PDB-4dbl: Crystal structure of E159Q mutant of BtuCDF

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dbl

タイトル

Crystal structure of E159Q mutant of BtuCDF

要素

Vitamin B12 import ATP-binding protein BtuD
Vitamin B12 import system permease protein BtuC
Vitamin B12-binding protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / ABC transporter for vitamin B12 / ATP binding / inner membrane

機能・相同性

機能・相同性情報

BtuCD complex / ABC-type vitamin B12 transporter / cobalamin transport complex / ABC-type vitamin B12 transporter activity / cobalamin transport / cobalamin binding / extrinsic component of membrane / transmembrane transporter activity / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.493 Å

データ登録者

Korkhov, V.M. / Mireku, S.M. / Hvorup, R.N. / Locher, K.P.

引用

ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2012
タイトル: Asymmetric states of vitamin B12 transporter BtuCD are not discriminated by its cognate substrate binding protein BtuF.
著者: Korkhov, V.M. / Mireku, S.A. / Hvorup, R.N. / Locher, K.P.

履歴

登録	2012年1月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年3月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年5月23日	Group: Database references
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

類似構造データ	2qi9-d 5b58-d 4fi3-d 2dew-1 4q4h-d 4wcz-d 5tv4-d 3fdu-d 3761 5ta0-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#123 - 2010年3月 P-糖タンパク質 (P-glycoprotein) 類似性 (5) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Vitamin B12 import system permease protein BtuC

B: Vitamin B12 import system permease protein BtuC

C: Vitamin B12 import ATP-binding protein BtuD

D: Vitamin B12 import ATP-binding protein BtuD

E: Vitamin B12-binding protein

F: Vitamin B12 import system permease protein BtuC

G: Vitamin B12 import system permease protein BtuC

H: Vitamin B12 import ATP-binding protein BtuD

I: Vitamin B12 import ATP-binding protein BtuD

J: Vitamin B12-binding protein

ヘテロ分子

317 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Vitamin B12 import system permease protein BtuC

B: Vitamin B12 import system permease protein BtuC

C: Vitamin B12 import ATP-binding protein BtuD

D: Vitamin B12 import ATP-binding protein BtuD

E: Vitamin B12-binding protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
158 kDa, 5 ポリマー
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2

F: Vitamin B12 import system permease protein BtuC

G: Vitamin B12 import system permease protein BtuC

H: Vitamin B12 import ATP-binding protein BtuD

I: Vitamin B12 import ATP-binding protein BtuD

J: Vitamin B12-binding protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
158 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	133.650, 166.930, 132.820
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 119.76, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
1	2
2	2
1	3
2	3
3	3
4	3
1	4
2	4

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain 'A'
2	1	1	chain 'F'
1	1	2	chain 'B'
2	1	2	chain 'G'
1	1	3	chain 'D'
2	1	3	chain 'C'
3	1	3	chain 'H'
4	1	3	chain 'I'
1	1	4	chain 'E'
2	1	4	chain 'J'

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

#1: タンパク質	Vitamin B12 import system permease protein BtuC 分子量: 37650.617 Da / 分子数: 4 / 変異: C18S, C32S, C120S, C156S, C205S, C206S, C267S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / プラスミド: pET-based / 細胞株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06609
#2: タンパク質	Vitamin B12 import ATP-binding protein BtuD / Vitamin B12-transporting ATPase 分子量: 27097.135 Da / 分子数: 4 / 変異: C180S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / プラスミド: pET-based / 細胞株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06611, EC: 3.6.3.33
#3: タンパク質	Vitamin B12-binding protein 分子量: 28238.096 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / プラスミド: pET-based / 細胞株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37028
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.83 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: 0.1M sodium citrate, pH 5.4, 0.3-0.4M ammonium sulphate, 30-35% PEG-400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 90 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月12日
放射	モノクロメーター: Si 111 MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.5→30 Å / Num. all: 63780 / Num. obs: 59380 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3
反射シェル	解像度: 3.5→3.58 Å / 冗長度: 4.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.957 / Num. unique all: 3463 / R_sym value: 0.719 / % possible all: 88.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.2_869)	モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.2_869)	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.7.2_869	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.493→30.015 Å / SU ML: 1.21 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.81 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2513	2014	3.4 %	RANDOM
R_work	0.214	-	-	-
obs	0.2153	59310	92.53 %	-
all	-	59380	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 17.176 Å² / k_sol: 0.281 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	9.7828 Å²	0 Å²	1.5121 Å²
2-	-	11.7562 Å²	-0 Å²
3-	-	-	7.8238 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.493→30.015 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21150	0	80	0	21230

