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万見
- PDB-4dj9: Human vinculin head domain Vh1 (residues 1-258) in complex with t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dj9
タイトルHuman vinculin head domain Vh1 (residues 1-258) in complex with the talin vinculin binding site 50 (VBS50, residues 2078-2099)
要素
  • Talin-1
  • Vinculin
キーワードCELL ADHESION / cytoskeleton / focal adhesion / protein-protein interaction / four-helix bundle / F-actin / cytosol
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of protein localization to adherens junction / podosome ring / outer dense plaque of desmosome / inner dense plaque of desmosome / terminal web / cell-substrate junction / epithelial cell-cell adhesion / zonula adherens / LIM domain binding / dystroglycan binding ...regulation of protein localization to adherens junction / podosome ring / outer dense plaque of desmosome / inner dense plaque of desmosome / terminal web / cell-substrate junction / epithelial cell-cell adhesion / zonula adherens / LIM domain binding / dystroglycan binding / alpha-catenin binding / vinculin binding / XBP1(S) activates chaperone genes / fascia adherens / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / cell-cell contact zone / integrin activation / apical junction assembly / adherens junction assembly / costamere / regulation of establishment of endothelial barrier / cell-substrate junction assembly / axon extension / protein localization to cell surface / cell-cell junction assembly / lamellipodium assembly / cortical actin cytoskeleton organization / regulation of focal adhesion assembly / maintenance of blood-brain barrier / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / phosphatidylserine binding / brush border / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / Smooth Muscle Contraction / ruffle / Integrin signaling / phosphatidylinositol binding / cell-matrix adhesion / negative regulation of cell migration / cell projection / integrin-mediated signaling pathway / morphogenesis of an epithelium / adherens junction / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / structural constituent of cytoskeleton / sarcolemma / platelet aggregation / cell-cell adhesion / ruffle membrane / beta-catenin binding / specific granule lumen / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / actin filament binding / cell-cell junction / extracellular vesicle / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / integrin binding / Platelet degranulation / actin binding / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / molecular adaptor activity / cytoskeleton / cell adhesion / cadherin binding / membrane raft / focal adhesion / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / structural molecule activity / cell surface / protein-containing complex / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Vinculin repeated domain signature. / : / Talin, R4 domain / Vinculin / Alpha-catenin/vinculin-like / Vinculin-binding site-containing domain / Talin, central / Talin, N-terminal F0 domain / Talin, central domain superfamily / Talin-1/2, rod-segment ...Vinculin repeated domain signature. / : / Talin, R4 domain / Vinculin / Alpha-catenin/vinculin-like / Vinculin-binding site-containing domain / Talin, central / Talin, N-terminal F0 domain / Talin, central domain superfamily / Talin-1/2, rod-segment / Vinculin Binding Site / Talin, middle domain / N-terminal or F0 domain of Talin-head FERM / I/LWEQ domain / I/LWEQ domain superfamily / I/LWEQ domain / I/LWEQ domain profile. / I/LWEQ domain / Vinculin, conserved site / Vinculin family talin-binding region signature. / Vinculin/alpha-catenin / Vinculin family / Phosphotyrosine-binding domain / Alpha-catenin/vinculin-like superfamily / FERM domain signature 1. / FERM conserved site / FERM domain signature 2. / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Vinculin / Talin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Yogesha, S.D. / Rangarajan, E.S. / Vonrhein, C. / Bricogne, G. / Izard, T.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of vinculin in complex with vinculin binding site 50 (VBS50), the integrin binding site 2 (IBS2) of talin.
著者: Yogesha, S.D. / Rangarajan, E.S. / Vonrhein, C. / Bricogne, G. / Izard, T.
履歴
登録2012年2月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月16日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vinculin
B: Talin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8082
ポリマ－31,8082
非ポリマー00
水1,11762
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2130 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area14130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.540, 68.160, 137.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Vinculin / Metavinculin


分子量: 28937.398 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 1-258 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VCL / 参照: UniProt: P18206
#2: タンパク質・ペプチド Talin-1


分子量: 2870.322 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 2075-2103 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TLN1, KIAA1027, TLN / 参照: UniProt: Q9Y490
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.25 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: The human vinculin Vh1 domain (residues 1 - 258) was generated as described.9 Crystallization screens of Vh1 protein and VBS50 mixed in 1:5 molar ratio were performed at two temperatures. Co- ...詳細: The human vinculin Vh1 domain (residues 1 - 258) was generated as described.9 Crystallization screens of Vh1 protein and VBS50 mixed in 1:5 molar ratio were performed at two temperatures. Co-crystals were obtained from Hampton crystal screen I with a reservoir of 0.1 M Hepes pH 7.5, 10% w/v polyethylene glycol 6,000, and 5% 2-Methyl-2,4-pentanediol. Crystals were transferred directly from the initial 96-well screening plate into Paratone-N oil and flash-frozen in liquid nitrogen. , VAPOR DIFFUSION

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
211
反射解像度: 2.25→68.8 Å / Num. obs: 15637 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 55.65 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 2.251→2.258 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.592 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Rsym value: 0.592 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.13.0精密化
autoPROCデータスケーリング
XDS(VERSION December 6データ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.25→68.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9429 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9345 / SU R Cruickshank DPI: 0.253 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2472 787 5.05 %RANDOM
Rwork0.2076 ---
obs0.2095 15586 99.32 %-
原子変位パラメータBiso mean: 70.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--15.5041 Å20 Å20 Å2
2---3.5916 Å20 Å2
3---19.0957 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.349 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→68.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2017 0 0 62 2079
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012066HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.122803HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d733SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes51HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes291HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2066HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.15
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.64
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion298SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies2HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2482SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.4 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3231 147 5.31 %
Rwork0.2344 2619 -
all0.2389 2766 -
obs--99.32 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.98330.5986-0.71741.3344-2.02954.252-0.0831-0.00090.0481-0.3024-0.0765-0.01490.39330.12010.1596-0.22680.0757-0.0395-0.342-0.0573-0.319622.642818.0615-32.4915
22.78451.67970.86754.0065-2.9371.0852-0.0402-0.0037-0.2562-0.17880.09890.14690.1936-0.2419-0.0587-0.05710.0484-0.0161-0.10170.031-0.158821.419627.747-51.0589
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|3 - A|254 }A3 - 254
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|2078 - B|2099 }B2078 - 2099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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