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- PDB-4daj: Structure of the M3 Muscarinic Acetylcholine Receptor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4daj
タイトルStructure of the M3 Muscarinic Acetylcholine Receptor
要素Muscarinic acetylcholine receptor M3, Lysozyme
キーワードSIGNALING PROTEIN / Hydrolase / G protein-coupled receptor / muscarinic receptor / Acetylcholine receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of heart rate by acetylcholine / G protein-coupled acetylcholine receptor binding / Muscarinic acetylcholine receptors / quaternary ammonium group binding / saliva secretion / G protein-coupled acetylcholine receptor activity / phospholipase C-activating G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / response to acetylcholine / positive regulation of vascular associated smooth muscle contraction / positive regulation of smooth muscle contraction ...negative regulation of heart rate by acetylcholine / G protein-coupled acetylcholine receptor binding / Muscarinic acetylcholine receptors / quaternary ammonium group binding / saliva secretion / G protein-coupled acetylcholine receptor activity / phospholipase C-activating G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / response to acetylcholine / positive regulation of vascular associated smooth muscle contraction / positive regulation of smooth muscle contraction / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / regulation of smooth muscle contraction / acetylcholine binding / synaptic transmission, cholinergic / G alpha (q) signalling events / acetylcholine receptor signaling pathway / positive regulation of vasoconstriction / ligand-gated ion channel signaling pathway / asymmetric synapse / smooth muscle contraction / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / viral release from host cell by cytolysis / axon terminus / peptidoglycan catabolic process / basal plasma membrane / calcium-mediated signaling / postsynaptic density membrane / positive regulation of insulin secretion / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / presynaptic membrane / basolateral plasma membrane / chemical synaptic transmission / host cell cytoplasm / defense response to bacterium / synapse / dendrite / endoplasmic reticulum membrane / glutamatergic synapse / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Muscarinic acetylcholine receptor M3 / Muscarinic acetylcholine receptor family / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme ...Muscarinic acetylcholine receptor M3 / Muscarinic acetylcholine receptor family / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Lysozyme / G-protein coupled receptors family 1 signature. / Lysozyme-like domain superfamily / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0HK / PHOSPHATE ION / Endolysin / Muscarinic acetylcholine receptor M3
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Kruse, A.C. / Hu, J. / Pan, A.C. / Arlow, D.H. / Rosenbaum, D.M. / Rosemond, E. / Green, H.F. / Liu, T. / Chae, P.S. / Dror, R.O. ...Kruse, A.C. / Hu, J. / Pan, A.C. / Arlow, D.H. / Rosenbaum, D.M. / Rosemond, E. / Green, H.F. / Liu, T. / Chae, P.S. / Dror, R.O. / Shaw, D.E. / Weis, W.I. / Wess, J. / Kobilka, B.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: Structure and dynamics of the M3 muscarinic acetylcholine receptor.
著者: Kruse, A.C. / Hu, J. / Pan, A.C. / Arlow, D.H. / Rosenbaum, D.M. / Rosemond, E. / Green, H.F. / Liu, T. / Chae, P.S. / Dror, R.O. / Shaw, D.E. / Weis, W.I. / Wess, J. / Kobilka, B.K.
履歴
登録2012年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月18日Group: Database references
改定 1.22017年8月23日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Muscarinic acetylcholine receptor M3, Lysozyme
B: Muscarinic acetylcholine receptor M3, Lysozyme
C: Muscarinic acetylcholine receptor M3, Lysozyme
D: Muscarinic acetylcholine receptor M3, Lysozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)222,48118
ポリマ－219,9614
非ポリマー2,52014
水00
1
A: Muscarinic acetylcholine receptor M3, Lysozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,7636
ポリマ－54,9901
非ポリマー7725
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Muscarinic acetylcholine receptor M3, Lysozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4783
ポリマ－54,9901
非ポリマー4872
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Muscarinic acetylcholine receptor M3, Lysozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5734
ポリマ－54,9901
非ポリマー5823
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Muscarinic acetylcholine receptor M3, Lysozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6685
ポリマ－54,9901
非ポリマー6774
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Muscarinic acetylcholine receptor M3, Lysozyme
B: Muscarinic acetylcholine receptor M3, Lysozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,2409
ポリマ－109,9812
非ポリマー1,2607
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2700 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area41180 Å2
手法PISA
6
C: Muscarinic acetylcholine receptor M3, Lysozyme
D: Muscarinic acetylcholine receptor M3, Lysozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,2409
ポリマ－109,9812
非ポリマー1,2607
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2940 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area41060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.770, 61.310, 176.910
Angle α, β, γ (deg.)85.87, 89.90, 84.90
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Muscarinic acetylcholine receptor M3, Lysozyme / Endolysin / Lysis protein / Muramidase