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	21658
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.784	29506
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.973	7788
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	3466
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	3710

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	2441	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	F	2441	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.029
2	1	B	2441	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	G	2441	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.004
3	1	D	1893	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
3	2	C	1893	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.041
3	3	H	1893	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.041
3	4	I	1893	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.005
4	1	E	1908	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
4	2	J	1908	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.003

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.4927-3.6174	0.3731	180	0.3133	5201	X-RAY DIFFRACTION	84
3.6174-3.7619	0.3192	196	0.255	5832	X-RAY DIFFRACTION	95
3.7619-3.9328	0.2741	209	0.2275	5823	X-RAY DIFFRACTION	94
3.9328-4.1396	0.271	201	0.2055	5857	X-RAY DIFFRACTION	95
4.1396-4.3982	0.2095	210	0.1945	5800	X-RAY DIFFRACTION	94
4.3982-4.7366	0.2125	211	0.1762	5810	X-RAY DIFFRACTION	94
4.7366-5.2111	0.2264	193	0.1889	5809	X-RAY DIFFRACTION	93
5.2111-5.96	0.2958	208	0.2444	5752	X-RAY DIFFRACTION	93
5.96-7.4896	0.2762	207	0.2576	5752	X-RAY DIFFRACTION	92
7.4896-30.0166	0.2046	199	0.1812	5660	X-RAY DIFFRACTION	90

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4209	0.0573	0.2261	1.4619	0.0747	1.5623	-0.003	0.1217	0.0745	0.0831	0.0834	0.0434	0.0786	-0.1222	-0.0209	0.3488	-0.0898	0.0134	0.3619	-0.0078	0.0837	-65.6259	-46.6967	127.1317
2	1.3997	0.3521	0.3652	1.3182	0.5727	1.5535	0.0633	0.2554	0.0999	-0.1254	-0.0218	-0.1594	0.1401	-0.1697	-0.032	0.2263	-0.0956	0.0452	0.3084	0.0418	0.2618	-86.1333	-36.9996	153.6973
3	2.1602	-0.2761	-0.1104	3.0736	1.8044	2.1677	0.0146	0.3679	0.357	-0.4599	-0.0949	0.0008	-0.4674	0.0591	0.0262	0.3713	-0.0402	-0.007	0.2042	0.0834	0.2574	-38.4572	-17.9497	147.0265
4	3.5833	-0.2238	1.0076	1.7781	0.0401	1.0645	0.076	-0.1116	-0.0095	0.0689	-0.1187	-0.224	0.0481	-0.0635	0	0.1844	-0.0069	-0.0272	0.0408	-0.0103	0.2838	-48.5268	-25.7523	173.6454
5	0.829	-0.0248	-0.5724	0.8797	1.0784	1.2433	-0.0789	0.4766	-0.2854	-0.2306	-0.3377	0.269	0.323	-0.8229	-0.1149	0.5829	-0.2783	-0.0646	1.2224	-0.2545	0.5502	-103.6147	-58.3084	123.5716
6	1.6012	0.098	0.2745	1.293	0.1528	1.3106	-0.0153	-0.0971	0.0092	0.1074	0.101	0.0358	0.0293	0.1884	-0.0307	0.1806	-0.0381	0.1204	0.3498	-0.0546	0.2837	-109.1927	-36.3567	178.7471
7	1.939	0.5137	0.3365	1.005	-0.2354	1.3953	0.0994	0.0365	0.0718	-0.1386	-0.0173	0.0132	0.0531	0.2895	-0.0633	0.3019	-0.0163	0.0091	0.3021	-0.1274	0.17	-121.7167	-46.0677	209.8462
8	1.5774	1.2605	-0.0521	3.3301	-1.0634	2.0983	-0.0201	0.2208	-0.438	-0.3131	-0.0636	-0.3373	0.2989	0.2431	-0.0249	0.2754	0.054	0.0636	0.2176	-0.0747	0.3733	-140.0885	-65.0996	165.3384
9	2.3549	0.1057	1.6416	1.5448	-0.2421	2.1316	0.0714	-0.1366	0.054	-0.1532	-0.1536	0.2264	-0.0206	-0.0682	-0.0037	0.2512	-0.0189	-0.0515	0.0233	0.0302	0.2424	-157.9993	-57.3052	187.4956
10	0.3104	0.7475	-0.765	0.6322	-1.0418	1.6041	0.3271	-0.526	0.2625	0.0963	-0.2988	-0.2442	-0.3921	0.7722	-0.0577	0.5498	-0.3541	0.0416	1.2666	-0.1385	0.6882	-86.8776	-24.7647	209.6769
11	0.7055	-0.4473	-0.0666	0.0592	-0.1117	0.448	0.0201	-0.1765	0.0222	0.0072	-0.0386	0.0391	-0.0184	0.0131	-0.0095	0.503	0.095	-0.0269	0.0086	-0.1634	0.113	-96.3497	-41.5196	168.3909
12	0.8618	-0.0799	0.1085	-0.0972	0.1948	0.2294	0.2774	-0.4148	-0.2675	0.0778	-0.3499	-0.034	-0.0028	-0.0065	0.0001	1.9216	0.0278	-0.1397	1.6382	-0.1193	1.4514	-96.2263	-41.5533	168.117

