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- PDB-4d6t: Cytochrome bc1 bound to the 4(1H)-pyridone GW844520 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d6t
タイトルCytochrome bc1 bound to the 4(1H)-pyridone GW844520
要素
  • (CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT ...) x 9
  • CYTOCHROME B
  • CYTOCHROME C1, HEME PROTEIN, MITOCHONDRIAL
キーワードELECTRON TRANSPORT / CYTOCHROME BC1 / PYRIDONE / MEMBRANE PROTEIN / COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Complex III assembly / respiratory chain complex III / Respiratory electron transport / : / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / ubiquinone binding / Mitochondrial protein degradation / : ...Complex III assembly / respiratory chain complex III / Respiratory electron transport / : / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / ubiquinone binding / Mitochondrial protein degradation / : / respiratory electron transport chain / mitochondrial membrane / metalloendopeptidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / heme binding / mitochondrion / proteolysis / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ubiquinol cytochrome reductase, transmembrane domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain F / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1 ...Ubiquinol cytochrome reductase, transmembrane domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain F / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1 / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / 3-layer Sandwich / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / : / Cytochrome b / : / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature. / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix Hairpins / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4X9 / CARDIOLIPIN / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / PHOSPHATE ION / Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 ...Chem-4X9 / CARDIOLIPIN / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / PHOSPHATE ION / Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種BOS TAURUS (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.57 Å
データ登録者Capper, M.J. / O'Neill, P.M. / Fisher, N. / Strange, R.W. / Moss, D. / Ward, S.A. / Berry, N.G. / Lawrenson, A.S. / Hasnain, S.S. / Biagini, G.A. / Antonyuk, S.V.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Antimalarial 4(1H)-Pyridones Bind to the Qi Site of Cytochrome Bc1.
著者: Capper, M.J. / O'Neill, P.M. / Fisher, N. / Strange, R.W. / Moss, D. / Ward, S.A. / Berry, N.G. / Lawrenson, A.S. / Hasnain, S.S. / Biagini, G.A. / Antonyuk, S.V.
履歴
登録2014年11月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月21日Group: Database references
改定 1.22015年2月4日Group: Database references
改定 2.02023年12月20日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 1, MITOCHONDRIAL
B: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 2, MITOCHONDRIAL
C: CYTOCHROME B
D: CYTOCHROME C1, HEME PROTEIN, MITOCHONDRIAL
E: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT RIESKE, MITOCHONDRIAL
F: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 7
G: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 8
H: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 6, MITOCHONDRIAL
I: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT RIESKE, MITOCHONDRIAL
J: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 9
N: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 1, MITOCHONDRIAL
O: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 2, MITOCHONDRIAL
P: CYTOCHROME B
Q: CYTOCHROME C1, HEME PROTEIN, MITOCHONDRIAL
R: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT RIESKE, MITOCHONDRIAL
S: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 7
T: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 8
U: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 6, MITOCHONDRIAL
V: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT RIESKE, MITOCHONDRIAL
W: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)561,76849
ポリマ－547,10020
非ポリマー14,66729
水00
1
A: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 1, MITOCHONDRIAL
B: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 2, MITOCHONDRIAL
C: CYTOCHROME B
D: CYTOCHROME C1, HEME PROTEIN, MITOCHONDRIAL
E: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT RIESKE, MITOCHONDRIAL
F: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 7
G: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 8
H: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 6, MITOCHONDRIAL
I: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT RIESKE, MITOCHONDRIAL
J: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)280,80424
ポリマ－273,55710
非ポリマー7,24714
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
N: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 1, MITOCHONDRIAL
O: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 2, MITOCHONDRIAL
P: CYTOCHROME B
Q: CYTOCHROME C1, HEME PROTEIN, MITOCHONDRIAL
R: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT RIESKE, MITOCHONDRIAL
S: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 7
T: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 8
U: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 6, MITOCHONDRIAL
V: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT RIESKE, MITOCHONDRIAL
W: CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)280,96425
ポリマ－273,54410
非ポリマー7,42015
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)129.896, 129.896, 722.152
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21N
12B
22O
13C
23P
14D
24Q
15E
25R
16F
26S
17G
27T
18H
28U
19I
29V
110J
210W

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAARGARGAA2 - 44536 - 479
21ALAALAARGARGNK2 - 44536 - 479
12PROPROGLUGLUBB21 - 43835 - 452
22PROPROGLUGLUOL21 - 43835 - 452
13LEULEULYSLYSCC10 - 37810 - 378
23LEULEULYSLYSPM10 - 37810 - 378
14ASPASPPROPRODD2 - 24026 - 264
24ASPASPPROPROQN2 - 24026 - 264
15SERSERSERSEREE1 - 7279 - 150
25SERSERSERSERRO1 - 7279 - 150
16TRPTRPALAALAFF12 - 10813 - 109
26TRPTRPALAALASP12 - 10813 - 109
17ARGARGPROPROGG2 - 743 - 75
27ARGARGPROPROTQ2 - 743 - 75
18LEULEUSERSERHH13 - 7626 - 89
28LEULEUSERSERUR13 - 7626 - 89
19LEULEUVALVALII64 - 7664 - 76
29VALVALVALVALVS64 - 7664 - 76
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210PROPROTYRTYRWT3 - 594 - 60

