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万見
- PDB-5c9d: Crystal structure of a retropepsin-like aspartic protease from Ri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c9d
タイトルCrystal structure of a retropepsin-like aspartic protease from Rickettsia conorii
要素ApRick protease
キーワードHYDROLASE / pepsin / ApRick
機能・相同性
機能・相同性情報


acyltransferase activity / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis / membrane
類似検索 - 分子機能
Clan AA aspartic peptidase, C-terminal / Retropepsin-like domain, bacterial / gag-polyprotein putative aspartyl protease / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Rickettsia conorii (丘疹熱リケッチア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Li, M. / Gustchina, A. / Cruz, R. / Simoes, M. / Curto, P. / Martinez, J. / Faro, C. / Simoes, I. / Wlodawer, A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Structure of RC1339/APRc from Rickettsia conorii, a retropepsin-like aspartic protease
著者: Li, M. / Gustchina, A. / Cruz, R. / Simoes, M. / Curto, P. / Martinez, J. / Faro, C. / Simoes, I. / Wlodawer, A.
履歴
登録2015年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02018年3月14日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conf / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range / struct_site_gen
Item: _atom_site.label_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id ..._atom_site.label_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_ec / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num / _struct_ref_seq_dif.seq_num / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id / _struct_site_gen.label_seq_id
改定 2.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ApRick protease
B: ApRick protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1343
ポリマ－30,1112
非ポリマー231
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1720 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area12520 Å2
手法PISA
2
A: ApRick protease
B: ApRick protease
ヘテロ分子

A: ApRick protease
B: ApRick protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,2676
ポリマ－60,2214
非ポリマー462
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555-x+1/2,y,-z+3/41
Buried area5820 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area22650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.290, 105.290, 90.996
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質 ApRick protease


分子量: 15055.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rickettsia conorii (丘疹熱リケッチア)
遺伝子: RC1339 / プラスミド: pET23a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92FY8
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.2 M DL-malic acid, pH 7.0, 2% 1,2-propanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月24日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→50 Å / Num. all: 8267 / Num. obs: 7658 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 21.4
反射 シェル解像度: 2.59→2.63 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.457 / Mean I/σ(I) obs: 3.16 / % possible all: 73.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.59→41.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 43.98 / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.403 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29768 354 4.6 %RANDOM
Rwork0.22739 ---
obs0.23092 7304 92.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 90.347 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.2 Å2-0 Å20 Å2
2--4.2 Å20 Å2
3----8.4 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.59→41.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1832 0 1 5 1838
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0191854
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021898
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7071.9782487
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83434353
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.4665232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.75224.8179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.52215358
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.345159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2293
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022057
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02408
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it8.8744.327935
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other8.8714.328934
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it12.4466.4671166
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other12.4446.4671167
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it10.1925.155917
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other10.1875.154918
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other14.7997.351322
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined19.20635.5212033
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other19.20135.5042033
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.588→2.655 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.477 32 -
Rwork0.273 432 -
obs--78.51 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.09543.99650.90976.14470.08491.6672-0.48610.4673-0.1999-0.57740.5237-0.39120.0630.2914-0.03760.4681-0.13370.08310.5919-0.15680.3558.08636.482540.9454
22.48060.0151-0.69480.81390.65433.1175-0.19910.5116-0.06030.11320.19520.0222-0.29410.2360.0040.2737-0.0378-0.02070.5263-0.07460.25218.962160.031348.5066
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B110 - 229
2X-RAY DIFFRACTION2A109 - 235

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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