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 1:324 )	A	1 - 324
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN B AND RESID 1:324 )	B	1 - 324
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN C AND RESID 2:249 )	C	2 - 249
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN D AND RESID 2:249 )	D	2 - 249
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN E AND RESID 22:266 )	E	22 - 266
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN F AND RESID 1:324 )	F	1 - 324
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN G AND RESID 1:324 )	G	1 - 324
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN H AND RESID 2:249 )	H	2 - 249
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN I AND RESID 2:249 )	I	2 - 249
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN J AND RESID 22:266 )	J	22 - 266
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN I AND RESID 301:301 ) OR ( CHAIN H AND RESID 301:301 ) OR ( CHAIN C AND RESID 301:301 ) OR ( CHAIN D AND RESID 301:301 )	I	301
12	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN I AND RESID 301:301 ) OR ( CHAIN H AND RESID 301:301 ) OR ( CHAIN C AND RESID 301:301 ) OR ( CHAIN D AND RESID 301:301 )	H	301
13	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN I AND RESID 301:301 ) OR ( CHAIN H AND RESID 301:301 ) OR ( CHAIN C AND RESID 301:301 ) OR ( CHAIN D AND RESID 301:301 )	C	301
14	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN I AND RESID 301:301 ) OR ( CHAIN H AND RESID 301:301 ) OR ( CHAIN C AND RESID 301:301 ) OR ( CHAIN D AND RESID 301:301 )	D	301
15	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN I AND RESID 302:304 ) OR ( CHAIN H AND RESID 302:304 ) OR ( CHAIN C AND RESID 302:304 ) OR ( CHAIN D AND RESID 302:304 )	I	302 - 304
16	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN I AND RESID 302:304 ) OR ( CHAIN H AND RESID 302:304 ) OR ( CHAIN C AND RESID 302:304 ) OR ( CHAIN D AND RESID 302:304 )	H	302 - 304
17	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN I AND RESID 302:304 ) OR ( CHAIN H AND RESID 302:304 ) OR ( CHAIN C AND RESID 302:304 ) OR ( CHAIN D AND RESID 302:304 )	C	302 - 304
18	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN I AND RESID 302:304 ) OR ( CHAIN H AND RESID 302:304 ) OR ( CHAIN C AND RESID 302:304 ) OR ( CHAIN D AND RESID 302:304 )	D	302 - 304

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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