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- PDB-4djb: A Structural Basis for the Assembly and Functions of a Viral Poly... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4djb
タイトルA Structural Basis for the Assembly and Functions of a Viral Polymer that Inactivates Multiple Tumor Suppressors
要素E4-ORF3
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Adenovirus protein (アデノウイルス) / RRM-like fold / HPV E2 DBD-like protein / tumor suppressor inactivation / nucleus (細胞核)
機能・相同性Mastadenovirus E4 ORF3 / Mastadenovirus E4/Orf3 / Mastadenovirus E4/Orf3 superfamily / Mastadenovirus E4 ORF3 protein / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / identical protein binding / Alpha Beta / Probable early E4 11 kDa protein
機能・相同性情報
生物種Human adenovirus 5 (ヒトアデノウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.053 Å
データ登録者Ou, H.D. / Kwiatkowski, W. / Deerinck, T.J. / Noske, A. / Blain, K.Y. / Land, H.S. / Soria, C. / Powers, C.J. / May, A.P. / Shu, X. ...Ou, H.D. / Kwiatkowski, W. / Deerinck, T.J. / Noske, A. / Blain, K.Y. / Land, H.S. / Soria, C. / Powers, C.J. / May, A.P. / Shu, X. / Tsien, R.Y. / Fitzpatrick, J.A.J. / Long, J.A. / Ellisman, M.H. / Choe, S. / O'Shea, C.C.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2012
タイトル: A Structural Basis for the Assembly and Functions of a Viral Polymer that Inactivates Multiple Tumor Suppressors.
著者: Ou, H.D. / Kwiatkowski, W. / Deerinck, T.J. / Noske, A. / Blain, K.Y. / Land, H.S. / Soria, C. / Powers, C.J. / May, A.P. / Shu, X. / Tsien, R.Y. / Fitzpatrick, J.A. / Long, J.A. / Ellisman, ...著者: Ou, H.D. / Kwiatkowski, W. / Deerinck, T.J. / Noske, A. / Blain, K.Y. / Land, H.S. / Soria, C. / Powers, C.J. / May, A.P. / Shu, X. / Tsien, R.Y. / Fitzpatrick, J.A. / Long, J.A. / Ellisman, M.H. / Choe, S. / O'Shea, C.C.
履歴
登録2012年2月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E4-ORF3
B: E4-ORF3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3012
ポリマ－30,3012
非ポリマー00
水2,090116
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2130 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area12180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.429, 67.222, 87.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細E4-ORF3 CREATES COMPLEX POLYMERIC STRUCTURES IN THE NUCLEUS.

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要素

#1: タンパク質 E4-ORF3 / early E4 11 kDa protein


分子量: 15150.531 Da / 分子数: 2 / 変異: N82E, C71S, C86S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human adenovirus 5 (ヒトアデノウイルス)
遺伝子: E4ORF3 / プラスミド: PETDUET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P04489
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 15% PEG10000, 8% ethylene glycol, 0.1 M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月19日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.053→50 Å / Num. all: 21394 / Num. obs: 21324 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 0.141 / Net I/σ(I): 20.4
反射 シェル解像度: 2.053→2.1 Å / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.578 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 997 / % possible all: 93.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.053→31.368 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 0.74 / 位相誤差: 22.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2559 1096 5.13 %RANDOM
Rwork0.2116 ---
obs0.2137 21324 99.38 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.17 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.535 Å2 / ksol: 0.365 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.663 Å2-0 Å20 Å2
2---4.6774 Å2-0 Å2
3---3.0144 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.053→31.368 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1890 0 0 116 2006
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081922
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9892598
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.636711
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063301
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004335
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.053-2.10030.31391390.25132416X-RAY DIFFRACTION94
2.1003-2.15280.28491570.2272447X-RAY DIFFRACTION99
2.1528-2.2110.2891660.2132523X-RAY DIFFRACTION100
2.211-2.2760.26791460.21382514X-RAY DIFFRACTION100
2.276-2.34950.27131620.21282543X-RAY DIFFRACTION100
2.3495-2.43340.25881310.22632555X-RAY DIFFRACTION100
2.4334-2.53080.26161480.22212491X-RAY DIFFRACTION100
2.5308-2.64590.24911150.22082575X-RAY DIFFRACTION100
2.6459-2.78540.27851200.21542523X-RAY DIFFRACTION100
2.7854-2.95980.27931410.22412574X-RAY DIFFRACTION100
2.9598-3.18810.26351400.23072517X-RAY DIFFRACTION100
3.1881-3.50850.26611340.21622555X-RAY DIFFRACTION100
3.5085-4.01530.28161290.20432535X-RAY DIFFRACTION100
4.0153-5.05550.20321250.17372548X-RAY DIFFRACTION100
5.0555-31.37210.2092950.222527X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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