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
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9
10

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.04838, 0.156426, -0.986504), (0.153975, -0.974687, -0.162104), (-0.98689, -0.159739, 0.02307)48.14476, 28.70022, 51.05802
3given(1), (1), (1)
4given(-0.048608, 0.157809, -0.986273), (0.157234, -0.973919, -0.163582), (-0.986364, -0.163027, 0.022528)48.17714, 28.44029, 51.13189
5given(1), (1), (1)
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7given(1), (1), (1)
8given(-0.058711, 0.144368, -0.987781), (0.160021, -0.975331, -0.15206), (-0.985366, -0.166994, 0.03416)49.18262, 28.6318, 51.60391
9given(1), (1), (1)
10given(-0.059782, 0.145979, -0.98748), (0.15591, -0.975743, -0.153682), (-0.98596, -0.163146, 0.035572)49.1147, 28.71913, 51.46771
11given(1), (1), (1)
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13given(1), (1), (1)
14given(-0.065678, 0.152337, -0.986144), (0.160908, -0.973727, -0.161135), (-0.984782, -0.169262, 0.03944)49.01892, 28.30037, 51.72233
15given(1), (1), (1)
16given(-0.037816, 0.128234, -0.991023), (0.177894, -0.975027, -0.132953), (-0.983323, -0.181325, 0.014059)49.92825, 28.83717, 52.67122
17given(1), (1), (1)
18given(-0.227653, 0.102518, -0.968331), (0.0732, -0.989827, -0.122003), (-0.970987, -0.098656, 0.217833)67.69967, 37.74205, 49.65176
19given(1), (1), (1)
20given(-0.060552, 0.155257, -0.986017), (0.144845, -0.976007, -0.162576), (-0.9876, -0.152664, 0.036611)48.75871, 29.05512, 50.88627

-
要素

-
CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT ... , 9種, 16分子 ANBEIRFSGTHUJWOV

#1: タンパク質 CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 1, MITOCHONDRIAL / COMPLEX III SUBUNIT 1 / CORE PROTEIN I / UBIQUINOL-CYTOCHROME -C REDUCTASE COMPLEX CORE PROTEIN 1


分子量: 52796.410 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: HEART / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P31800
#2: タンパク質 CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 2, MITOCHONDRIAL / COMPLEX III SUBUNIT 2 / CORE PROTEIN II / UBIQUINOL-CYTOCHROME-C REDUCTASE COMPLEX CORE PROTEIN 2


分子量: 48203.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: HEART / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P23004
#5: タンパク質 CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT RIESKE, MITOCHONDRIAL / COMPLEX III SUBUNIT 5 / CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 5 / RIESKE IRON-SULFUR PROTEIN / RISP / ...COMPLEX III SUBUNIT 5 / CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 5 / RIESKE IRON-SULFUR PROTEIN / RISP / UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE IRON-SULFUR SUBUNIT / COMPLEX III SUBUNIT IX / UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE 8 KDA PROTEIN


分子量: 29586.842 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: HEART / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P13272
#6: タンパク質 CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 7 / COMPLEX III SUBUNIT 7 / COMPLEX III SUBUNIT VII / QP-C / UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX ...COMPLEX III SUBUNIT 7 / COMPLEX III SUBUNIT VII / QP-C / UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX 14 KDA PROTEIN


分子量: 13502.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: HEART / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P00129
#7: タンパク質 CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 8 / COMPLEX III SUBUNIT 8 / COMPLEX III SUBUNIT VIII / UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX 9.5 KDA ...COMPLEX III SUBUNIT 8 / COMPLEX III SUBUNIT VIII / UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX 9.5 KDA PROTEIN / UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX UBIQUINONE-BINDING PROTEIN QP-C


分子量: 9737.223 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: HEART / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P13271
#8: タンパク質 CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 6, MITOCHONDRIAL / COMPLEX III SUBUNIT 6 / COMPLEX III SUBUNIT VIII / CYTOCHROME C1 NON-HEME 11 KDA PROTEIN / ...COMPLEX III SUBUNIT 6 / COMPLEX III SUBUNIT VIII / CYTOCHROME C1 NON-HEME 11 KDA PROTEIN / MITOCHONDRIAL HINGE PROTEIN / UBIQUINO L- CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX 11 KDA PROTEIN


