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- PDB-2qra: Crystal structure of XIAP BIR1 domain (P21 form) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qra
タイトルCrystal structure of XIAP BIR1 domain (P21 form)
要素Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
キーワードApoptosis / Signaling protein / Zinc binding
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of apoptosis involved in tissue homeostasis / positive regulation of protein linear polyubiquitination / copper ion homeostasis / regulation of BMP signaling pathway / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage ...regulation of apoptosis involved in tissue homeostasis / positive regulation of protein linear polyubiquitination / copper ion homeostasis / regulation of BMP signaling pathway / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / Regulation of the apoptosome activity / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / TNFR1-induced proapoptotic signaling / RIPK1-mediated regulated necrosis / regulation of innate immune response / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / protein K63-linked ubiquitination / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of type I interferon production / protein serine/threonine kinase binding / Regulation of PTEN localization / positive regulation of protein ubiquitination / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / positive regulation of JNK cascade / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Regulation of TNFR1 signaling / RING-type E3 ubiquitin transferase / Regulation of necroptotic cell death / Wnt signaling pathway / Regulation of PTEN stability and activity / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / regulation of inflammatory response / neuron apoptotic process / regulation of apoptotic process / response to lipopolysaccharide / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of cell cycle / defense response to bacterium / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
XIAP/BIRC8, UBA domain / : / BIRC2/3-like, UBA domain / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / : / BIR repeat. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. ...XIAP/BIRC8, UBA domain / : / BIRC2/3-like, UBA domain / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / : / BIR repeat. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Death-like domain superfamily / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ETHANOL / E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Lin, S.-C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of the BIR1 domain of XIAP in two crystal forms
著者: Lin, S.C. / Huang, Y. / Lo, Y.C. / Lu, M. / Wu, H.
履歴
登録2007年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月29日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.db_name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
C: Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
B: Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
A: Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,08514
ポリマ－49,5474
非ポリマー53810
水1,17165
1
D: Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
C: Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0898
ポリマ－24,7742
非ポリマー3156
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
A: Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9976
ポリマ－24,7742
非ポリマー2234
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.563, 72.983, 68.904
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.690, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Baculoviral IAP repeat-containing protein 4 / X-linked inhibitor of apoptosis / XIAP / Inhibitor of apoptosis protein 3 / X-linked IAP / IAP-like ...X-linked inhibitor of apoptosis / XIAP / Inhibitor of apoptosis protein 3 / X-linked IAP / IAP-like protein / HILP


分子量: 12386.801 Da / 分子数: 4 / 断片: BIR1 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BIRC4, API3, IAP3, XIAP / プラスミド: pET-28 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli K12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: P98170
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル


分子量: 46.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.35 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 15% ethanol, 100mM sodium citrate, 200mM Li2SO4, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.97899 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97899 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 12816 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.46 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Χ2: 1.067 / Net I/σ(I): 33.5
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.5-2.540.0974761.12975.3
2.54-2.590.1046491.13499.8
2.59-2.640.0916651.03199.6
2.64-2.690.0916441.11499.5
2.69-2.750.0856451.08499.8
2.75-2.820.0786401.076100
2.82-2.890.076541.078100
2.89-2.960.0636461.05599.8
2.96-3.050.066591.06599.8
3.05-3.150.0526511.108100
3.15-3.260.0496411.04499.5
3.26-3.390.0456701.01999.9
3.39-3.550.0426341.02399.4
3.55-3.730.0396611.04397.9
3.73-3.970.0366241.02798.3
3.97-4.270.0346360.9696.8
4.27-4.70.0346571.08198.6
4.7-5.380.0336551.04999.1
5.38-6.760.0346551.11299.5
6.76-300.0316541.13495.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRCor.coef. Fo:Fc: 0.671 / Packing: 0.559
最高解像度最低解像度手法Reflection percentσ(F)
Translation4 Å15 Ågeneral98.1 0

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2POI

2poi


解像度: 2.5→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 1267 10.1 %random
Rwork0.196 ---
obs-12283 97.6 %-
溶媒の処理Bsol: 42.148 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 46.255 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.505 Å20 Å2-7.273 Å2
2--5.149 Å20 Å2
3----4.644 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2508 0 4 83 2595
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obs
2.5-2.610.33621550.2599X-RAY DIFFRACTION1368
2.61-2.750.35761520.2694X-RAY DIFFRACTION1333
2.75-2.920.28561730.2276X-RAY DIFFRACTION1371
2.92-3.150.27441550.2266X-RAY DIFFRACTION1388
3.15-3.470.27991700.2178X-RAY DIFFRACTION1378
3.47-3.970.25211380.1944X-RAY DIFFRACTION1387
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4eoh.par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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