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- PDB-3cro: THE PHAGE 434 CRO/OR1 COMPLEX AT 2.5 ANGSTROMS RESOLUTION -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cro
タイトルTHE PHAGE 434 CRO/OR1 COMPLEX AT 2.5 ANGSTROMS RESOLUTION
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*GP*TP*AP*CP*AP*AP*AP*CP*TP*TP*TP*CP*TP*TP*G P*TP*AP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*AP*TP*AP*CP*AP*AP*GP*AP*AP*AP*GP*TP*TP*TP*GP*T P*AP*CP*T)-3')
  • PROTEIN (434 CRO)
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / DOUBLE HELIX / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Regulatory protein cro / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Regulatory protein cro
類似検索 - 構成要素
生物種Phage 434 (ファージ)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Mondragon, A. / Harrison, S.C.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: The phage 434 Cro/OR1 complex at 2.5 A resolution.
著者: Mondragon, A. / Harrison, S.C.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989
タイトル: Structure of Phage 434 Cro Protein at 2.35 Angstroms Resolution
著者: Mondragon, A. / Wolberger, C. / Harrison, S.C.
#2: ジャーナル: Science / 年: 1988
タイトル: Recognition of a DNA Operator by the Repressor of Phage 434. A View at High Resolution
著者: Aggarwal, A.K. / Rodgers, D.W. / Drottar, M. / Ptashne, M. / Harrison, S.C.
#3: ジャーナル: Nature / 年: 1987
タイトル: Structure of the Repressor-Operator Complex of Bacteriophage 434
著者: Anderson, J.E. / Ptashne, M. / Harrison, S.C.
履歴
登録1990年7月6日登録サイト: BNL / 処理サイト: BNL
改定 1.01991年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*AP*AP*GP*TP*AP*CP*AP*AP*AP*CP*TP*TP*TP*CP*TP*TP*G P*TP*AP*T)-3')
B: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*AP*CP*AP*AP*GP*AP*AP*AP*GP*TP*TP*TP*GP*T P*AP*CP*T)-3')
L: PROTEIN (434 CRO)
R: PROTEIN (434 CRO)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4164
ポリマ－28,4164
非ポリマー00
水45025
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.200, 47.600, 61.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.50, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細THE TWO PROTEIN DOMAINS HAVE BEEN ASSIGNED CHAIN INDICATORS *L* AND *R*. THE TWO DNA CHAINS HAVE BEEN ASSIGNED CHAIN INDICATORS *A* AND *B*. THE UNIT CELL CONTAINS TWO COMPLEXES EACH OF WHICH CONSISTS OF A PROTEIN DIMER AND TWO DIFFERENT STRANDS OF DNA.

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*GP*TP*AP*CP*AP*AP*AP*CP*TP*TP*TP*CP*TP*TP*G P*TP*AP*T)-3')


分子量: 6106.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*TP*AP*CP*AP*AP*GP*AP*AP*AP*GP*TP*TP*TP*GP*T P*AP*CP*T)-3')


分子量: 6156.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 PROTEIN (434 CRO)


分子量: 8076.619 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Phage 434 (ファージ) / 属: Lambda-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage lambda / 参照: UniProt: P03036
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE DNA CHAINS ARE ALIGNED AS FOLLOWS *B* 5(PRIME) T-A-T-A-C-A-A-G-A-A-A-G-T-T-T-G-T-A-C-T *A* ...THE DNA CHAINS ARE ALIGNED AS FOLLOWS *B* 5(PRIME) T-A-T-A-C-A-A-G-A-A-A-G-T-T-T-G-T-A-C-T *A* 3(PRIME) T-A-T-G-T-T-C-T-T-T-C-A-A-A-C-A-T-G-A-A THE DNA CHAINS ARE NUMBERED SEQUENTIALLY. THE FOLLOWING TABLE PRESENTS THE RELATIONSHIP BETWEEN THE SEQUENTIAL DNA NUMBERING AND THAT USED IN THE PAPER CITED ON THE *JRNL* RECORDS ABOVE: PDB ENTRY PUBLISHED --------- --------- A A 1 -4R A A 2 -3R G A 3 -2R T A 4 -1R A A 5 1R C A 6 2R A A 7 3R A A 8 4R A A 9 5R C A 10 6R T A 11 7R T A 12 7'L T A 13 6'L C A 14 5'L T A 15 4'L T A 16 3'L G A 17 2'L T A 18 1'L A A 19 -1'L T A 20 -2'L T B 1 -3L A B 2 -2L T B 3 -1L A B 4 1L C B 5 2L A B 6 3L A B 7 4L G B 8 5L A B 9 6L A B 10 7L A B 11 7'R G B 12 6'R T B 13 5'R T B 14 4'R T B 15 3'R G B 16 2'R T B 17 1'R A B 18 -1'R C B 19 -2'R T B 20 -3'R

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.95 %
結晶化温度: 277 K / pH: 6.2 / 詳細: pH 6.20, temperature 277.00K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2PEG 350011
3MES11
4NACL11
5MGCL211
6SPERMINE11
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: unknown / pH: 6.2
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
112 %(w/v)PEG350012
2100 mMMES12pH6.2
3160 mM12NaCl
4120 mM12MgCl
52 mMspermine12
62 mMprotein1
71 mMDNA11

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-13
検出器タイプ: XENTRONICS / 検出器: AREA DETECTOR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射最高解像度: 2.5 Å / Num. obs: 7232
反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.101

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解析

ソフトウェア名称: TNT / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.5→10 Å
詳細: DENSITY FOR THE LAST SIX CARBOXY TERMINAL RESIDUES (64 - 70) WAS NOT OBSERVED IN THE MAP AT ANY STAGE OF THE REFINEMENT AND THESE RESIDUES ARE PROBABLY DISORDERED.
Rfactor反射数
obs0.22 5351
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1042 814 0 25 1881
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.3
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.01
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 10 Å / Rfactor obs: 0.22
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.3
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.01

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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