PDB-3n3u: Crystal Structure of IbpAFic2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3n3u

タイトル

Crystal Structure of IbpAFic2

要素

Adenosine monophosphate-protein transferase ibpA

キーワード

TRANSFERASE / Fic domain

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated suppression of host immunoglobulin-mediated immune response / AMPylase activity / protein adenylylation / protein adenylyltransferase / negative regulation of GTPase activity / protein modification process / cell outer membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / cysteine-type endopeptidase activity / proteolysis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Histophilus somni (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.846 Å

データ登録者

Xiao, J.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural basis of Fic-mediated adenylylation.
著者: Xiao, J. / Worby, C.A. / Mattoo, S. / Sankaran, B. / Dixon, J.E.

履歴

登録	2010年5月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年7月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年11月16日	Group: Atomic model
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3n3u.cif.gz	134.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3n3u.ent.gz	104.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3n3u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3n3u_validation.pdf.gz	431 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3n3u_full_validation.pdf.gz	435.3 KB	表示
XML形式データ	3n3u_validation.xml.gz	14.8 KB	表示
CIF形式データ	3n3u_validation.cif.gz	21 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n3/3n3u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n3/3n3u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4itrC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5e04-1 5e04-2 7ck2-1 1toc-4 4ftc-d 5g6c-d 7ck1-1 4ftk-d 4uga-d 5g68-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Adenosine monophosphate-protein transferase ibpA

ヘテロ分子

33.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.380, 64.380, 149.689
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-161- HOH
2	1	A-175- HOH

#1: タンパク質	Adenosine monophosphate-protein transferase ibpA / AMPylator ibpA 分子量: 33569.922 Da / 分子数: 1 / 断片: Fido 2 domain residues 3488-3786 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Histophilus somni (バクテリア) / 株: 2336 / 遺伝子: HSM_1489, ibpA, p76 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q06277, nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.89 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 550 MME, MES, ZnSO4, pH 6.5, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	ALS	8.2.1	1	1
シンクロトロン	ALS	8.2.1	2	1.2824

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 315r	1	CCD	2009年6月30日
ADSC QUANTUM 315r	2	CCD	2009年6月30日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	1.2824	1

Reflection

冗長度: 10.3 % / Av σ(I) over netI: 52.04 / 数: 257894 / R_merge(I) obs: 0.061 / Χ²: 2.12 / D res high: 2 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 24925 / % possible obs: 99.9

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
5.43	50	98.4	1	0.05	5.543	9.4
4.31	5.43	99.9	1	0.049	4.179	9.9
3.76	4.31	100	1	0.051	3.631	9.7
3.42	3.76	100	1	0.058	3.746	9.7
3.17	3.42	100	1	0.063	3.48	10
2.99	3.17	100	1	0.066	2.989	10.2
2.84	2.99	100	1	0.069	2.608	10.3
2.71	2.84	100	1	0.078	2.242	10.5
2.61	2.71	100	1	0.081	1.828	10.5
2.52	2.61	100	1	0.093	1.69	10.6
2.44	2.52	100	1	0.102	1.482	10.6
2.37	2.44	100	1	0.112	1.311	10.6
2.31	2.37	100	1	0.12	1.209	10.7
2.25	2.31	100	1	0.136	1.138	10.6
2.2	2.25	100	1	0.155	1.098	10.6
2.15	2.2	100	1	0.18	1.017	10.7
2.11	2.15	100	1	0.236	0.964	10.6
2.07	2.11	100	1	0.28	0.898	10.7
2.03	2.07	100	1	0.3	0.913	10.6
2	2.03	100	1	0.355	0.833	10.6

反射

解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 31631 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 11.2 % / R_merge(I) obs: 0.044 / Χ²: 1.026 / Net I/σ(I): 14.7

反射シェル

解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 9 % / R_merge(I) obs: 0.606 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 1527 / Χ²: 0.654 / % possible all: 98.5

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.5_2	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.846→31.471 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.814 / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.89 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.242	1592	5.04 %
R_work	0.212	-	-
obs	0.213	31559	99.56 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 53.234 Å² / k_sol: 0.335 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 181.93 Å² / B_iso mean: 50.909 Å² / B_iso min: 17.94 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.722 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.722 Å²	-0 Å²
3-	-	-	5.443 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.846→31.471 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2293	0	7	204	2504

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	2329
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.682	3141
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	363
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	410
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.009	895

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.846-1.906	0.318	144	0.272	2618	2762	97
1.906-1.974	0.291	134	0.258	2667	2801	100
1.974-2.053	0.324	140	0.244	2710	2850	100
2.053-2.146	0.319	158	0.248	2702	2860	100
2.146-2.26	0.228	149	0.226	2657	2806	100
2.26-2.401	0.234	136	0.224	2737	2873	100
2.401-2.586	0.254	148	0.232	2717	2865	100
2.586-2.846	0.258	156	0.227	2708	2864	100
2.846-3.258	0.28	151	0.221	2748	2899	100
3.258-4.103	0.216	138	0.184	2781	2919	100
4.103-31.475	0.192	138	0.184	2922	3060	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 29.6888 Å / Origin y: -12.8019 Å / Origin z: -11.5092 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.3213 Å²	0.1779 Å²	0.0421 Å²	-	0.239 Å²	0.0037 Å²	-	-	0.1191 Å²
L	1.8205 °²	-1.0125 °²	-0.1497 °²	-	2.388 °²	0.2542 °²	-	-	1.8501 °²
S	-0.4231 Å °	-0.379 Å °	-0.0764 Å °	0.413 Å °	0.4947 Å °	0.1344 Å °	0.1251 Å °	0.2029 Å °	-0.0535 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	3488 - 402
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	1
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	1 - 204

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