3.4063	5.9101	-4.0472	12.1379	-0.1446	-0.4629	-0.0875	0.6409	0.1499	-0.1526	-0.2868	-0.475	-0.0053	0.6977	0.0451	-0.0656	0.5795	-0.0685	0.3363	39.7951	82.5088	-5.5954
3	4.4986	-0.0335	-0.6504	4.6415	0.9629	4.941	0.0597	-0.1377	0.0704	0.0944	0.0941	-0.4729	-0.2265	0.2845	-0.1538	0.576	-0.0494	-0.0466	0.2641	-0.009	0.1329	9.2842	75.5533	0.518
4	6.7997	0.9342	-7.9113	2.7365	0.1688	21.7363	0.5426	0.3552	0.4176	0.2821	0.3983	0.1265	-0.8283	-1.0654	-0.9409	0.5013	0.0229	-0.0873	0.1485	-0.0104	0.1961	-1.8765	60.6353	-6.0206
5	4.2872	0.2857	-0.1194	5.3214	-0.2049	6.4372	0.0923	0.2331	0.0231	0.0021	0.0567	0.4512	-0.4958	-0.4889	-0.149	0.7878	0.1326	-0.0576	0.3237	-0.0296	0.1975	-13.8641	76.8109	49.268
6	6.3555	-1.1232	-8.3554	1.6869	1.8615	15.868	0.3183	0.0922	0.1251	-0.3591	0.0996	0.0188	-0.4756	0.1646	-0.4179	0.6173	-0.0866	-0.1083	0.2149	-0.0481	0.2842	-3.8445	60.8242	55.6139
7	4.4085	-0.4017	0.3371	3.5153	-1.4951	2.3221	-0.1603	0.2546	-0.4394	-0.5019	0.2012	-0.3106	0.3736	0.1557	-0.0409	0.8677	-0.1338	0.0582	0.765	-0.161	0.4973	20.4241	80.9092	49.521
8	2.565	1.2351	-3.5354	4.6665	-6.9157	22.4237	-0.2884	0.4062	0.1081	-0.2101	-0.381	-0.564	-0.491	0.2869	0.6694	0.8822	-0.0426	0.1263	0.8062	-0.0141	0.3947	38.7359	81.0126	55.8839
9	3.6698	0.3157	0.2406	3.5966	0.2677	4.715	-0.0984	0.2765	0.1724	-0.0403	0.0819	-0.3224	-0.1528	0.3813	0.0165	0.3079	-0.014	0.0251	0.2808	0.0242	0.1379	9.6429	32.7301	3.8732
10	6.23	-0.6446	10.1397	3.3613	-1.8653	27.9152	-0.0521	-0.2573	0.196	-0.2361	-0.1252	0.2819	0.0049	-0.5404	0.1773	0.2078	0.0252	0.1353	0.1809	0.0369	0.2305	-1.6439	47.9338	10.8366
11	4.3822	0.308	-0.4135	6.3424	-1.716	5.0242	0.0285	-0.1617	-0.0138	0.1319	0.144	0.857	-0.1193	-0.6371	-0.1725	0.3362	-0.0275	0.0621	0.4207	-0.0349	0.1263	-13.0471	31.6439	45.0027
12	6.3561	0.9432	8.0991	2.1026	0.4421	27.4014	0.1534	-0.0814	0.1035	0.2268	-0.1513	0.0888	-0.2681	-0.184	-0.0021	0.4376	0.0483	0.1388	0.1711	-0.002	0.2454	-3.7746	47.6834	37.8542

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	B	1686 - 1873
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	3 - 226
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	227
4	X-RAY DIFFRACTION	3	D	1686 - 1873
5	X-RAY DIFFRACTION	4	C	3 - 226
6	X-RAY DIFFRACTION	4	C	227
7	X-RAY DIFFRACTION	5	F	1686 - 1873
8	X-RAY DIFFRACTION	6	E	3 - 226
9	X-RAY DIFFRACTION	6	E	227
10	X-RAY DIFFRACTION	7	H	1687 - 1873
11	X-RAY DIFFRACTION	8	G	3 - 226
12	X-RAY DIFFRACTION	8	G	227
13	X-RAY DIFFRACTION	9	J	1683 - 1873
14	X-RAY DIFFRACTION	10	I	3 - 226
15	X-RAY DIFFRACTION	10	I	227
16	X-RAY DIFFRACTION	11	L	1686 - 1873
17	X-RAY DIFFRACTION	12	K	2 - 226
18	X-RAY DIFFRACTION	12	K	227

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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