分子量: 10638.744 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: HEART / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P00126
#9: タンパク質 CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 9 / COMPLEX III SUBUNIT 9 / COMPLEX III SUBUNIT X / CYTOCHROME C1 NON-HEME 7 KDA PROTEIN / UBIQUINOL- ...COMPLEX III SUBUNIT 9 / COMPLEX III SUBUNIT X / CYTOCHROME C1 NON-HEME 7 KDA PROTEIN / UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX 7.2 KDA PROTEIN


分子量: 7469.621 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: HEART / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P00130
#10: タンパク質 CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 2, MITOCHONDRIAL / COMPLEX III SUBUNIT 2 / CORE PROTEIN II / UBIQUINOL-CYTOCHROME -C REDUCTASE COMPLEX CORE PROTEIN 2


分子量: 48204.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: HEART / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P23004
#11: タンパク質 CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT RIESKE, MITOCHONDRIAL / COMPLEX III SUBUNIT 5 / CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 5 / RIESKE IRON-SULFUR PROTEIN / RISP / ...COMPLEX III SUBUNIT 5 / CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 5 / RIESKE IRON-SULFUR PROTEIN / RISP / UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE IRON-SULFUR SUBUNIT / COMPLEX III SUBUNIT IX / UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE 8 KDA PROTEIN


分子量: 29572.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: HEART / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P13272, quinol-cytochrome-c reductase

-
タンパク質 , 2種, 4分子 CPDQ

#3: タンパク質 CYTOCHROME B / COMPLEX III SUBUNIT 3 / COMPLEX III SUBUNIT III / CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 3 / UBIQUINOL- ...COMPLEX III SUBUNIT 3 / COMPLEX III SUBUNIT III / CYTOCHROME B-C1 COMPLEX SUBUNIT 3 / UBIQUINOL-CYTOCHROME-C REDUCTASE COMPLEX CYTOCHROME B SUBUNIT


分子量: 42620.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: HEART / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P00157
#4: タンパク質 CYTOCHROME C1, HEME PROTEIN, MITOCHONDRIAL / COMPLEX III SUBUNIT 4 / COMPLEX III SUBUNIT IV / CYTOCHROME B -C1 COMPLEX SUBUNIT 4 / UBIQUINOL- ...COMPLEX III SUBUNIT 4 / COMPLEX III SUBUNIT IV / CYTOCHROME B -C1 COMPLEX SUBUNIT 4 / UBIQUINOL-CYTOCHROME-C REDUCTASE COMPLEX TOCCYHROME C1 SUBUNIT / CYTOCHROME C-1


分子量: 29414.736 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: HEART / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P00125

-
非ポリマー , 8種, 29分子

#12: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#13: 化合物 ChemComp-4X9 / 3-chloro-2,6-dimethyl-5-{4-[4-(trifluoromethoxy)phenoxy]phenyl}pyridin-4-ol / GW-844520


分子量: 409.786 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H15ClF3NO3
#14: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#15: 化合物
ChemComp-PEE / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE


分子量: 744.034 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78NO8P / コメント: DOPE, リン脂質*YM
#16: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#17: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#18: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#19: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.01 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.8
詳細: 50 MM POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER PH 6.8, 12% P4000, 1.4% HECAMEG

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.979
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月27日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.56→42.1 Å / Num. obs: 81351 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 3.55→3.68 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.9 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PPJ

1ppj


解像度: 3.57→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.578 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25156 3953 4.9 %RANDOM
Rwork0.206 ---
obs0.2083 77417 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 133.886 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.37 Å20.69 Å20 Å2
2--1.37 Å20 Å2
3----4.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.57→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数30326 0 725 0 31051
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01931812
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0230188
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5951.98143214
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.635369363
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.46753839
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.38323.3911386
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.625155128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.81715207
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.24706
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02135568
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0110.027437
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it8.0213.33415419
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other8.0213.33415418
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it12.52119.98619237
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.56713.69616393
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A549tight positional0.030.05
11A549tight positional0.030.05
12N3949tight thermal12.520.5
12N3949tight thermal12.520.5
21B3661tight thermal11.510.5
22O3661tight thermal11.510.5
31C3436tight thermal8.630.5
32P3436tight thermal8.630.5
41D2176tight thermal11.770.5
42Q2176tight thermal11.770.5
51E627tight thermal11.170.5
52R627tight thermal11.170.5
61F988tight thermal9.270.5
62S988tight thermal9.270.5
71G715tight thermal9.940.5
72T715tight thermal9.940.5
81H608tight thermal20.590.5
82U608tight thermal20.590.5
91I101tight thermal22.490.5
92V101tight thermal22.490.5
101J549tight thermal10.620.5
102W549tight thermal10.620.5
LS精密化 シェル解像度: 3.567→3.659 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 268 -
Rwork0.312 5651 -
obs--98.63 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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