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- PDB-4dgk: Crystal structure of Phytoene desaturase CRTI from Pantoea ananatis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dgk
タイトルCrystal structure of Phytoene desaturase CRTI from Pantoea ananatis
要素Phytoene dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / the FAD/NAD(P)-binding Rossmann fold
機能・相同性
機能・相同性情報


phytoene desaturase (lycopene-forming) / carotene biosynthetic process / carotenoid biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors / FAD binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Phytoene dehydrogenase, bacterial-type, conserved site / Bacterial-type phytoene dehydrogenase signature. / Carotenoid/retinoid oxidoreductase / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phytoene desaturase (lycopene-forming)
類似検索 - 構成要素
生物種Pantoea ananatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Schaub, P. / Yu, Q. / Gemmecker, S. / Poussin-Courmontagne, P. / Mailliot, J. / McEwen, A.G. / Ghisla, S. / Beyer, P. / Cavarelli, J.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: On the structure and function of the phytoene desaturase CRTI from Pantoea ananatis, a membrane-peripheral and FAD-dependent oxidase/isomerase.
著者: Schaub, P. / Yu, Q. / Gemmecker, S. / Poussin-Courmontagne, P. / Mailliot, J. / McEwen, A.G. / Ghisla, S. / Al-Babili, S. / Cavarelli, J. / Beyer, P.
履歴
登録2012年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phytoene dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4487
ポリマ－56,1021
非ポリマー3466
水1,20767
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.690, 90.690, 130.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Phytoene dehydrogenase / Phytoene desaturase


分子量: 56102.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pantoea ananatis (バクテリア) / 遺伝子: crtI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P21685, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; その他の電子対酸化酵素
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.3 %
結晶化温度: 290 K / pH: 6.2
詳細: 8% PEG 8K, 0.1 M NaCl, 0.1 M Na/K phosphate pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9791, 0.9794, 0.9770
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月18日
放射モノクロメーター: CHANNEL CUT CRYOGENICALLY COOLED MONOCHROMATOR CRYSTAL
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97911
20.97941
30.9771
反射解像度: 2.35→27.85 Å / Num. obs: 26274 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 68.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 22.5
反射 シェル解像度: 2.35→2.39 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.353 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Rsym value: 0.353 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHARP位相決定
BUSTER2.10.0精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.35→27.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU R Cruickshank DPI: 0.223 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: TLS SELECTION GROUP 1 { A|1 - A|33 A|59 - A|78 A|218 - A|275 A|456 - A|492 } GROUP 2 { A|41 - A|58 A|79 - A|100 A|212 - A|217 A|303 - A|425 } GROUP 3 { A|101 - A|211 }
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 1299 4.94 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.192 26274 99.8 %-
all-26329 --
原子変位パラメータBiso mean: 72.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.0106 Å20 Å20 Å2
2--7.0106 Å20 Å2
3----14.0211 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.39 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→27.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3193 0 21 67 3281
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013293HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.084457HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1096SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes72HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes482HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3293HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.02
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.7
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion410SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3612SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.45 Å / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2512 151 5.17 %
Rwork0.2176 2768 -
all0.2192 2919 -
obs--99.79 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.19610.54241.32984.39372.05062.9871-0.0724-0.26330.3339-0.2722-0.11350.38470.0091-0.45570.1859-0.0344-0.14940.0001-0.0846-0.0149-0.105418.384149.853627.8911
22.81490.11581.5462.6042-0.68033.8001-0.0449-0.30420.04840.24970.002-0.054-0.27440.0050.0429-0.07510.0079-0.0506-0.2375-0.0127-0.063513.850619.185933.6752
34.4104-0.14781.52760.4759-0.52291.9603-0.045-0.01810.13790.12890.0229-0.031-0.0839-0.1390.02210.02290.0572-0.0747-0.207-0.02810.0247-4.442619.614518.1643
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|1 - A|33 A|59 - A|78 A|218 - A|275 A|456 - A|492 }A1 - 33
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|1 - A|33 A|59 - A|78 A|218 - A|275 A|456 - A|492 }A59 - 78
3X-RAY DIFFRACTION1{ A|1 - A|33 A|59 - A|78 A|218 - A|275 A|456 - A|492 }A218 - 275
4X-RAY DIFFRACTION1{ A|1 - A|33 A|59 - A|78 A|218 - A|275 A|456 - A|492 }A456 - 492
5X-RAY DIFFRACTION2{ A|41 - A|58 A|79 - A|100 A|212 - A|217 A|303 - A|425 }A41 - 58
6X-RAY DIFFRACTION2{ A|41 - A|58 A|79 - A|100 A|212 - A|217 A|303 - A|425 }A79 - 100
7X-RAY DIFFRACTION2{ A|41 - A|58 A|79 - A|100 A|212 - A|217 A|303 - A|425 }A212 - 217
8X-RAY DIFFRACTION2{ A|41 - A|58 A|79 - A|100 A|212 - A|217 A|303 - A|425 }A303 - 425
9X-RAY DIFFRACTION3{ A|101 - A|211 }A101 - 211

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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