分子量: 54990.297 Da / 分子数: 4
断片: P08483 residues 57-259, 482-589, P00720 residues 1-161
変異: C1054T, C1097A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Chimeric Protein
由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: Chrm-3, Chrm3, E / プラスミド: PVL1392
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: P08483, UniProt: P00720, lysozyme
#2: 化合物
ChemComp-0HK / (1R,2R,4S,5S,7S)-7-{[hydroxy(dithiophen-2-yl)acetyl]oxy}-9,9-dimethyl-3-oxa-9-azoniatricyclo[3.3.1.0~2,4~]nonane / Tiotropium / チオトロピウム


分子量: 392.512 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H22NO4S2
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 76

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.17 %
結晶化温度: 293 K / pH: 7.5
詳細: 27-38% PEG 300, 100 mM HEPES pH 7.5, 1% (w/w) 1,2,3-heptanetriol, and 100 mM ammonium phosphate. Protein was reconstituted in cubic phase using a 10:1 monolein:cholesterol mix by weight, ...詳細: 27-38% PEG 300, 100 mM HEPES pH 7.5, 1% (w/w) 1,2,3-heptanetriol, and 100 mM ammonium phosphate. Protein was reconstituted in cubic phase using a 10:1 monolein:cholesterol mix by weight, Lipidic cubic phase, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1781
2781
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 23-ID-D11.033
シンクロトロンAPS 23-ID-D21.033
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARMOSAIC 300 mm CCD1CCD2011年8月14日mirrors
MARMOSAIC 300 mm CCD2CCD2011年8月23日mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2x-ray1
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→40 Å / Num. obs: 28385 / % possible obs: 90.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.226 / Net I/σ(I): 4.5
反射 シェル解像度: 3.4→3.5 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.527 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 85.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: M2 muscarinic acetylcholine receptor (3UON)

3uon


解像度: 3.4→39.9 Å / SU ML: 0.59 / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 33.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 1276 4.91 %
Rwork0.251 --
obs0.254 26013 82.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.27 Å / VDWプローブ半径: 0.6 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.36 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.1698 Å22.0178 Å20.1059 Å2
2--6.5992 Å2-1.3222 Å2
3----4.4294 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→39.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13435 0 154 0 13589
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01114794
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86219010
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7224824
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0582248
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032303
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4-3.53610.4295930.33671695X-RAY DIFFRACTION52
3.5361-3.6970.33981140.31552116X-RAY DIFFRACTION64
3.697-3.89170.36351140.29622535X-RAY DIFFRACTION75
3.8917-4.13530.34471390.27332882X-RAY DIFFRACTION87
4.1353-4.45420.3271580.23983039X-RAY DIFFRACTION91
4.4542-4.90180.27531610.21283052X-RAY DIFFRACTION92
4.9018-5.60940.28491550.24383132X-RAY DIFFRACTION94
5.6094-7.06080.35411680.28433102X-RAY DIFFRACTION94
7.0608-39.90650.23581740.21793184X-RAY DIFFRACTION96

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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